Экипаж корабля-улья практически полностью превратился в людей. Убить их атланйтицам не позволяет мораль, поэтому они перевозят этих обращенных на отдельную планету, где сообщают, что все они больны, а потеря памяти - просто побочный эффект. Но среди них есть и Майкл, который чувствует, что здесь что-то не так и поднимает восстание. Беккет попадает в ловушку.

Команда Шеппарда встречает неприятного человека. Вернее неприятным он кажется им только сначала, а потом становится все милее и милее. Никто не в силах сопротивляться его странному очарованию. А он становится практически хозяином Атлантиса.

Рейфы захватили Декса и вернули его на родную планету. Снова став жертвой в охоте Рейфов, Ронон вынужден еще раз пережить свое прошлое. Но атлантийцы не собираются бросать друга в беде. Дедал отправляется на Сатеду.

Команда во главе с Вейер посещает высокоразвитую цивилизацию, которая рассталась с лантийцами тысячи лет назад и чья технология безумно напоминает Древних. Земляне готовы на все ради МНТ, но новые знакомые не очень-то хотят делиться. Кроме того, похоже, что они ненавидят и Древних, и Атлантис, и людей, в нем живущих.

Элизабет Вейер пробуждается в психиатрической лечебнице, где ей рассказывают, что экспедиция на Атлантис и Звездные врата - лишь продукты ее воображения. Элизабет то верит в это, что больница реальна, то вдруг начинает видеть странные видения, которые говорят ей, что на самом деле реален Атлантис.

Подполковник Шеппард - заложник дженайского командующего Коли. Коля требует, чтобы Лидон Радим сдался ему, и тогда дженаи признают командующего новым лидером. А для большего убеждения Коля обещает, что пленный Рейф будет высасывать из Шеппард жизнь каждые 3 часа. У Атлантийцев немного времени для раздумьев.

Ради семьи Джинни - сестре Родни Маккея - пришлось оставить карьеру блестящего ученого. Но видимо, гениальность - семейная черта Маккеев, поэтому однажды Джинни изобретает альтернативу МНТ, что сразу же заинтересовало командование Звездных Врат.

Команда Атлантийцев пытается вернуться на базу, но попадает под обстрел, когда врата оказываются недоступны. В это время соратники Шеппарда начинают вести себя странно, попав под влияние технологии Рейфов. Позже и вся окружающая действительность начинает казаться неестественной.

Генерал Джек О'Нилл вызван в Атлантис, чтобы помочь в борьбе с расой Асуранцев - древними аналогами человекоподобных репликаторов. Городу угрожает полный захват Асуранцами, но в это время появляется корабль Древних. Экипаж корабля рассказывает атлантийцам истории своих жизней, открывая попутно новые возможности Атлантиса.

Атлантийцы должны придумать способ спасти Джека О'Нилла и Ричарда Вулси, которых захватили Асуранцы.

Беккет наблюдает за медицинской бригадой, оперирующей человека с сильнейшими ожогами, но внезапно видение исчезает. В это время Маккей работает над устройством для общения с атлантийскими касатками. Неожиданно оказывается, что они говорят на известном языке.

Атлантийцы вновь встречаются с Люшисом Лавином, который теперь на другой планете манипулирует непросвещенными жителями. Команда Шеппарда обнаруживает, что в своих "героических" инсценировках обманщик использует бывших гвардейцев Кауэна, после переворота работающих по найму. Тогда же на планету со своим личным интересом прибывает Акастус Коля.

У Маккея возросли умственные способности. Его мозг может понимать вещи, которые остальным не подвластны. Он хочет перепрограммировать использование Атлантисом МНТ, а остальные даже не представляют, что он делает. Все идет не самым лучшим образом, а Зеленка ранен энергетической волной.

Шеппард и Маккей играют в компьютерную игру Атлантиса, похожую на Симс, где разработаны персонажи для каждой из сторон. Уже 2 года Маккей развивает свой город Гелдар технологически, во главе его стоит очаровательная Нола, подозрительно похожая на Саманту Картер. Но, оказалось, что это вовсе не игра. Эти горожане на самом деле реальные люди и проживают на одной из планет в галактике Пегас. Команда Шеппарда попадает на эту планету, где в Родни признают Оракула, и просят помощи в борьбе с Халлоном, агрессивным военным городом, который развивал Шеппард в игре.

Команда Шеппарда обнаруживает на орбите луны одной из планет космическую станцию с криокамерами, в которых спит около тысячи человек. Их цивилизация выбрала такой путь, чтобы спастись от Рейфов. Первым просыпается создатель этих криокамер - Херик, но он обнаруживает, что его семьи здесь нет. Тогда он пробуждает лидера своего народа – Джамуса, и тот сообщает, что его семья была оставлена Рейфам. Тогда Херик кончает жизнь самоубийством, но его этим посылает сигнал на планету и создает угрозу для команды Шеппарда и людей в криокамерах.

Воскресенье на Атлантисе мало чем отличается от обычного дня - все заняты своими привычными делами. Так и Элизабет решила немного поработать в компании молодого ученого Майка Брентона. К середине дня она уже не смогла отказать обаятельному парню в просьбе разделить с ним обед. Она даже не очень сопротивлялась, когда Майк начал раздеваться и целовать ее, однако в это время со всего города стали поступать сообщения о взрывах.

Атлантийцы ищут альтернативу МНТ. И находят в глубинах океана.

Таранцы, старые знакомые атлантийцев, неожиданно перестали выходить на связь. Команда Шеппарда отправляется на планету и обнаруживает поселение совершенно оставленным. В лабиринтах под поверхностью планеты атлантийцы обнаруживают множество мертвых тел. Нечто начинает охоту и на них. Позже они узнают, что попали в ловушку, устроенную их старым знакомым.

В Атлантис прибывает новый земной корабль "Аполлон" с полковником Эйбом Эллисом. На Земле узнали, что Репликаторы во всю строят флот, чтобы снова попытаться захватить Атлантис, но на этот раз они используют обычный материал вместо "клеток" Репликаторов. Поэтому на Земле решили, что Атлантис должен первым нанести удар по Репликаторам. Тем временем Асгарды смогли создать спутниковое оружие, способное уничтожить всех Репликаторов на поверхности планеты. В Зоне 51 пытаются повторить открытие. И лишь доктор Вейер беспокоится по поводу всего этого плана - ведь они официально начинают войну. Притом войну против очень могущественного врага.