美国政府得到情报：恐怖分子控制了一枚核弹，就在洛杉矶，预定今天内要爆炸。 所以…介于此特殊情况，休假中的总统被召回，各部门都被调动起来，连离开ctu一年的杰克.鲍尔也被要求返回总部。 总统亲自致电，杰克克服了之前失去妻子所受的伤痛，重新回到这支队伍中来，因为他要保护更多的美国市民。唯一让他放心不下的便是自己的独生女儿琴，琴自从自己的妈妈死后一直不肯原谅爸爸，在一户人家当保姆。 恐怖分子正在准备炸弹，这将是不平凡的一天的开端……

一切准备就绪，炸弹被装上军车，恐怖分子出发并开始转移核弹了。 在上一季中杰克当卧底要把坏人绳之以法，安全局猜测这次的事与他当卧底时联系的人物乔有关，所以杰克杀死对乔不利的人证，拿他的头回去，以使乔再次相信他。有惊无险的，那群人相信了他。 ctu并没有履行诺言，他们还没有帮杰克去找琴，而琴已经处于危险当中，事情原来是这样的：她当保姆的那家人中男主人有家庭暴力倾向，琴在帮助小女孩逃出她爸爸魔掌的过程中受到威胁。 这时杰克上了那帮人的车，他们带着三枚炸弹。目标竟然是…ctu（反恐部）总部。

杰克的女儿琴带着小女孩，也不知道接下来该怎么办，便打电话给杰克，但他正在执行任务，根本不能帮她，她便带着小女孩搭公车去ctu总部。 而这时的ctu总部并非安全之地，身处当中的人却全然不知。虽然杰克已经提前半小时打电话通知了总统身边的人，但由于他们的失职，ctu在炸弹爆炸前5分钟才收到通知打算撤离，这时已经来不及了，滚滚的浓烟升起，ctu大楼内一片狼藉……

总统的前妻突然拜访，她说想帮助总统，起初总统对她非常警戒，但在听说军队没通知总统就已经开始撤离时，总统开始让她帮助调查内部谁是内奸。 杰克的审问简直上演了一出好戏，本来以为有免死金牌的妮娜气焰嚣张，之后杰克以仇恨的表情出现，加上些带个人情绪的恐吓，妮娜总算配合了些，很难想象杰克该怎样超越个人恩怨的心理。 之后由妮娜带路，杰克和另一名ctu成员一起去找唯一知道核弹消息的人。这时杰克下药迷晕了同事，难道他要对妮娜下手了？

杰克与雪莉截停一辆车并赶往会面地点——体育馆。经过调查金斯利的背景，总统府总部的人也开始相信杰克之前的推测，所以ctu又开始全力支持杰克，托尼和米雪儿也被释放了。他们正在派后援部队支援杰克。雪莉与金斯利会面，并产生正面冲突，杰克与金斯利的人开打，斗争激烈。正当杰克心脏受不了的时候，救援队赶到，一切真相大白。但总统这里的状况是：还有三分钟飞机就要发射并开始攻打中东国家了，临时的总统也在证据充足的情况下，取消了攻击。帕默尔总统终于得以复职。但一切还没完，竟然有人要暗杀总统。