Brennan und Shalimar werden von Ashlocke in eine Falle gelockt. Es gelingt ihm dabei, Shalimar unter seine Kontrolle zu bringen. Dadurch kann er sogar in das Sicherheitssystem der Mutant-X-Zentrale eindringen. Er droht Mutant X völlig zu vernichten, wenn Adam nicht bald ein Heilmittel gegen seine Krankheit findet.

Als Brennan gerade auf dem Weg in die Mutant-X-Zentrale ist, trifft ihn ein Blitz und schleudert ihn in eine parallele Dimension. Er erwacht in einer unsichtbaren Stadt, die ihre Bewohner mit Hilfe eines Energiefeldes gefangen hält. Leider funktionieren Brennans Fähigkeiten hier nicht. So muss er sich auf seine Teamkollegen verlassen und hoffen, dass sie ihn bald finden.

Adam muss seiner Exfreundin Christina helfen, die früher für „Genom X“ arbeitete. Sie leitete damals eine geheime Abteilung, die Mutanten zu skrupellosen Killern ausbildete. Einer ihrer Schüler war Maddox, ein gefährlicher, psychisch kranker Mutant. Ihm gelingt es, aus der Sicherheitsverwahrung, in die ihn Christina gebracht hat, zu entkommen. Nun will er sich an der Wissenschaftlerin rächen.

Ein Freund Brennans bricht aus dem Gefängnis aus und läuft Amok. Um herauszufinden, was ihn so verändert hat, schleichen sich Brennan und Jesse undercover in das Gefängnis ein. Sie finden heraus, dass einer der Aufseher den Häftlingen ein Serum spritzt, um ihre Aggressivität für illegale Boxkämpfe zu steigern. Und Brennen soll der nächste Anwärter für den Ring sein.

Blue Bolt, eine Eliteeinheit von Auftragskillern, ist hinter Adam her. Er will Shalimar in der Truppe einschleusen, um die Hintergründe des Auftrags zu erfahren. Doch dazu muss Shalimar erst einen Mord begehen, um ihre Loyalität gegenüber den Killern zu beweisen. Und es kommt noch dicker: Shalimars erster Auftrag lautet, Adam zu eliminieren.

Bei einem Treffen mit einem wichtigen Informanten wird Adam vor Shalimars Augen entführt. Er findet sich vor einem Tribunal wieder, das ihn anklagt, eine Rasse von Super-Mutanten geschaffen zu haben, die die Weltherrschaft an sich reißen will. Während Adam zum Tode verurteilt wird, startet das Mutant-X-Team eine Rettungsmission.

Shalimar und Brennan gelingt es nicht die Entführung einer Senatorentochter zu verhindern. Adam stellt fest, dass Brennans Kräfte versagt haben, da sie unkontrolliert mutieren. Unterdessen findet der Rest des Mutant-X-Teams eine heiße Spur: Fletcher, der Sicherheitschef der Senatorin, scheint in die Entführung verwickelt zu sein.

Bei einem Treffen mit einem Informanten wird das Mutant-X-Team von Mutanten angegriffen, die über unglaubliche Kräfte verfügen. Adam vermutet, dass dabei eine neue Art genetischer Forschung im Spiel ist. Eine Spur führt das Team zur Firma von Shalimars Vater Nicolas, der mit Eckhart zusammenarbeitet. Jesse und Shalimar entdecken dort ein geheimes Labor, in dem Eckhart maßgeschneiderte Mutanten herstellt.