Kanata, un aspirante Drifter, esplorando delle rovine con un famoso Drifter di nome Tokio, trova una Magus priva di memoria. Poi gli Ender attaccano e Rock Town è in pericolo.

Kanata torna alle rovine dove Noir è alla ricerca di indizi sul suo passato. Mentre Range, a capo della criminalità organizzata di Baccarat Nest, cerca di allontanare con l'inganno Noir da Rock Town, lei incontra Ciel, una Magus dalla voce angelica.

Kanata, che ora è il master di Noir, è sulla buona strada per diventare un Drifter. Tokio dichiara di voler fare di Kanata un uomo adulto e lo porta a Desire Nest, la città del piacere. Lo vengono a sapere Ellie, Ange e Noir, che si dirigono quindi a Desire Nest per riportare a casa Kanata.

Kanata si allena per diventare più forte combattendo contro gli Ender senza l'aiuto di Noir, ma, poco prima di essere sconfitto, un Cradle Coffin distrugge gli Ender con uno sparo da lunga distanza. I suoi salvatori sono Claudia e la sua Magus Flamme che hanno una richiesta importante per Kanata.

Kanata apprende di dover rafforzare il legame con la sua partner Magus, se vuole diventare un Drifter più forte. Parte quindi per le rovine del labirinto di Fes insieme a Noir. Frattanto, Tokio viene a sapere che un gruppo attacca i Magus Amasiani di tipo zero e i loro Drifter.

Kanata e Tokio vengono sorpresi dalla pioggia mentre cercano i cristalli AO. Tokio suggerisce di cercare riparo nella vicina città di Baccarat Nest dove trovano una Magus solitaria che canta. Si tratta di Ciel, la stessa Magus che Noir aveva incontrato quando Range aveva cercato di rapirla.

Cercando di sapere di più sul passato di Noir, Kanata chiede a Maria di sottoporla a manutenzione. Ellie, che ha deciso di occuparsi della casa di Kanata mentre Noir non può, scopre che l'abitazione, tenuta solitamente molto male, è pulitissima ora che c'è Ciel.

Kanata invita Ellie al Satellite Aqua. Ellie è emozionata perché pensa si tratti di un appuntamento, ma, quando arrivano, si accorge che non sono soli. Con Ciel sul palco che fa impazzire la folla, il divertimento a bordo piscina è garantito.

Andando a Trader Nest, Kanata vede un Drifter solitario che cammina sotto la pioggia. I due si incontrano di nuovo a Trader Nest. Il Drifter solitario, che dice di chiamarsi Alba, è un veterano e, come spiega lui stesso a Kanata, conduce una ricerca sui Magus.

Qualcuno o qualcosa sta devastando i Nest intorno a Rock Town. Kanata vuole indagare, ma Tokio si rifiuta. Quando il leader di Rock Town ordina loro di condurre l'indagine insieme, i due non riescono a trovarsi d'accordo e, in un momento di tensione, Kanata parte da solo.

I Drifter dei Nest vicini vanno in aiuto di Rock Town che si prepara ad affrontare la Silver Storm. Frattanto, il misterioso gruppo che cerca Noir approfitta della confusione e ordina a Ciel di eliminare Kanata. Protraendosi la battaglia, i Drifter iniziano a perdere la speranza di sopravvivere.

È l'ultima tappa della battaglia contro la Silver Storm. Tutti sono feriti e anche il DAISYOGRE potenziato sta subendo pesanti colpi, ma Kanata si rifiuta di arrendersi. In questa lotta all'ultimo sangue, le preoccupazioni di Noir raggiungono il culmine e lei subisce una trasformazione.

Sono trascorsi alcuni giorni dalla battaglia infuocata contro la Silver Storm, ma Noir, tramutatasi in Mystere, non è ancora tornata in sé. Kanata porta Mystere nei luoghi dei quali lui e Noir hanno dei ricordi in comune, sperando che ciò risvegli Noir.

Mystere dice a Kanata che Histoire esiste, perché lei e il suo ex master erano riusciti a mettersi in contatto con la rete di Histoire durante i loro viaggi. Tuttavia, Kanata dovrà sottoporsi a un duro addestramento, prima di intraprendere un eventuale viaggio verso Historie.

Kanata si dirige a Cartagine, nei cui pressi dovrebbe trovarsi un vecchio spazioporto, alla ricerca di indizi che lo conducano alla leggendaria Histoire. Cerca di entrare, ma all'improvviso lo attaccano. Quando affronta chi lo attacca, viene sfidato a duello per la propria Magus.

Noir scopre che potrebbe scomparire una volta completata la sequenza di auto-riparazione di Mystere. Noir accetta il suo destino, credendo che Kanata stia meglio con Mystere al suo fianco, ma Kanata è all'oscuro di tutto. Come gesto finale, Noir decide di cucinare per lui.

Per la sventatezza di Noir, Mystere e Noir stessa non funzionano più. Nessuna delle due si sveglia, così Kanata chiede aiuto ad Alba. Secondo Alba, per salvarle occorre un'altra Magus di tipo zero. Forse ce n'è una tra le rovine di Amasia. Kanata e Ciel si mettono dunque in viaggio per trovarla.

Tradito da un fidato alleato, Kanata viene fatto prigioniero e altri due suoi amici vengono visti tra le fila di Ideal. A peggiorare le cose, Weisheit svela un passato scioccante.

Ellie, temendo per l'incolumità di Kanata, va a cercarlo e lo trova in stato di shock, mentre incolpa sé stesso con Ciel esanime tra le braccia. Non c'è più tempo da perdere per Noir e Mystere, ma lui è incapace di scegliere. Nel corso di un'accesa discussione, Kanata è costretto a decidere.

Pascale ha lasciato un messaggio che descrive il passato di Noir e Mystere quando erano entrate in contatto con Histoire. Nel frattempo, Macht ricorda il momento della stipula del contratto con Schnee. I suoi ricordi rivelano il segreto di Ideal, mentre lo scontro con Kanata si avvicina sempre più.

Nell'imminenza della battaglia contro Ideal, Kanata apporta delle migliorie al DAISYOGRE ALTER. Frattanto Noir, che non si capacita di essere stata salvata da Ciel, girovagando incontra una fan di quest'ultima e rievoca con lei le sue canzoni. Poi Noir dice a Kanata di voler provare a cantare.

Grazie al razzo di Maria, Kanata può finalmente raggiungere Histoire. Tuttavia, Ideal non è d'accordo e cerca di fermarlo. Weisheit ordina a Macht di rapire Mystere dando così il via a un'imponente battaglia tra i Drifter di Rock Town e Ideal.

Per riportare indietro Mystere, Kanata decide d'inseguire Weisheit con l'ultimo razzo rimasto. Lui e Noir salutano Rock Town prima di arrivare finalmente a Histoire, dove Weisheit li aspetta impaziente.

Tutto è andato secondo i piani di Weisheit e tutti i Magus hanno smesso di funzionare. Tuttavia, Noir è l'unico Magus rimasto funzionante grazie alle sue origini uniche e ora ogni speranza è riposta in lei. È giunto il momento che Kanata e Noir affrontino la loro battaglia finale contro Weisheit.