Po Wielkiej Katastrofie Japonia upadła. Kiruko podejmuje się zadania, by eskortować Maru do miejsca zwanego Niebem. Tymczasem za murem, w ośrodku pośród bujnej zieleni, mieszkają dzieci. Po otrzymaniu tajemniczej wiadomości Tokio zaczyna powątpiewać w otaczający go świat.

Maru i Kiruko zatrzymują się w tajemniczym pensjonacie i zapadają w sen. Po przebudzeniu ich oczom ukazuje się potworny widok spowity blaskiem księżyca. Tokio, który mieszka w ośrodku za murem, zaczyna coraz podejrzliwiej obserwować otaczający go świat. Shiro otrzymuje dziwną wiadomość.

Pięć lat temu w Asakusie Robin, Haruki i jego siostra Kiriko, która była kierowczynią wyścigową, spędzali beztroskie chwile, mieszkając w sierocińcu. Podczas wyścigów elektrycznych gokartów doszło do potwornego wydarzenia, a Haruki został postawiony w sytuacji bez wyjścia.

Po tym, jak Tokio widzi nienaturalnie wyglądające dzieci, zdaje sobie sprawę, że niewiele wie o otaczającym go świecie. Kiruko i Maru znajdują się w potrzasku, gdy łódź, którą podróżują, zostaje zaatakowana. Kiedy wszystko inne zawodzi, Kiruko musi wymyślić nową strategię.

Gdy Maru i Kiruko wracają do Tokio, okazuje się, że w ich okolicy pojawiło się wiele namiotów. Maru idzie do salonu gier, a Kiruko postanawia w pojedynkę zasięgnąć języka i słyszy przerażające plotki. W ośrodku stan Tarao się pogarsza, a dr Sawatari odkrywa zastanawiający ślad.

Maru i Kiruko poszukują Zakonu Nieśmiertelnych. Podczas wędrówki zatrzymują się w hotelu, który prowadzi Totori. Zostawiają dobytek i udają się na poszukiwanie wody zdatnej do picia. Na swojej drodze spotykają ciężko rannego mężczyznę. Tokio czeka spotkanie z nieoczekiwanym gościem.

Maru i Kiruko myślą, że odnaleźli lekarza oraz Zakon Nieśmiertelnych. Okazuje się jednak, że znaleźli się pośród członków wrogiej organizacji, która stanowczo sprzeciwia się leczeniu stosowanemu przez Zakon. Kiruko i Maru przyjmują zlecenie, ale Kiruko zaczyna tracić cierpliwość.

Po zgładzeniu pożeraczy ludzi Maru i Kiruko w końcu spotykają dr. Usamiego, który prosi ich o wykonanie trudnego zadania. Dr Usami prowadzi Maru i Kiruko do pomieszczenia, w którym czeka ich przerażający widok.

Maru i Kiruko odkrywają, że dr Usami ma przypinkę z symbolem tożsamym z logiem, które znajduje się na Kirukomiotaczu. Postanawiają podążać tym tropem, a po drodze spotykają tajemniczego informatora. W międzyczasie w ośrodku odbywa się nadzwyczajne zebranie.

Maru i Kiruko postanawiają udać się do ośrodka Akademii Takahara w Ibaraki. Po drodze chcą sprawdzić, czy dziecko Juichiego nadal żyje. Gdy docierają do Miasta za Murami muszą zmierzyć się z czymś zgoła innym, niż zakładali.

Maru i Kiruko jadą do ośrodka w Ibaraki autem pożyczonym od Juichiego. W szeregi akademii wstępuje nowa grupa z piątego roku. Mimihime zauważa, że dziecko imieniem Ohma jest bardzo samotne i próbuje się z nim zaprzyjaźnić. Jednak Ohma ma swoje powody, dla których unika pozostałych dzieci.

Maru i Kiruko docierają do dobrze rozwiniętego miasta, którym zarządza Ministerstwo Odbudowy.

Mimihime, Shiro, Anzu i Taka przechodzą przez dziurę, którą znaleźli w ścianie, poszukując odpowiedzi na zadanie otrzymane od nauczyciela. Kiruko zalewa się łzami po tym, czego dopuścił się Robin.