Die junge Emma wird von ein paar Männern verfolgt, doch in letzter Sekunde kommen ihr eine Frau und ein Mann mit unglaublichen Fähigkeiten zu Hilfe und bringen sie in Sicherheit. Der Wissenschaftler Adam Kane erklärt ihr, dass ihre Retter – Jesse und Shalimar – ihre Kräfte einem geheimen Genexperiment der Firma Genom X „verdanken“. Adam hat früher selbst für die Firma gearbeitet, versucht nun aber, die Mutanten zu finden und zu beschützen. Denn sein ehemaliger Partner Mason Eckhart will sie für seine kriminellen Machenschaften benutzen. Auch Emma sei Teil des Experiments gewesen und daher in großer Gefahr.

Die junge Mutantin Tina wird von zwei russischen Kriminellen bedroht, die im Besitz einer außergewöhnlichen Waffe sind. Jesse und Brennan können Tina gerade noch rechtzeitig zu Hilfe kommen, doch bei dem anschließenden Kampf wird Brennan angeschossen. Er verliert seine Kräfte, und auch sonst verschlechtert sich sein Zustand rapide. Adam sieht nur eine Möglichkeit, Brennan noch zu retten: Shalimar, Emma und Jesse müssen die Waffe finden, um durch sie die Wirkung umzukehren. Ein Wettlauf gegen die Zeit beginnt.

Shalimar soll die „Wilde“ Donna überreden, zu ihrem eigenen Schutz in den Untergrund zu gehen. Als sie Donna aufsucht, trifft sie auf Richard, der auch ein „Wilder“ zu sein scheint. Shalimar fühlt sich sofort zu ihm hingezogen, aber dann stellt sich heraus, dass er als Wissenschafter bei Genom X arbeitet. Shalimar schleicht sich dort ein, um von Richard Antworten zu bekommen. Er erklärt ihr, dass er ein Serum entwickelt hat, mit dem man die genetischen Mutationen rückgängig machen kann. Er möchte, dass sie es beide testen, um endlich ein normales Leben führen zu können. Doch er ahnt nicht, dass das Mittel tödlich ist.

Shalimar und Brennan treffen sich mit dem neuen Mutanten Henry Voight. Er hat die Fähigkeit, die Gedanken anderer zu kontrollieren und seine Opfer in ihren Alpträumen gefangen zu halten. Brennan und Shalimar realisieren nicht, dass Henry für Eckhart arbeitet. Shalimar ist sein erstes Opfer: Er lässt sie glauben, dass sie Mutant X verraten hat. Auch Brennan, Jesse und Emma gehen Voight in die Falle: Die drei finden sich in einer Traumschleife wieder, in der sie mit ihren schlimmsten Alpträumen konfrontiert werden

Ashlocke ist es gelungen, die wertvolle Urne einer Herrscherin aus alten Zeiten zu stehlen, von der er sich ewiges Leben erhofft. Doch um Unsterblichkeit zu erlangen, braucht er auch zwei Kristalle, die auf geheimnisvollen Zauberformeln zu finden sind. Ashlocke konnte bisher jedoch nur die eine finden. Um endlich die zweite zu finden, erweckt er die seit Jahrhunderten tote Herrscherin wieder zum Leben. Als Adam und seine Leute davon erfahren, setzen sie alles daran, Ashlocke aufzuhalten.