Dopo il colpo di scena del finale dell'ultima stagione troviamo, 3 mesi dopo, Booth in carcere in attesa di un processo. Sarà Bones a trovare il modo per farlo uscire. La squadra è di nuovo al completo e sono pronti a scoprire cosa sia realmente successo e chi è il responsabile iniziando dalla riesumazione di un corpo. Facciamo la conoscenza di un nuovo agente dell'FBI James Aubrey (John Boyd).

Viene ritrovato il cadavere di un opinionista radiofonico estremista. Booth ha difficoltà ad accettare l'aiuto dell'agente Aubrey e a fidarsi di lui, ma Bones interviene in suo aiuto. Tutti insieme giungeranno alla soluzione del caso.