An 2018. L'être humain a colonisé les océans. Le capitaine Nathan Bridger est chargé de prendre les commandes d'un sous-marin, le Seaquest DSV. En compagnie de son équipage, il devra patrouiller les océans, faire l'interface entre les différentes communautés qui se sont implantées dans les mers et maintenir la paix et l'ordre sur la planète bleue. Un défi qui va amener Nathan Bridger et les siens à vivre de multiples aventures océaniques.

Le seaQuest sauve un surveillant de prison d'Antarctique ainsi qu'un homme cryogénisé (son prisonnier). Seulement, on découvre que le prisonnier s'est fait passer pour le surveillant. Il s'agit en réalité du docteur Rubin Zellar. Zellar s'échappe et menace de répandre une biotoxine à moins que Bridger ne tire un missile nucléaire. Bridger le dupe, mais le Docteur Westphalen menace de le tuer pour se venger du meurtre de son frère.

En explorant une station spatiale submergée, Ford et plusieurs autres membres de l'équipe sont infectés par un virus inconnu. Bridger fait appel à un généticien français pour les aider.

Raleigh Young crée une bouée qui détecte les éruptions volcaniques. la bouée ressort sur une petite île. Une équipe essayent de faire évacuer un groupe d'explorateurs, mais ils ne veulent pas. Ils sont à la recherche d'un trésor. Ford et Young y retourne pour leur dire le danger qu'ils encourent. Mais il est trop tard. Le docteur Westphalen prend alors le commandement et ordonne à l'équipage d'envoyer leurs torpilles dans la roche sous-marine pour évacuer la pression et éviter l'éruption.