En el año 2040 d.C. en el planeta colonial Eden, el Ministerio de Defensa está probando y desarrollando un avión transformador, una nueva defensa avanzada para contrarrestar las amenazas alienígenas.

Isamu Dyson es un inconformista de aviones de combate extrovertido asignado como nuevo piloto de pruebas en el proyecto Super Nova. La competencia se intensifica cuando descubre que su antiguo rival Guld es el piloto de pruebas del proyecto en competencia. La llegada de Myung, una exnovia mutua, añade más tensión al conflicto.

La megaestrella del pop generada por computadora, Sharon Apple, ha vuelto a reunir a las masas para otro de sus conciertos más vendidos. Entre los fanáticos se encuentran Isamu Dyson, el piloto inconformista, y Yang, quien está a punto de realizar uno de los trucos de piratería informática más grandes de la historia frente a millones.

Cuando Isamu regresa al New Edwards Test Center, se enfrenta a su antiguo rival Guld por la supremacía aérea y lucha por el afecto de Myung, el productor descontento de Sharon Apple. Un mensaje transmitido por computadora alerta a los pilotos de que Myung está en peligro y ambos corren a rescatarla. Guld emerge como un héroe e Isamu está celoso. Saltan chispas y la rivalidad se vuelve violenta cuando se encuentran en un combate aéreo.

Una tormenta de emociones se enciende cuando la peligrosa rivalidad entre el renegado Isamu Dyson y el helado Zentradei Guld Bowman alcanza el punto de ebullición en medio de la presión del programa de prueba Super Nova. La ex cantante Myung Lone, ahora gerente del ídolo virtual generado por computadora Sharon Apple, se debate entre sus sentimientos por los dos hombres mientras sus recuerdos de los días pasados en el planeta Eden se ven destrozados por la dura realidad.

Myung los deja atrás y se dirige a la Tierra y a un futuro incierto, mientras que Dyson, con la ayuda del genio hacker Yang, secuestra el caza YF-19 y se dirige tras ella. Solo otro avión puede atraparlo: el rival YF-21. Bowman sube a bordo y comienza la persecución...

Enfurecidos por la noticia de que las pruebas de Stealth Valkyrie se han detenido abruptamente, Isamu y Yang se dirigen hacia la Tierra para vengarse de la Valkyrie sin piloto, "Ghost X-9". Guld, también al escuchar la misma noticia, los persigue para una batalla final. Los dos cazas chocan en medio de misiles interceptores disparados desde la Tierra. Durante esta lucha a muerte, Guld recuerda un evento fatídico que había quedado sellado en su memoria.

Mientras tanto, en Ciudad Macross, Sharon Apple absorbe los pensamientos de Myung y los tuerce de una manera aterradora. Ahora tiene control total sobre la ciudad, así como sobre las mentes de sus ciudadanos. Sharon envía el "Ghost X-9" tras Isamu y Guld.