"The Dark Knight's First Night" is the name given to the short two-minute pilot used by Bruce Timm and Eric Radomski to show Fox executives what they were planning to do with Batman: The Animated Series.

Batman narazí na nového kočičího zloděje, který si říká Catwoman, a přibližně ve stejnou dobu (jako Bruce Wayne) potká ženu jménem Selina Kyle, kterou viditelně přitahuje. Když Selina narazí na teroristickou skupinu známou jako The Red Claw, která chce zničit místo, které je útočištěm vzácných horských lvů a které se Selina snažila zachránit, rozhodne se vzít věci do svých rukou a vyšetřovat.

Tajemný Man-Bat terorizuje Gotham City, což policejní síly nutí, aby pokračovali v pronásledování Batman. Temný rytíř musí najít skutečného pachatele, aby očistil své jméno.

Zahořklý vědec Victor Fries, známý spíše jako Mr Freeze, zaútočil na několik divizí GothCorp, aby ukradl součásti na tajnou zbraň, kterou chce postavit. Batman vyšetřuje souvislosti a zjišťuje, že začátek Freezovi msty proti GothCorpu byla hořká komfrontace mezi Friesem a generálním ředitelem GothCorpu, Ferrisem Boylem, během kterého Boyle téměř zabil Friese (naházel na něj chemikálie, které způsobily mutaci jeho těla) a pravděpodobně zabil Friesovu manželku, Noru, která trpěla nevyléčitelnou nemocí. Batman musí najít způsob, jak postavit Boylea před soud, než se Freeze pomstí.

Bruce Wayne je obviněn z pokusu o vraždu Luciuse Foxe. Skutečným pachatelem je herec a mistr převleků jménem Matt Hagen, který byl před lety znetvořen při automobilové nehodě. Aby si udržel slávu, začal tajně pracovat pro Rolanda Daggetta, který mu každý měsíc dodává návykový krém na obličej známý jako Renuyu (hříčka na „Renew You“), který mu dočasně změní tvář na normální úroveň a který chce převzít Wayne Enterprises pro marketingovou expanzi. Za pokus o vraždu je Hagenova dodávka přerušena a když se Hagen vloupá do Daggettovy laboratoře pro další Renuyu, je přistižen Daggettovimi muži, kteří na něj veškerý zbytek krému Renuyu vylijí. Mezitím je Bruce Wayne zatčen a vzat do vazby.

Bruce Wayne je z vězení propuštěn na kauci. Hagen, jak se ukázalo, pokus o vraždu přežil, ale za vysokou cenu – vzorec krému Renuyu vstoupil do jeho těla, přeměnil každou jeho buňku a proměnil ho v mutanta měnícího tvar. Se svými nově nabytými schopnostmi se Hagen, který si nyní říká Clayface, rozhodne pomstít Daggettovi a jeho mužům. Batman musí Daggetta postavit před soud a zastavit Clayfacea dříve, než budou zraněni nevinní lidé.

V Gothamu se válka mezi kriminálními šéfy Rupertem Thornem a Arnoldem Stromwellem blíží ke svému konci a vyvrcholí, když se Stromwell pokouší zabít Thorna v restauraci pomocí exploze. Batman ho na poslední chvíli zachrání a za pomoci Stromwellova bratra (který je nyní kněz a přišel o nohu během železniční nehody, za kterou Stromwell nese tajnou vinu) se ho snaží přesvědčit, aby se vzdal života zločince a pomohl policii přivézt Thorna ke spravedlnosti tím, že bude proti němu svědčit.

Poté, co muž jménem Charlie Collins nadává na silniční provozu, narazí náhodou na Jokera. Klaunský princ zločinu ho zastraší a přinutí ho, aby mu udělal „malou laskavost“. Uplynou dva roky a Joker se konečně rozhodne, jak Charlieho použít – propašuje bombu do Peregrinatorova klubu, kde má komisař Gordon přednést projev na slavnostním předávání cen. Charlie, který musí pouze otevřít dveře, je zpočátku skeptický, ale kvůli své rodině se neochotně rozhodne uposlechnout.

Vůdkyně teroristické skupiny Red Claw (známá jen jako Red Claw) zaútočí na vojenský vlak a ukradne ampuli se smrtícím virem, který hodlá vypustit nad Gothamem, pokud nedostane výkupné. Batman a Catwoman musí potlačit své rozdíly a společně zastavit Red Claw, než bude příliš pozdě.

Když se okresní prokurátor Harvey Dent zhroutí po jídle s přítelem Brucem Waynem a se svou snoubenkou Pamelou Isleyovou, lékaři zjistí, že byl otráven. Batman musí najít viníka a protilátku dřív, než čas vyprší a Harvey zemře.

Batman narazí na Strašáka a pokusí se zmařit jeho plán zruinovat Gothamskou univerzitu, ze které byl Strašák jako učitel vyhozen a snaží se pomstít. Jenomže Batman je v tomto procesu vystaven Strašákovu plynu strachu a je nucen čelit své vlastní vině za smrt svých rodičů

Syn starosty Hamiltona Hilla, Jordan, je ještě smutnější, když zjistí, že jeho otec chystá jeho narozeninovou oslavu spíše jako politické shromáždění, než jako obyčejnou oslavu. Rozhodne se tedy utéct a skončí v nákladním autě klauna, kterého najal Hill a který se má na oslavě starat o zábavu. Co ovšem Jordan netuší je, že klaun je ve skutečnosti maskovaný Joker. Nyní je na Batmanovi, kterému starosta Hill nedůvěřuje, aby chlapce zachránil, než bude příliš pozdě.

Roland Daggett plánuje s pomocí žhářů zničit Crime Alley a využít pozemky k rozšíření své obchodní říše. To se ovšem vůbec nelíbí lidem, kteří v této čtvrtí žijí. Batman proto musí situaci vyřešit dřív, než dojde ke smrti nevinných lidí.

Špatně provedená policejní operace má za následek pozastavení činnosti všech zúčastněných – důstojníka Wilkese, důstojníka Montoyi a detektiva Bullocka. V konfrontaci s nadřízenými je každý z nich nucen vyprávět svůj příběh o tom, co se té noci stalo.

Poté, co jeho společnost bankrotuje, se Temple Fugate stává Hodinovým králem. Fugate se vydal pomstít muži, kterého viní ze svého neštěstí – starostovi Hamiltonu Hillovi. Fugate unese Hilla a má v úmyslu s ním skoncovat, aby dosáhl své pomsty. Batman musí zabránit Fugateovi vykonat svou pomstu a zachránit život starosty.

Joker vymyslel další kousek. Ze své odpadkové lodi rozsévá smějící plyn, takže každý, kdo přijde s plynem do styku, se začne nekontrolovatelně smát. Zatímco se celé město propadá do bláznivého smíchu, Joker a jeho gang kradou vše, co jim přijde pod ruku. Když se ale nakazí Batmanův sluha Alfréd, musí Batman zastavit Jokera a najít protilátku dřív, než celé město trvale zešílí.

Několik bohatých průmyslníků je pozváno do lázní Eternal Youth Health Spa a zde jsou také naposledy viděni předtím, než záhadně zmizí. Existuje pouze jediná souvislost – měli něco společného s likvidací lesů, deštných pralesů a vůbec s likvidací rostlin. Bruce Wayne také obdrží pozvánku (ačkoli to byl jeden z jeho chamtivých ředitelů, který se rozhodli ke zničení deštného pralesa, ovšem Bruce ho přinutil ukončit operaci), ale sám jet nechce, tak Alfred a jeho „přítelkyně“ Maggie jedou místo něj. Když se začnou chovat podivně a nakonec se nevrátí, Batman je nucen vyšetřovat a zjistit, že lázně provozuje Poison Ivy a že pomocí vzorce proměnila průmyslníky v humanoidní stromy včetně Alfreda a Maggie.

Gangster Rupert Thorne se pokouší vydírat Harveyho Denta, který má tajnou rozpolcenou osobnost. Ale když se Dent setká s Thornem v chemickém závodě, převezme to „Big Bad Harv“ a výsledná konfrontace vede k výbuchu, který strašně znetvoří polovinu Dentovy tváře a jeho celého těla.

Harvey Dent, který si nyní říká Two-Face, se probere zpět k životu, začne okrádat nelegální obchody Ruperta Thorna a připravuje se na konečnou konfrontaci se šéfem zločinu. Batman musí svého bývalého přítele zastavit, než se on a Thorne navzájem zabijí.

Strašák vynalézá chemickou látku strachu, která je aktivována adrenalinem. Poté jej používá k ovlivnění výsledku atletických událostí. Kdykoli se určitá osoba vzruší, nastartuje to chemickou látku a přemění její vzrušení na strach. Strašák sází na týmy sportovních hvězd jako součást jeho kriminálního plánu, aby rychle vydělal nějaké peníze. Batman a Robin musí zmařit jeho plány.

Tučňák se snaží ukradnout Fabergého vejce. Batman mu v tom brání, ale Tučňák přiotráví Batmana jedovatým plynem. Temného rytíře zachrání dospívající amatérský detektiv Sherman Grant a jeho kamarádka Roberta, kteří skryjí Batmana v Shermanově sklepě dostatečně dlouho na to, aby se vzpamatoval z otravy dřív, než je Tučňák najde.

Detektiv Bullock je zatčen za únos. Batman, který Bullocka nemá rád, ale přesto věří, že je dobrý člověk, vyšetřuje a zjišťuje, kdo je skutečný zločinec – Killer Croc, který se snaží Bullockovi pomstít za to, že ho jednou zatkl. Batman musí očistit Bullockovo jméno, než bude příliš pozdě.

Batman vyšetřuje kult zvaný Bratrstvo, který založil „mystik“ Nostromos poté, co jako Bruce Wayne slyšel o řadě příběhů svých kolegů o jeho schopnosti předpovídat budoucnost. Batman zjistí, že Nostromos je ve skutečnosti podvodník, který vytvářel pro Gothamské občany z vyšší třídy téměř smrtelné nehody, aby získal jejich důvěru. Batman musí tuto lest odhalit, než bude příliš pozdě.

V Gothamu se ztrácejí bezdomovci. Bruce Wayne se v přestrojení pouští do pátraní, ale je unesen a uvězněn v těžebním táboře, kde se s vězni zachází velice krutě. Sám však trpí amnézii a neví, kdo je. Alfred ho tedy musí vypátrat sám, následně mu pomoci k útěku a osvobodit ostatní vězně.

Nešťastný vědec Wayne Industries, Jervis Tetch, není schopen dát najevo své city dívce, kterou miluje, sekretářce Alice. Když se Alice rozejde se svým přítelem, udělá Tetch pokrok a vytvoří s ní rychlé přátelství, dokud se s ní její přítel nesmiří a neudobří. Rozzuřený Tetch se rozhodne vzít věci do svých rukou a stává se Šíleným kloboučníkem, co pomocí svých ovládacích zařízení mysli donutí ty, kteří mu celý život ubližovali, aby se stali jeho bezduchými otroky.

Baron Jozek je naštvaný na Batmana, protože ho na večeři ponížil (kvůli spojení s podsvětím) a najme Josiah Wormwooda, mistra v nastražování pastí, aby vypátral Batmana a přinesl hrdinovu masku a pláštěnku.

Bruce Wayne se jednoho rána probudí a zjistí, že jeho život je zcela vzhůru nohama – je zasnoubený se Selinou Kyle, jeho rodiče jsou naživu, Batcave neexistuje a Alfred neví, kdo má být Robin. Neznamená to však, že by Batman neexistoval, a Bruce si začíná klást otázku, co se stalo, zvláště poté, když zjistí, že v tomto novém životě není vůbec schopen číst.

Batman sleduje sérii bizarních loupeží v ulicích Gothamu, které provádí skupina dětí bez domova, které byly vychovávány k tomu, aby se ucházely o přízeň svého pána, krále kanalizace.

Tajemný ninja okrádá dceřiné společnosti Wayne Enterprises a Batman zjistí, že ninja je v boji vlastně jeho rovnocenným soupeřem. Zášť vůči Bruce Waynovi a schopnosti vyrovnat se s ním mohou znamenat pouze jednu osobu – Kyodai Ken, starý rival Waynova učitele z dob v Japonsku, který byl vyhozen z dodžo poté, co se ho pokusil vyloupit, jen aby Waynea vyhodily. Ukázalo se, že Ken se chce pomstít.

Poté, co je prominentní soudkyně zraněna během boje s lupiči, kteří z ní vymáhali peníze výměnou za podivnou kazetu, Bruce Wayne se rozhodne odjet na výlet do Yucca Springs, resortu, kde byla soudkyně na dovolené, a konzultovala s Dr. Hugo Strangem, který je psychiatr. Bruce se brzy dozví, že Strange vynalezl stroj, který z myslí jeho obětí vytáhne nejtemnější tajemství a přenese je na videokazetu – a nyní má Strange důkaz o Bruceově tajné identitě – Batmanovi, a plánuje jej vydražit třem z prominentních šéfů kriminality v Gothamu – Jokerovi, Tučňákovi a Dvěma Tvařím.

Selina Kyle je unesena darebným genetickým inženýrem Dr. Emile Dorianem a stává se jeho nejnovějším experimentem, kterým je kříženec typu člověk-kočka jménem Tygrus. Batman se to dozví a přijde na ostrov zachránit Selinu. Když Tygrus loví Batmana v džunglích ostrova, je zajat a nucen hrát smrtící hru na kočku a létající myš.

Batman je uvězněn v Arkham Asylum poté, co byl vystaven Strašákovu plynu vyvolávajícímu strach. Batman ví, že Strašák opět utekl a plánuje otrávit Gothamskou dodávku vody stejným plynem vyvolávajícím strach, a musí se přinutit porušit zákon a uniknout z Arkhamu dřív, než Strašák srazí město Gotham na kolena.

Simon Trent, herec, který je nejlépe známý svou rolí ve starém seriálu „Gray Ghost“, je díky své upadající kariéře na pokraji bankrotu. Aby se zachránil, prodává všechny předměty s tématikou Gray Ghost, co během kariéry nashromáždil. Bezprostředně poté se začínají odehrávat série bombových útoků souvisejících se starým seriálem. Batman, který se seriálem sám částečně inspiroval, aby se stal bojovníkem proti zločinu, jde Trenta požádat o pomoc a spojit se s ním, aby společně ukončili zločiny a také oživili Trentovu kariéru.

Batman musí zastavit plán Rolanda Daggetta na uvolnění virové epidemie do Gothamu (navržené profesorem Milo) prostřednictvím toulavých koček. Případ získává novou naléhavost, když se Catwoman nakazí virem během hledání své ztracené kočky Isis. Nyní musí Batman najít protijed, aby zachránil ženu, která ho nejvíce miluje.

U příležitosti výročí smrti Bruceových rodičů Batman doprovází Leslie Thompkinsovou do Crime Alley, kde umisťuje růže na místo, kde byli zastřeleni. Mezitím je komisař Gordon připraven zatknout Jimmyho „The Jazzmana“ Peaka během pašování drog. Batman slíbil, že na místě zatýkání bude, ale dorazí pozdě a vidí, že probíhá přestřelka. Batman pomáhá porazit gangstery a zatknout Jazzmana, ale za vysokou cenu – Gordon je těžce zraněn. Incident traumatizuje Batmana a uvažuje o tom, že se vzdá své kariéry v boji proti zločinu, a to navzdory útěku Jazzmana z věznice, který chce provést svou osobní mstu proti Gordonovi (který ho před šesti lety poslal do vězení).

Joker, Killer Croc, Penguin, Two-Face a Poison Ivy se všichni setkávají u pokerového stolu a každý vypráví příběh, kdy téměř porazili Batmana. Harley Quinn se zároveň chystá zabít Catwoman poté, co zachránila Batmana z Jokerova elektrického křesla, a Batman ji musí zachránit.

Batman zkoumá výskyt tvora podobného vlkodlakovy v Gothamu aniž by si uvědomil, že netvor je náhodou jedním z jeho spolupracovníků – bývalý olympijský šampion Anthony Romulus. Za tímto schématem stojí zvrácený chemik profesor Milo.

Když obří netopýr vyplenil Gothamský přístav, Batman má podezření, že Dr. Kirk Langstrom používá své staré triky, přičemž znovu využil vzorec Man-Bat. Batman není jediný, kdo si to myslí. Kirkova žena Francine je vůči svému manželovi tak nedůvěřivá, že se ho rozhodne opustit. Po dalším vyšetřování Batman zjistí, že tento Man-Bat není Kirk, ale někdo jiný, a tak přinutí Francininho otce, aby vzorec trvale zničil. Vše eskaluje útokem Man-Bata na dopravní letadlo.

Na Štědrý den Joker uteče z Arkham Asylum pomocí rakety ukryté ve vánočním stromku. Batman a Robin začínají prohledávat Gotham City a hledat Jokera. Ten zatím pořádá pirátskou TV show s rukojmími. Následně vyhodí do vzduchu železniční most (doufá, že půlnoční expres havaruje), přemění Gothamskou observatoř v obří dělo a připraví Batmanovi pořádnou lapálii v opuštěné továrně na hračky.

Ve velkých společnostech se uskuteční několik loupeží, včetně Wayne Enterprises, a Bruce Wayne jako Batman objeví zloděje, který je vlastně mechanická aktovka. Bruce se setkává se svým starým přítelem Karlem Rossumem, odborníkem na robotiku, který před lety ztratil svou dceru při dopravní nehodě. Setkává se také s Rossumovou asistentkou Randou Duane a s Rossumovým vrcholným výtvorem – prototyp AI známý jako Holografický analytický reciproční digitální počítač (HARDAC). Bruce zve Duana na večeři a přibližně ve stejnou dobu se někteří civilisté začnou chovat divně. Nejpřekvapivější je, když Duane nečekaně opouští Wayne Manor, zatímco Bruce telefonuje, a celá Batcave na něj zaůtočí.

Batmanovi se podaří vysvobodit ze spárů Batcave a přivézt ji zpět pod svou kontrolu, i když se mu nepodaří Duana vystopovat. Barbara Gordon se setká s Batmanem, aby ho informovala o náhlé změně chování jejího otce. Následuje brutální boj mezi Batmanem a detektivem Bullockem, během kterého Batman omylem pustí Bullocka na Bat-signál. Ukáže se, že Bullock je ve skutečnosti androidem, což znamená, že skuteční Bullock a James Gordon zmizeli a Batman ví, kdo je viníkem – HARDAC. Batman musí zastavit zlý superpočítač, než bude příliš pozdě.

Edward Nygma vytváří videohru „The Riddle of the Minotaur“ pro společnost Competitron, ale je vyhozen jeho nadřízeným Danielem Mockridgeem, který chce zisk pro sebe. Nygma přísahá pomstu a o dva roky později se stává Hádankářem. Zatímco Batman s Nygmou sympatizuje, on a Robin jsou nuceni ho zastavit, než zabije Mockridga v Minotaurově bludišti v životní velikosti. Navzdory úspěšné záchraně Mockridgea, který dokončil dohodu o přesunu své společnosti do Gothamu, ho tento incident zanechává v permanentní všemocné obavě z návratu Nygmy a jeho touhy po pomstě.

Cameron Kaiser staví hotel s kasinem po vzoru Jokera s názvem „The Joker's Wild“. Joker to vidí ve zprávách a rozzuřený znovu utíká z Arkhamu s jedinou myšlenkou – zničit kasino. Co ovšem Joker netuší je, že to je přesně to, co od něj Kaiser chce v rámci pojistné události.

Když se v Gotham City objeví imitátor Batmana, skutečný Batman z toho vyvodí, že do věci je nějakým způsobem zapojen Karl Rossum, a vyslechne vynálezce. Druhý Batman, duplikát, se poté setká se skutečným Batmanem a mezi nimi se odehraje bitva. Poté, co duplikát Batmana unikne, zahájí svou kampaň za znovuvytvoření superpočítače HARDACa a jeho cílů – robotické civilizace.

Při pronásledování hraběte Vertiga Batman narazí na Talii, dceru šéfa Ligy stínů, kterou poslal její otec, aby zabránila použití zvukové vrtačky, kterou hrabě ukradl. Ale poté, co byla Talie náhodně odhalena Batmanova totožnost, Batman zůstává v pochybách ohledně toho, kde leží její skutečná loajalita.

Hádankář ve snaze jednou provždy dokázat, že je jeho mysl nadřazená, láká Batmana do soutěže o řešení hádanek ve virtuální realitě v počítačové hře, aby zachránil život komisaři Gordona. V průběhu řešení hádanek a útěku z Hádankářových pastí se Batman dozví, že je schopen manipulovat s krajinou virtuální reality podobně jako Hádankář.

Joker vytváří toxin, který ovlivňuje pouze ryby, a mění je na ryby Joker. Poté se zaměřuje na nevinné muže, kteří odmítají přijmout autorská práva na jeho ryby Joker. Joker také zajme Harveyho Bullocka a Batman ho musí zachránit a zmařit šílené schéma klaunského prince zločinu.

Když Joker vyhodí Harley pro její neschopnost, pokusí se pokračovat ve svém vlastním zločinu a spojit se s Poison Ivy. Ty dvě se k velké Jokerově nelibosti stávají Gothamovými královnami zločinu.

Díky podivné nehodě je Batmobil během vysokorychlostního pronásledování prakticky zničen. Poté, co Batman vezme auto ke svému osobnímu mechanikovi, Earlovi Cooperovi, Tučňák provede svůj tah a přeprogramuje Batmobil, čímž jej získá pod svou kontrolu.

Když člen gangu Sidney „The Squid“ Debris zdánlivě náhodou zabije Batmana, začne být uctíván gangy po celém Gothamu. A stejně jako Joker a Rupert Thorne, nikdo z nich nevěří jeho příběhu, že všechno to se děje absurdní náhodou.

Když je kouzelnice Zatanna během jejího představení obviněna z loupeže, Batman se postaví na její obranu. Zatanna je vděčná, i když trochu zmatená odhodláním Temného rytíře dokázat její nevinu, ale oba hrdinové se spojili a využili dovedností, které je její otec Zatara naučil, aby odhalili a dopadli skutečného viníka – podvodného a zločineckého kouzelníka jménem Montague Kane.

Během boje s gangstery na staveništi se Batman a Robin dozví jméno jejich šéfa – Billy Marin. Zatímco se Robin těší až se postaví proti Marinovi, Batman odchází z Batcave, ovšem nedovolí Robinovi, aby ho doprovázel při hledání Marina. Robin vyšetřuje na Batcomputeru a brzy si uvědomí, že Billy Marin není skutečné jméno tohoto šéfa. Spíše se jedná o alias Tonyho Zucca, muže, který zabil jeho rodiče (což Batman věděl už předtím, ale rozhodl se, že to Robinovi neřekne).

Veronica Vreelandová hledá způsob, jak uspokojit svoji příští párty, a dospívá k myšlence, že by se na ní mohl podílet bývalý zločinec – zvláště pokud existuje člověk, jehož chování by vyvolalo rozruch. Tučňák, který nedávno prošel převýchovou, zapadá do plánu dokonale. Když přesvědčuje Tučňáka, aby přišel na její večírek, Veronica zjistí, že má ráda korpulentní malé chlapíky. Tučňák se do ní zamiluje, ale jen dokud zaslechne, že je pouze využíván.

Robin, rozhněvaný Batmanovým podvodem, se vydává hledat Tonyho Zucca sám, celou dobu ho sužují vzpomínky na smrt jeho rodičů a na to, jak si ho Bruce vzal jako svého vlastního syna. Nakonec se Batmanovi podaří najít Zucca ve starém zábavním parku, ale během boje si zlomí nohu. Robin dorazí také a připravuje se na pomstu tak, že zabije Zucca.

Tučňák ukradl z letecké show experimentální vrtulník, krádež však způsobila výbuch, který dočasně oslepil Bruce Waynea. Batman ví, že nebude schopen čekat, dokud se jeho zrak nevrátí a musí najít způsob, jak Tučňáka vystopovat bez použití zraku.

Kyodai Ken unese Kari, hvězdného žáka Yoru Senseie, instruktora bojových umění, který učil Kyodai i Bruce. Výkupným nindži je svitek, který určí polohu legendárního Death Touch.

Lloyd "Eddie" Ventrix je na pokraji ztráty své dcery Kimberly. Jeho manželka Helen ho nemůže vystát kvůli jeho minulosti podvodníka. Ventrix, odhodlaný neztratit Kimberly, použije oblek ukradený z podniku, kde dříve pracoval, než byl propuštěn. Oblek uživateli poskytuje neviditelnost, ale jeho vedlejší účinky jsou vysoké úrovně chemických toxinů, což může uživateli obleku způsobit až šílenství. Ventrix předstírá, že je Kimberlyin imaginární přítel Mojo a plánuje ji unést od matky, zatímco páchá různé krádeže jako neviditelný lupič. Batman musí vyřešit záhadné zločiny a zastavit Ventrixe, přestože je jeho protivník neviditelný.

Když je Robin záhadně unesen ze svého univerzitního kampusu, Batman zahájí vyšetřování, které nikam nevede. Pak ho ale překvapí nečekaná návštěva v Batcave – Ra's Al Ghul. Ra's rychle vysvětluje, že jeho dcera Talia byla unesena za podobných okolností jako Robin, což naznačuje, že za to mohou stejní lidé. Takže začíná neklidné příměří mezi Batmanem a „Démonem“.

Poté, co osvobodili Talii ze spárů svého otce a unikli z laviny, následují Batman a Robin jedinou stopu, kterou mají – slovo „Orfeus“. Poté, co zjistili, že „Orfeus“ je Raův soukromý satelit, který obíhá nad Saharou, cestuje duo do pouštní pevnosti Démonů. Tam se Batman dozví, že satelit je ve skutečnosti zbraň, která pomocí výbušnin zničí současně všechny Lazarovy Studny po celém světě a zničí veškerý život, který existuje na Zemi.

Díky podivnému vůdci gangu Scarfaceovi se v Gothamu objevuje zbrusu nový gang, který spáchal nejchytřejší zločiny vůbec. Je na Batmanovi, aby zastavil Scarface a jeho „komplice“, Ventriloquista (břichomluvce).

Muž jménem Maxie Zeus věřil, že je reinkarnace boha Dia a ukradl experimentální zbraň, kterou vyvinula vláda. Šílený muž touží použít zbraň proti lidem Gotham City a Batman musí zastavit Maxieho šílený plán proti městu, které chrání a miluje.

Když je komisař Gordon obviněn z přijímání úplatků od Ruperta Thorna, jeho dcera Barbara prosí Batmana, aby se objevil na shromáždění, které se bude konat jménem komisaře. Ale když Batman zmizel poté, co našel osobu za rámem, Barbara vzala zákon do svých rukou a stala se Batgirl.

Robin zjistí, že Gil Mason je ve spolku s podsvětím, a jde ho vyšetřovat. Na cestě se setká s Batgirl a dohodnou se, že Masona zastaví. Poté se znovu setkají, aby zjistili, že Gil pracuje s Dvěma Tvářemi, aby uvěznili Gordona a zajali Batmana (jako Matches Malone).

Clayfaceovo tělo se doslova rozpadá. Vědec, kterého znal z dob, kdy byl ještě filmová hvězda, naštěstí pracuje na nápravě. Hagen je však nucen ukrást peníze, aby zaplatil drahé chemické složky. To znamená, dokud jedním z jeho cílů nebudou Wayne Biomedical Labs, nebude jeho léčba dokončena.

Bohatá prominentka Veronica Vreeland se vrací ze Střední Ameriky a přináší všem svým přátelům malé ručně vyráběné panenky. Podle domorodé legendy, jakmile jsou panenky umístěny pod polštář, starají se o spánek a sny. Co ovšem Veronica ani její hosté netuší je, že každá z panenek byla vyrobena Šíleným kloboučníkem a obsahuje drobný mikročip, který vytváří hypnotické vlny, které pronikají do mozků spáčů.

Dr. Matthew Thorne ztratil lékařskou licenci a byl nucen stát se doktorem podsvětí. Nyní musí svému staršímu bratrovi, šéfovi kriminality Rupertovi Thornovi, provést citlivou operaci. Nemůže to udělat sám a unese Dr. Leslie Thompkinsovou, aby mu pomohla. Batman zjistí, že Leslie zmizela a spěchá ji vypátrat – a má o Matthewa další zájem, protože byl na lékařské fakultě spolužákem otce Bruce Waynea, Thomase.

Poison Ivy byla nejen propuštěna z Arkham Asylum, ale také se provdala za lékaře a usadila se, aby mu pomohla vychovat jeho dva syny. Zdálo by se, že se Ivy polepšila a že její staré kriminální časy skončily. Ale brzy jsou bohatí mládenci zasaženi neznámým toxinem, takže Batman zpochybňuje Ivyinu nevinu.

Na cestě z vězení Killer Croc unikne a Batman ho musí pronásledovat nebezpečnou divočinou. Poté, co se Batmanovi dočasně ztratil z dohledu, se plazový muž uchýlil ke skupině cirkusových nadšenců v důchodu a přesvědčil je, aby mu pomohli. Když Batman dorazil, Croc a cirkusáci se spojí, aby ho zajali.

Mystický egyptský svitek, který daroval do muzea v Gothamu Bruce Wayne, ukradl Ra's Al Ghul a Batman a Talia musí spojit své síly, aby zabránili mocnému šílenci demknout tajemství života a smrti svitku. Jejich pátrání je zavede do skrytého chrámu hluboko pod egyptskou pouští. Tam je Temný rytíř zatažen do děsivé bitvy se staroegyptskou kouzelnicí.

Nová okresní prokurátorka v Gothamu, Janet Van Dorn, je připravena zajmout Batmana, ale ona i on jsou nakonec zajati některými z hlavních nepřátel Batmana, kteří je brzy postaví před soud. Joker je soudce, Dvě Tváře je prokurátor , Břichomluvec je soudní vykonavatel, Poison Ivy, Harley Quinn, Šílený kloboučník, Killer Croc, Strašák a Hádankář jsou porota. Soud se koná před dalšími zločinci zadržovanými v Arkhamu. Pokud obhajoba (Batman a Janet) dokáže, že Batman není příčinou toho, že se každý z nich stal zločincem, bude Batman osvobozen. Porota sice vydá verdikt „nevinen“, zločinci ovšem mají jen malý úmysl svou dohodu dotáhnout do konce.

Joker ukradne atomovou bombu a je na Batmanovi a Robinovi, aby ho našli a zastavili. Vzhledem k tomu, že není času nazbyt, požádalo duo Harley Quinn o pomoc při sledování Jokera. V průběhu epizody se krátce diskutuje o tom, jak Harley potkala Jokera.

Batman se setkává tváří v tvář se svým dosud nejsilnějším protivníkem – chemicky vylepšeným zabijákem Banem. Původně byl Bane najatý Rupertem Thornem, aby zabil Batmana, Bane ovšem plánuje převzít kontrolu nad Thornovou zločineckou říší, jakmile bude Batman zničen. Je to boj na život a na smrt se vším v Gothamu, protože Batman bojuje s mužem, který se zavázal, že netopýra doslova přelomí.

Těsně předtím, než má podstoupit operaci, která mu má obnovit zdravý rozum, je Harvey Dent unesen záhadným zločincem. Batman a Robin se rozešli, aby chytili zločince, který stojí za plánem unést starého přítele Temného rytíře. Mají podezření, že za únosem mohou být buď Tučňák nebo Rupert Thorne.

Hádankář je najat, aby pracoval pro hračkářskou společnost a slíbil, že obrátí list. Batman ale odmítá věřit, že se změnil, a má podezření, že Hádankář je stále posedlý lstí a porážkou Batmana. Temný rytíř nyní musí dokázat, že Hádankář je stále srdcem zločinec, a poslat ho zpět do Arkhamu.

Herečka jménem Mary Dahl se stala zahořklou a šílenou poté, co začala trpět poruchou, která brání jejímu tělu v dospělosti, a byla tak biologicky doslova prokletá věčným mládím. Unese proto své televizní rodinné hvězdy, které všechny vedly mnohem šťastnější život a úspěšnější kariéru než ona, a drží je v zajetí na opuštěné zvukové scéně její staré show. Zatímco Robin rychle pracuje na osvobození herců z výbušné smrtící pasti Baby-Doll, Batman sleduje malého ďábla ve smrtícím zrcadlovém sále.

Hodinový král se vrací, aby pokračoval ve své mstě proti starostovi Hillovi. Tentokrát časem posedlý zločinec doufá, že zavraždí Hilla pomocí ukradeného vynálezu, který mu umožní pokřivit čas a cestovat superrychlostí. Batman a Robin, kteří si od tvůrce vynálezu zajistili další zařízení, se v zuřivé vysokorychlostní bitvě o život starosty vrhly na Hodinového krále.

Harley Quinn je propuštěna zpět do společnosti poté, co byla v Arkham Asylum prohlášena za rozumnou. Nedorozumění v obchodě s oděvy však způsobí, že se kolem ní roztočí kolotoč komediálního chaosu.

Pomocí mikročipů ukradených Šílenému kloboučníkovi Joker vymývá mozky slavným komikům a nutí je spáchat šílené zločiny, aby si zničili reputaci. Jak se ukázalo, komici jsou soudci, kteří rok předtím vyhodili Jokera z Gothamské komediální soutěže. Nyní se klaunský princ zločinu chce pomstít a Batman a Robin musí zmařit Jokerovy plány.

Zatímco je Bruce v Evropě na služební cestě pro Wayne Enterprises, ve státní univerzitě v Gothamu dochází ke krádeži sochy Nefritová kočka. Barbara Gordon se znovu stává Batgirl, aby to prošetřila, brzy však narazila na Catwoman, která také vyšetřuje, a poukazuje na to, že zbytky kyselin použité ke zničení bezpečnostního systému nejsou jejím stylem. Ti dvě se spojí, aby našli sochu, Robin je sleduje, a věci se zhoršují, když se objeví Roland Daggett.

Lyle Bolton, nový šéf bezpečnosti v Arkhamu, je propuštěn pro své kruté týrání vězňů. O šest měsíců později se Bolton stává ostražitým Lock-Upem a rozhodne se dát za mříže toho, koho považuje zodpovědným za zkázu města. Je na Batmanovi a Robinovi, aby zachránili jeho oběti.

Mr. Freeze je z Arkhamu vysvobozen stárnoucím miliardářem Grantem Walkerem, který se snaží zmrazit svět a znovu ho vytvořit podle svého vlastního návrhu. Batman a Robin pronikají do podmořského města miliardáře a bojují jak s technologicky vyspělými roboty, tak se samotným panem Freezem, který se rozhodl provést Walkerovu výzvu a nastolit na Zemi novou dobu ledovou.

Tři bohatí a znudění přátelé Bruce Wayna se rozhodli hledat nové vzrušení tím, že se stanou mistry zločinu. Jako Liška, Žralok a Sup (mistři země, moře a vzduchu). The Terrible Trio začne Gotham „čistit“, dokud nenarazí na jedinou osobu, kterou nelze koupit – Batmana.

Ra's al Ghul vypráví příběh ze své minulosti, ve kterém Jonah Hex zastavil jeho plán zničit pomocí válečné vzducholodi transkontinentální železnici, která byla dokončena v roce 1883.

Selina Kyle, která se úzkostlivě věnujě starým způsobům Catwoman, spojila své síly s Břichomluvcem, aby ponížila prominentku Veronicu Vreelandovou. Skutečnou obětí je však samotná Catwoman, kterou Scarface tajně využil, aby se pokusil o další loupež. Batman musí zasáhnout, než se zuřivá situace zhorší tím, že Catwoman zabije břichomluvecké duo.

Někdo vystřelil na nejtvrdšího policajta v Gothamu Harveyho Bullocka. Poté, co přežil několik pokusů o vraždu, si Bullock uvědomil, že mu nezbývá než požádat svého úhlavního rivala Batmana, aby mu pomohl zjistit, kdo stojí za pokusy o vraždu. Během jejich vyšetřování se Bullock dozví, že jeho drsný a temperamentní způsob u něj vytvořil z mnoha jeho kolegů nepřátele.

Organizace Red Claw unese Alfreda a hledá kód, který potřebuje k získání zbraně hromadného ničení, kterou Alfred zná ze svých dob britského tajného agenta.