L'ospedale è in discesa verso la rovina finanziaria e Owen deve prendere delle decisioni difficili, come proibire una costosa operazione che potrebbe salvare la vita di un bambino. Alex e Jo stanno lavorando per salvare la vita di un neonato. April si rivolge a Jackson per avere consigli romantici.

Jackson fatica a vestire i panni del capo e la situazione si fa ancora più difficile quando Owen si licenzia dopo aver saputo che la fondazione Avery ipotizza di lasciarlo a casa. Con ben tre trapianti d'organo in attesa e il personale ancora ridotto all'osso, gli interessi divergenti di Cristina, Alex e April incendiano i reparti.

L'ospedale continua a fare progressi con la nuova amministrazione e i dottori cominciano a realizzare che essere proprietari di un ospedale comporta una serie di responsabilità. Meredith è preoccupata per il benessere del feto, Callie e Arizona cercano di riportare la passione nella loro relazione.

Un trasporto di gas liquido esplode sull'autostrada di Seattle causando una serie di incidenti e vittime, tra cui Matthew. Meredith e Jo aiutano una madre il cui bambino soffre di una malattia misteriosa. Owen fa amicizia con un ragazzo che sta aspettando notizie sui suoi genitori, che si trovano in condizioni critiche.

La Bailey si trova al centro di un'indagine del CDC dopo che alcuni dei suoi pazienti sono morti nel post-operatorio per un'infezione. Jackson e il resto del consiglio cercano di mettersi d'accordo su come affrontare la situazione e gestirla sotto lo sguardo dell'opinione pubblica. Cristina stuzzica Alex in merito ai suoi sentimenti per Jo. Owen continua ad occuparsi di Ethan viste le condizioni incerte dei suoi genitori.

Il team cerca di parlare con Bailey ma lei continua a rimanere sulle sue dopo quanto accaduto con il CDC. Owen teme che Ethan possa essere affidato alle cure dello stato. Un nuovo specialista arriva al Grey Sloan Memorial per operare su un giovane paziente. Un illusionista viene ammesso al pronto soccorso dopo che uno dei suoi trucchi ha avuto tragiche conseguenze.

I dottori del Grey Sloan si stanno preparando ad affrontare una temibile tempesta che si sta dirigendo verso Seattle. Il desiderio di paternità di Owen si fa sempre più forte con la presenza di Ethan, La vita di Meredith e del suo bambino sono a rischio. Jo intanto chiede aiuto ad Alex in un momento di crisi.