C.E. (Cosmic Era) 70.02.11

Lo scontro tra l'Alleanza Terrestre (Naturals) e Zaft (Coordinators), originata da contrasti economici, ha raggiunto una situazione critica. Infine, i due contendenti hanno optato per l'ultima risorsa della diplomazia: in altre parole, la guerra. La nostra storia inizia circa un anno dopo.

Heliopolis, un satellite appartenente ad una nazione neutrale, viene improvvisamente attaccato dai Mobile Suit dell'esercito di Zaft. L'obiettivo è distruggere i nuovi Mobile Suit "Gundam" dell'Alleanza Terrestre, costruiti in totale segretezza. Il raid ha successo, e Zaft cattura quattro Gundam. Kira Yamato, studente in un college industriale, viene coinvolto nel conflitto quando ritrova il suo vecchio amico Aslan Zara. Tragicamente, Kira scopre che il suo compagno Aslan e gli altri Coordinators sono diventati suoi nemici. Per amor di patriottismo, Kira decide di sconfiggere Aslan. Uno contro quattro... la battaglia dei Gundam inizia!