Jumper One（Sheppard、McKay、Teyla、Ford）侦查幽灵的星球时发现，当时看到的整个小山就是一艘幽灵母舰，现在他们离开了那里，准备去屠戮世界。然后他们遭遇到幽灵的伏击，混乱中一只外星虫子紧紧地抓到了 Sheppard 的脖子上（Ford 少尉对着虫子开枪都弄不死它，它跟幽灵一样，吸食了食物就会自动复原），穿过星门时，由于 Jumper 的发动机受损没有及时收回，结果被卡住了。星门只能接受传送和还原完整的东西，所以38分钟后，飞船的前半段和里面的驾驶员就会消失，后半段则被切断，Sheppard 等人将被扔到太空。

Shepppard 等人刚出去几小时就灰溜溜地被打回来了（McKay 中了一枪，幸好幽灵的武器只是是麻痹神经，还要留着活人吸食生命，所以 McKay 只是暂时嘴巴不能动），这是他们第9次刚出任务就遭遇幽灵了，Weir 认为基地里有内奸，Teyla 和 Athos 人成了怀疑对象，McKay 和 Sheppard 认为不可能，因为那样的话幽灵会直接攻击 Atlantis。 Weir 开始逐个询问 Athos 人，调查期间星门任务暂停。与此同时 McKay 发现城市的屋顶可以打开，Sheppard 和 Ford 驾驶着 Jumper 兜风时发现了陆地，Athos 人决定搬往陆地（省得天天又被限制又被怀疑），Teyla 则留下来加入 Sheppard 的小队。

McKay、Grodin 和 Miller 乘 Jumper 去尝试修复古人的攻击卫星，从 Teyla 得到的路线图看，幽灵舰队正好经过那里。Sheppard 和 Teyla 则要继续搜索合适的 Alpha 基地。为了防止古人的数据库落入幽灵之手（上次传回去不过只是 8%-9%），Zelenka 精心设计了自毁计划（包括一个清除数据的病毒）。 Shepperd 等人又遇到了袭击，Bates 中士不分青红皂白就指责 Teyla，实际上攻击他们的只是一种像恐龙的怪兽。Teyla 与 Bates 的摩擦升级，随后 Bates 离奇死亡，Teyla 成了怀疑对象。Carson 从 Bates 衣服上 DNA 测试得知，基地里有一个幽灵，应该是前几天的侦查机自毁后隐藏在城内的。Teyla 和 Ford 很快就逮住了他，不过这家伙（Sheppard 把他命名为 Bob）除了说些威胁的话外没透 露任何信息。

突然间星门接通，ONeill 将军派来了援军，因为 SG-1 在一次时空混乱中弄到了一个 ZPM （SG-1, 8.20, Moebius）。Everett 上校一进来就解除了 Weir 的指挥权，中止了自毁程序，并开始积极备战。地球建造的 Daedalus 号飞船即将在四天内带着 ZPM 抵达，现在要做的就是要坚持到飞船抵达。 Everett 上校计划使用 Jumper 把六枚 Naquadah 加强核弹作为太空雷布置在幽灵舰队航线 上，士兵们开始在城区布置重机枪防御网，他们同时还带来了 Naquadah II 型发电机为控制椅提供能源—— 看起来 Atlantis 守卫战已经万无一失。

Daedalus带来ZPM启动Atlantis的护盾抵御Wraith的进攻但 他们发现实在不够抵抗如此多的舰队。紧急关头他们利用一个核 爆诡计领Wraith相信城市已经被毁灭。Atlantis在未来一段时 间将获得安全。

当探险队计划回到地球时发现Daedalus感染了一种Wraith电脑病毒，该病毒把Daedalus引向Wraith领地并发送地球的坐标。 McKay要清除船上电脑内存并重启以消除病毒.

小队被Ford俘虏他现在正带领着一群同样服用酶的人对抗Wraith还建议小队服用酶以 获得更强的能力。他们要McKay修好Dart然后留下他而拉上Sheppard一行去一艘Hive 执行死亡任务。但很不幸被Wraith捕获了。

Sheppard和Ford一行被Wraith困在Hive里寻求逃脱办法而McKay冒险使用酶从而得以回到Atlantis。在一次逃离行动中他们 救了一个人类女子Neera想不到竟是崇拜Wraith一族为了刺 探情报而已。正好这时出现了第二艘HiveSheppard利用离间计使两艘Hive互相攻击而毁灭而Ford再次逃离。

Atlantis被告知被Turst放置了一个炸弹原来Goauld已经有 一个奸细插入Atlantis中。Weir等人对此展开调查甚至动用非常手段。最后才发现被Goauld侵入的Caldwell。在紧急 关头他们关闭了被超载的ZPM避免了被Wraith船只发现。

McKay和Daedalus上的成员Griffin试飞一部修复的Jumper美想到出了故障掉下深海Griffin为此牺牲McKay困在后舱。 他在心理压力越来越大的情况下出现幻觉——Carter出现了并且和他一起寻求解决方法渡过难关最终等到了求援。

小队发现一个文明在研究古人的装置却发现这个装置下面是一 座即将爆发的大型火山。同时他们也发现了一艘古人大舰Orion。 最后在Daedalus等帮助下众人逃出升Orion留在了Atlantis。

由Michael带领的一群Wraith联系Atlantis意图合作，他们提供Wraith的资料换取Beckett的转化药物，把其他意见相左的 Wraith转成人类以吸食。Atlantis轻信了他们并帮助他们投放药物。想不到他们在资料中设置了病毒，该病毒不仅消除了Wraith资料还获得了地球的坐标。Wraith抓住Sheppard小队并使母舰向地球驶去。

Michael带领的一群Wraith突然改变合作的主意进攻 Atlantis军事小队被俘。但Michael受到女王的歧视在 Sheppard的纵容下叛变了Wraith，协助脱险后的军事小组向 Wraith母舰释放转化药物。Wraith除女王无法转变而被杀死外，其他的都被转化为人类 ，母舰也被缴获。同时Weir回地球接受调查。

Sheppard等人为了寻求更快的回地球所需要的星门到了一 个星球，Lucius想用他的药物来交换Jumper，Sheppard觉得他居心叵测，回到Atlantis后派出Beckett医生去调查，而Beckett 医生却擅自把Lucius带回了Atlantis。除了Sheppard因感冒没被感染外其他的全成了Lucius的‘粉丝’。原来Lucius的药物是一种专门泡妞的迷药，Sheppard劫持了Beckett医生并用事实说明真相。最后在Beckett 医生的努力下，利用Lucius想修改基因而解除了他的药物功效。

Weir跟随Sheppard的队伍前往前哨站所在的星球Asuras---一 个居住着几百万人的星球。没多久队伍就认定他们就是未升天的古人，但后来队伍发现他们其实是古人研制的、进化了不受控制的复制者。当Atlamtis的古人发现他们的实验失控的时候就用舰队袭击了这个新种族，几乎全部消灭了他们。 Weir大吃一惊，她猜测这个古人的实验也许与在银河系里SG1与之战斗的复制者的起源有关。复制者是由一个神秘科学家创造的机器人制造出来的（见SG-1 5.19:"Menace"那集)， 而这个神秘科学家很可能就是在幽灵战争战败后回到银河系的Atlantis古人。这些复制者最后进化成了人形由数十亿 计的Nanite所构成。后来利用其中一复制者想掌握升天技术的弱点，当复制者的城市级飞船准备毁灭Atlantis的时候使ZPM过载城舰被毁。队伍乘Jumper逃脱。

Mckay的妹妹Jeanie，早在第一季第13集“Hot Zone”中Mckay就说过他有个妹妹。现在Mckay要回到地球与他那疏远的妹妹团聚了。Jeanie跟Mckay一样的有才气但她对物理学的看法有点左。当她还在大学里的时候就怀孕了，决定去做一个母亲对她真的很重要，为此她放弃了自己的一部分生活。Mckay当然没有忘记她的这些。他私下觉得她甚至比他更有才华。Mckay去看望他的妹妹Jeanie以及她的丈夫和女儿。他们真的不知道怎么对待他，因为在过去兄妹俩曾有 过吵嘴的不愉快历史，而Jeanie也有着来自Mckay的众所周知的坏毛病骄傲、自负、固执。Mckay希望她能离开去帮助自己几个月的忙因为至少她和他一样能干。

Sheppard的队伍将返回A城但是有人在星门上做了手脚使得他们不能回去。紧接着他们开始交火，但幽灵的技术却对Sheppard 产生了影响，接着他们的行为开始变得古怪。在这之后甚至连整个队伍都感觉到了不可思议的幻觉。

McKay在做星门跳跃测试的时候发现一个可疑的飞行物，原来是当年离开Atlantis 的古人舰。他们被带回Atlantis后却提出收回Atlantis的管理权。探险队被迫返回地球，泰勒和Ronon则到了另 一个可居住的星球定居，仅留Jack O'Neill少将和Woolsey参议员作为地球人的代表协助处理地球和Atlantis的外交工作。

Beckett目睹一些医护人员在为一个严重烧伤的人做手术，但是突然他们全都不见了。Mckay正在研究一个不明的、无法表述的滤波器，这个东西使得他们能讲一种已知的语言。

Rodney在开启一个不明了的古人装置的时候被一股神秘的电波击中，却具有了神秘的力量，使他能看懂并运算一些他平时根本无法了解的题目。

一支SGA小队在探索一个星球的时候发现该星球的上空规则的布满了正在工作的古人技术卫星，但星球上的人们却过着相对原始的生活，技术也比较落后。小队还发现星球上的人们把Rondey的像片当作神来供奉。原来这个星球是古人的一个试验场所。古人通过一个游戏装置指导该星球上的人们工作、生活等等。古人战败后该星球便停止利发展，是Sheppard 和Rodney无意中继续了古人的游戏。Sheppard和Rodney变成了该星球上两个国家共同的神。

这是Atlantis的一个平凡的星期天，Weir和她的手下一如往常一样处理着各种事务。一个很帅的年轻科学家Mike Branton在休息日里找到在办公室里正在工作的Weir想泡她。

Weir带领SGA小队和其他科学家乘Jumper来到深海的一座古人钻井平台准备进行研究工作。此时Teyla感觉到有Wraith的存在，可生物传感器却搜索不到。Teyla利用她特有的和Wraith作意识连接的本事进行尝试，却被Wraith控制‘她’破坏了平台的通讯等设施后才清醒过来。

地球新战舰Apollo的舰长Ellis上校带来了地球SGC的消息，自从上次被复制人攻占后，地球战舰Daedalus一直在复制人母星戒备。最近发现该星球上的复制人在制造大量的舰队，看样子这次不象是要袭击Aleantis，攻击目标可能是地球。SGC总部派他们和SGA小队一起行动，携带6枚核弹的‘地平线’运载火箭先发制人想炸平该星球。

Apollo舰的突袭不但没有制止复制人的侵略野心，他们反而弄了个带星门有超空间发动机的卫星来到了Atlantis，直接攻击A城迫使A城只有逃命的份了。而A城舰起飞后却飞到了一个不知晓的区域。Weir博士被复制人光束击中以后生命垂危，Rodney把她身上残余的复制人纳米细胞激活后得以生存。

Rodney和Sheppard驾驶 Jumper经过几次跳跃来到复制人星球偷ZPM。利用Weir身上的纳米复制人细胞连接到复制人的系统并修改了底层代码，计划让复制人去对付幽灵。

SAM接任Atlantis的主管，Ronon和Teyla在一个星球上找到Ronon的几个故友，他们想去Atlantis但被SAM拒绝，但SAM同意Sheppard小组协同他们去破坏幽灵的试验基地。

Sheppard在一个星球上接触了一种有思维的水晶体，回来以后好几个人都在梦中梦见另一个Sheppard，原来是那水晶生命附体。

一场致命的传染病使得亚特兰蒂斯的关键成员失去了记忆，要靠Teyla和Rodney来寻找治疗的方法。但一群士兵在到处追赶所有人，却没人记得原因。要一起团结合作治愈所有人难上加难。

Jeanie、McKay、Miller和Rodney McKay博士被Henry Wallace绑架，Wallace认定只有McKay用外星纳米技术才能拯救他女儿的命。

当一个神秘的探测器闯入亚特兰蒂斯城时，SGA小队确信复制者已经找到了他们。

复制者为了消灭幽灵对飞马星系人类居住的星球进行毁灭性的攻击，亚特兰蒂斯方面同他们所俘虏的幽灵科学家开始合作，和幽灵以及飞马系的流浪部落结成同盟，共同致力于消灭共同的敌人复制者。

探险队获得了一艘幽灵母舰，在定位装置上发现了幽灵的一个基地，该基地是幽灵得到ZMP后运行起来的‘幽灵复制系统’。一旦复制成功，飞马系将出现不可设想的后果。

亚特兰蒂斯城被严密地隔离封闭起来，这严重考验着A城里人与人之间的关系。Rodney发现自己和他女友Katie Brown困在了植物学实验室里。

Carson Beckett的克隆人从淤滞中移出，可能得到治愈，而这又是唯一可以为严重的医学问题找到治愈方法的人，但对他的最亲密的朋友来说为时已晚。 Keller博士被用来种植一艘占领了亚特兰蒂斯部分地区的幽灵船。

一艘宇宙飞船在亚特兰蒂斯上空出现。Sheppard和他的团队发现这艘船是Daedalus号，这很奇怪，因为星际之门司令部证实Daedalus号实际上离地球两天了。Sheppard的团队登上了新的Daedalus，发现它显然已被遗弃，并带有战伤迹象。Teyla查看了Daedalus指挥官Sobel上校的日志条目，该团队从未听说过。突然之间，出现了功率峰值的Daedalus从亚特兰蒂斯上方消失，而从Sheppard团队的角度来看，亚特兰蒂斯消失了。麦凯发现，通过他所说的“替代现实驱动”，它们已经被推进到平行宇宙中，因此Daedalus实际上是来自多重现实。

Weir博士以“数字提升”的身份回到亚特兰蒂斯，她希望利用亚特兰蒂斯来为自己的意识以及其他八位同样希望提升的复制者构建人体。 Weir说服团队允许其他复制者在重建自己的FRAN后召唤他们的身体，这是复制者McKay先前创建的，目的是让他们自己居住的人体。但是，其中一个复制者 ，Koracen不喜欢它，因此逃离了实验室，以保留复制器并寻求提升。 当他试图杀死Sheppard时，Weir摧毁了他，并意识到她和其他复制者构成了太大的威胁，牺牲了自己，以诱使其他复制者通过一个太空门，在那儿，它们因空间的寒冷而永远被冻结并被停用。

McKay的姐姐Jeannie得知亚特兰蒂斯的弟弟已感染了一种被称为“第二孩童时期”的神秘疾病，这种疾病相当于快速发作的阿尔茨海默氏病。Rodney已经退回到孩子般的状态，所有医疗干预尝试均以失败告终。

Michael Kenmore has infiltrated Atlantis with an army of his Hybrids, and closes off Stargate Operations and the surrounded levels to prevent anyone from taking it back. His plan; take Teyla Emmagan and her child to perfect his Hybrids, and to destroy the base when they're done. Meanwhile, Lt. Colonel John Sheppard, Dr. Rodney McKay and a team try to take back the city before Michael leaves with what he wants.

Sheppard被Acastus Kolya绑架。。在亚特兰蒂斯，Woolsey、McKay和其他团队成员发现一个名为Sakari的古老种族，这是一个基于硅的生命形式，它使用强烈的幻觉来操纵人们。

Keller医生被诊断出患有心理疾病。 但是，亚特兰蒂斯号探险队几乎没有意识到她已经接触过身体转换技术，这与SG-1在SG-1情节“ Avalon”中发现的那种要求受试者不靠近身体的技术相似。 同时，Keller的意识面临着一个通缉的逃亡妇女Neeva的拼命挣扎。 最终，SGA小队找到了该装置，而Ronon则将其销毁。

在另一个现实中，侦探Sheppard和联邦调查局特工Woolsey陷入一起类似CSI的谋杀案，其中涉及几起明显来自内华达州拉斯维加斯的幽灵的谋杀案。 最终表明，这只幽灵是攻击地球并被摧毁的蜂巢船的唯一幸存者。 幽灵计划向另一只幽灵发送一个传送带，将他们引到地球，但Sheppard找到了他，一场战斗之后Sheppard受到致命伤。 当幽灵要杀死他时，Woolsey派出的两架A-10雷电II就到达了。

Wraith计划通过将Hive船与来自Asurans的失窃的零点模块集成在一起来升级Hive船，并从替代现实（“ Vegas”）中拾取来自地球的微弱信号，确定该船地球的位置。