Howie l'informateur, fait irruption dans l'appartement de Sue et Lucy pour leur dire qu'il a assisté à un meurtre et qu'on a tenté de le tuer. Il réexplique son histoire au reste de l'équipe mais comme il n'y a ni témoin, ni cadavre, ni indice, les autres ont du mal à le croire. Seule Sue tente de comprendre et lui demande, sur les lieux du crime, de décrire à nouveau ce qu'il a vu...

Sue et son équipe s'intéressent aux clandestins entrant sur le territoire américain munis de visas falsifiés. En mettant la main sur la personne qu'ils recherchaient, les agents découvrent qu'il tient à peine en vie à cause de la perte d'un rein. Finalement, ce délit en cache un autre, encore plus inquiétant, un trafic d'organes humain à échelle mondiale. De leur côté, Lucy et Sue invitent la cousine de Lucy, Anita, à rester quelques jours chez elles...

Sue reçoit un mail pour signaler qu'un incendie a eu lieu dans un concessionnaire de voitures ; l'auteur du mail avait essayé de mettre en garde l'équipe auparavant mais le message n'a pas pu empêcher l'incendie. Après des recherches, l'équipe retrouve la personne : il s'agit d'un grand brûlé, victime d'un incendie provoqué par un groupe d'éco-terroristes lorsqu'il était jeune. Depuis, il essaye d'infiltrer ces groupes pour que personne ne subisse ce qu'il a vécu par le passé. Le FBI collabore avec lui pour créer un contact avec le groupe qui a revendiqué l'incendie du concessionnaire : le PEP, Projet d'Emancipation de la Planète...

Sue est mobilisée avec Tony, un agent spécial du FBI. Les avances de Tony ne se font pas attendre et leur relation amicale va en s'amplifiant ; surtout quand ce dernier demande comment signifier en langage des signes : "voulez-vous dîner avec moi ce soir ?". Mais Lucy découvre quelque chose de choquant qui bouleverse cette relation toute neuve...

Adan Kinsey, star de cinéma très connue, rejoint l'équipe pour se préparer à un rôle d'agent du FBI ; Lucy et Tara sont ravies ! Sue et ses collaborateurs enquêtent sur une affaire de trafic d'armes, menée par un certain Mel, retrouvé criblé de balles peu de temps après l'avoir localisé. Howie et Ottis, un petit malfrat, collaborent avec le FBI pour coincer le gang des Serpents, destinataires des armes de Mel...

Alors que Tara se rapproche d'Adan, Stanley, avec qui elle a eu une relation, rentre de Chicago et collabore avec elle sur l'affaire Al Quaïda... Ce dernier avait pris des distances en pensant qu'il serait muté définitivement là-bas, pour préserver la jeune femme. A son retour, il est jaloux de voir que son coeur bat pour un autre... Suite au vol de camions citernes et à la disparition d'un avion 727, l'équipe du FBI identifie progressivement les terroristes commanditaires des attentats prévus...

Pour sa dernière enquête, Sue veut entrer dans la tête d'un tueur en série mais cette expérience pourrait lui coûter sa carrière au FBI. Les choses commencent à se compliquer après que Sue ait promis dans un quotidien national d'arrêter le meurtrier. La première victime est l'animatrice d'un talk-show dont les ongles ont été retirés et dont le corps a été positionné avec soin. Elle portait une écharpe. Alors, Sue se met à faire des recherches sur le mental de ces tueurs et sur leurs méthodes. Soudain, le tueur entre en relation avec Sue sur un chat Internet. Il lui propose de jouer à "Jacques a dit" et lui ordonne de rester seule et à son domicile, sinon d'autres femmes mourront.

Lors d'une soirée poésie où Sue emmène ses collègues, la jeune femme rencontre une amie sculpteuse, Carole, et son mari Ted. A trois reprises, Sue propose un rendez-vous à Carole, mais son mari s'interpose à chaque fois et annule les entrevues ! Un soir, Carole se rend chez Sue et lui annonce que son mari a accidentellement disparu en mer au cours d'une balade en voilier. L'équipe découvre que Carole a été soignée suite à de possibles violences conjugales, et que Ted avait des comptes cachés et une assurance vie. Carole est soupçonnée d'avoir tué son mari, mais Sue est persuadée de son innocence...

Sue et son équipe se trouvent devant une affaire très délicate à résoudre : la mort du fils du Sénateur Fenton, Kyle. Il témoigne à l'équipe que Kyle serait mort des suites d'une initiation fraternelle où le rite consiste à boire une grande quantité d'alcool. Seulement, le rapport du médecin légiste vient contredire le sénateur. La mort de Kyle ne serait pas due à un empoisonnement à l'alcool mais plutôt à une allergie à l'huile d'arachide. Maintenant, le FBI enquête sur un homicide et non plus sur un simple bizutage...

Un couple de touristes déposent une carte mémoire d'appareil photo numérique où sont enregistrées quelques clichés et un film montrant un homme épié prêt à sortir son arme. L'endroit identifié, Sue et Jack découvrent en effet qu'un homme s'est fait tiré dessus dans un parc. Il retrouve l'inconnu prénommé Jonathan à l'hôpital, blessé à l'épaule et totalement amnésique. Soudain, celui-ci essuie avec brio une tentative d'assassinat perpétré par l'homme sur la vidéo. De fil en aiguille, le FBI remonte jusqu'à son appartement. L'équipe y découvre de faux passeports puis une mallette remplie de billets, d'un petit calibre et d'un fusil d'assaut. Ce bel amnésique rompu aux méthodes de combat et d'observation a tout d'un agent spécial. Pendant ce temps, Myles entre avec virulence en campagne pour se faire élire représentant de son quartier.

Suite à un accident de voiture, Jonathan s'échappe et communique désormais avec Sue par mail, sans que l'équipe ne parvienne à le localiser ni à savoir s'il est coupable ou innocent dans cette affaire. A l'aide des photos de la carte numérique, envoyées par mail, Jonathan parvient à se souvenir qu'il a photographié des hommes mêlés à l'histoire. Deux d'entre eux sont identifiés et retrouvés mort. Jessica, l'agent qui travaillait avec Jonathan avant, identifie le dernier homme qui, après arrestation, avoue avoir vendu un logiciel de lancement de missiles...

L'équipe essaye de résoudre une affaire d'explosion d'un restaurant par une bombe. Alors qu'ils mènent l'investigation, ils découvrent que Danny ment pour protéger son père. Ils apprennent que le père de Danny collabore avec un organisme lié à un groupe terroriste...

L'équipe est alertée qu'un kidnapping vient d'avoir lieu à Washington ; un couple de commerçants a vu une jeune femme se faire enlever dans une camionnette bleue. Grâce au véhicule repéré, les agents retrouvent Lily, qui a en fait été enlevée par ses parents et par un "déprogrammeur" parce qu'elle appartient à une secte et qu'ils n'ont pas trouvé d'autres moyens pour entrer en contact avec elle. Après avoir gagné la confiance de Lily et du leader spirituel de la secte, Malcolm Hayden, Sue parvient à intégrer la communauté. Seulement, quand il comprend qu'elle cherche à faire sortir Lily de l'organisation, Malcolm s'en prend à Sue et l'enlève. En même temps, l'équipe apprend la disparition de deux autres jeunes femmes...

L'équipe travaille sur le crash d'un avion contenant de la cocaïne. Après enquête, ils retrouvent un certain Horace qui, même hors de cause, a subtilisé deux valises d'argent subtilisées sur les lieux du crash pour s'acheter une voiture neuve... Par ailleurs, Randy, administrateur assez antipathique au FBI, rencontre une personne sourde et demande à Sue de l'aider à communiquer avec elle. Seulement, l'homme lui ment sur son activité au sein du FBI et fait du chantage à Sue pour qu'elle l'aide malgré elle...

Un avocat riche et sans problème braque une banque alors qu'il est sous l'emprise d'une substance qui lui a fait perdre tout contrôle. Après enquête, l'équipe découvre que la drogue provient d'un dénommé Donovan Lester, également poursuivi par un ancien agent du FBI, Joe, connu de Jack. En effet, ce dernier avait eu une aventure avec sa fille et était lié à son éviction du FBI. Quand il découvre que sa fille est morte quelques années plus tôt d'une overdose, Jack comprend que Joe est à la recherche du dealer pour le tuer...

Troy, un ancien informateur du FBI et ami de Sue, est arrêté pour braquage dans une épicerie. Reconnu par un témoin, il nie pourtant avoir volé quoi que ce soit. Sue encourage l'équipe à enquêter sur l'affaire ; une vidéo amateur permet d'identifier Troy, et la jeune femme est décontenancée en s'apercevant qu'il lui a menti. Obligé d'avouer la vérité, Troy avoue que le braqueur était un ami à lui, Ed Manson, et qu'il l'a emmené dans sa voiture après le braquage. L'informateur va aider l'équipe à retrouver Ed, qui est également mêlé au kidnapping récent d'un millionnaire.

L'équipe voit son nouveau superviseur débarquer à la tête du service. Contrairement à ce qu'il prétend, ce jeune homme venu de Détroit n'a pas l'expérience du terrain et l'équipe se retrouve confrontée à des méthodes scolaires comme la classification par couleur des affaires en fonction de leur priorité. En l'occurrence, l'équipe travaille sur la disparition du sénateur Linda Haston, dont une jeune femme, Beth, affirme l'avoir vue se faire tuer dans une ruelle sombre. En rendant visite aux parents de Beth, Sue apprend que la jeune femme est schizophrène et qu'elle a déjà fait de fausses déclarations... Sans le cadavre et avec un témoignage manquant de fiabilité, l'équipe a du mal à avancer, surtout que le nouveau supérieur ne cesse de répéter qu'il ne s'agit pas d'une affaire prioritaire...

Lucy rend visite à sa grand-mère pour son anniversaire, et cette dernière lui offre sa boîte à bijoux, dans laquelle la jeune femme découvre des lettres d'amour envoyées par son premier amour, un certain Oscar, qu'elle décide de retrouver avec les moyens dont elle dispose au FBI... L'équipe est mobilisée sur une affaire de braquage de banque. Après s'être assurés qu'il ne s'agit pas du braqueur qui avait cambriolé la même banque cinq ans plus tôt, ils découvrent, d'après la vidéo de surveillance, que les trois auteurs du vol sont vêtus d'épaulières venant d'un lycée et gentiment prêtées par le responsable des équipements sportifs à trois jeunes filles, dont l'une est la fille du PDG de la banque braquée...

Sue reçoit la visite de William Hacford, directeur des services de renseignements de New-York, venu lui proposer un poste de chargée des analyses criminologiques au service du contreterrorisme. Tout d'abord enthousiaste à l'idée d'une telle promotion, Sue comprend qu'un départ pour New-York signifie qu'elle va devoir quitter ses amis. A ce titre, toute l'équipe lui témoigne une profonde affection, surtout Lucy et Jack, qui sont les plus peinés à l'annonce de son départ... Jack est justement victime du piratage de son ordinateur et de ses coordonnées bancaires ; dans cette affaire, il manque de se faire tirer dessus et prend conscience qu'il a failli ne pas dire au revoir à Sue...