Mentre a Twin Peaks la comunità partecipa al funerale di Leland, l'agente Cooper finisce sotto indagine e gli viene impedito di lasciare la città. Jean Renault cercherà di incastrarlo con l'aiuto di Hank.

Cooper viene messo a conoscenza della leggenda della loggia bianca e della loggia nera. Nel frattempo a Twin Peaks arriva, travestito da donna, Dennis Bryson, un agente della Dea incaricato di investigare su Cooper.

Cooper scopre che la 'Casa del cane morto' è un luogo usato per traffici di stupefacenti. La notte di sesso tra il giornalista Dougie Milford e la sua giovanissima moglie finisce in tragedia. Intanto strane presenze si aggirano nei boschi di Twin Peaks.