ローレルが死に、ディグルとテアの2人ともチーム・アローを離れてしまった後、オリバーはフェリシティに支えられながら、グリーンアローとして、犯罪者たちと新しい（そしてあまりにも経験がなさすぎる）正義の味方たちであふれたスター・シティに対処することになる。オリバーが市長としての仕事とスター・シティを守る仕事を両立させようとしているのを見て、フェリシティは新しいチームを作ることを勧めるが、オリバーは反対する。だが非常に危険な新たな敵、トビアス・チャーチが現れると、彼は新たなチームを結成することがスター・シティにとって最善なのだと気づく。フラッシュバックでは、ロシアでブラトヴァと対峙するオリバーが描かれる。

オリバーは、チーム・アローの新たなメンバーとしてカーティスとワイルドドッグ、そしてイブリン・シャープを入れる。だが残念なことに、グリーンアローのトレーニング方法についていけない者もいた。一方ロシア時代のフラッシュバックでは、オリバーがブラトヴァに入団するときの様子が引き続き描かれる。

オリバーのチームには新たなメンバーが加わり、メンバーたちはいつでも街で活動できると思っていた。だがオリバーには、彼らを実戦に出動させられるとは思えない。麻薬ディーラー、ギャレット・ランネルズがスター・シティに現れ街を恐怖に陥れると、強情なワイルドドッグは、グリーンアローの命令に真っ向から反抗し、勝手な行動をとる。だがランネルズは、ワイルドドッグよりも強いことが判明し、結局アローはチームメイトを救うために、ランネルズと戦う。

オリバーとライラは、協力してディグルのために秘密の任務を遂行しようとする。それを知ったフェリシティは計画に反対し、関わらないことにする。だが、トビアス・チャーチが街を破滅させかねない攻撃を開始した時、グリーンアローの指揮なしでチームの新メンバーたちを送り出すべきかどうか、フェリシティが決めなければならなくなる。

プロメテウスの連続殺人がますます激しくなり、オリバーは被害者たちの間にあるつながりについて調査する。フェリシティとカーティスは、被害者たちがオリバーの過去にまつわる謎めいたつながりを持っていることを突き止めるが、それは新生チーム・アローを崩壊させてしまうような新たな秘密だった。一方、テアはランスと本音で語り合い、フェリシティはマローン刑事に自分の仕事について真実を明かすべきかどうかと考える。

２人の犯罪者の死体がスター・シティ警察署に届けられ、オリバーは新たな正義の味方がスター・シティにいることに気づく。街を守ろうとしているその誰かをやめさせるべきかどうかで、チーム内の意見が分かれる。ディグルは新たな状況下で不満を抱え、テアは衝撃的な秘密を打ち明けたランスのために奮闘する。フラッシュバックでは、オリバーがコンスタンチン・コバールに捕まり、彼と対決する。

第１００話目のエピソード、そしてスーパーヒーローたちの壮大なクロスオーバー、パート２。オリバーが目を覚ますと、そこは彼が船の遭難に遭っていない人生だった。父ロバート・クイーンは生きていて、母モイラと暮らしている。ローレルはオリバーの愛する婚約者で結婚間近。すべては完璧に見える。だがオリバーは、その世界のわずかな欠陥に気づき始め、自分が見ている新しい現実に対して疑問を抱く。一方フェリシティと新メンバーたちは、フラッシュとスーパーガールの協力を得て、新たな脅威に立ち向かう。

プロメテウスがカーティスを襲う。オリバーは、プロメテウスがチーム・アロー全員の正体を知っていて、一人ずつ襲う計画なのだと気づく。フェリシティとマローン刑事は、プロメテウスとオリバーの過去を結びつける、ある手掛かりを発見する。

オリバーは、プロメテウスが正しく、自分は実は殺人鬼なのではないかと悩む。そんなオリバーには、奇跡的にローレルが帰ってきたことが、探し求めていた一筋の希望に思えた。だがフェリシティは、マローン刑事が殺害されたことにショックを受け、復讐することしか頭にない。彼女は、どんな犠牲を払ってでもプロメテウスを倒そうと、そのチャンスを狙っている。一方ディグルは、刑務所で生き残るために懸命に闘う。

コバールを倒すために、オリバーは驚くべき情報筋――タリア・アル・グールからの協力を得る。だが、タリアがその見返りに何を求めているかが明らかになるとオリバーは、彼女からの協力を受けてよいものか悩む。フェリシティは、ディグルを釈放させるため国家安全保障局にハッキングしようとするが、ネット上で検索しているうちに、未知の敵と遭遇する。一方カーティスは、国中で大暴れしているティナ・ボーランドをネット上で発見する。

オリバーとフェリシティとチームは、ある任務のため、オリバーの昔なじみ、アナトーリに会いにロシアに行く。一方、更生施設から出てきたばかりのランスは市長室に戻り、仕事を再開する準備をする。だが、スーザンにインタビューを申し込まれ、アルコール依存症について話そうとするとランスは尻込みする。そんなランスのインタビューがうまくいくかどうかは、ランスを助けるレネしだいだった。

市庁舎で恐ろしい襲撃事件が起き、レネは自分の家族についての痛ましい記憶を思い出す。フラッシュバックでは、レネがどのようにして家族思いの平凡な男からワイルドドッグという名のヒーローになっていったかが明かされる。一方、襲撃事件の犯人と取引しなければならないオリバーは、グリーンアローとしてではなく、クイーン市長として犯人に対処するのが最善だと気づく。そして、チーム・アローの地下基地では緊張が高まる。

チャイナ・ホワイト、キューピッド、ライザ・ワーナーがアイアン・ハイツ刑務所から脱獄し、復讐のためスター・シティに向かう。オリバーが、３人の女ギャングたちと対決する中、犯罪対策ユニットが介入してくる。だが驚いたことに彼らはマローン刑事を殺害した罪でグリーンアローを逮捕するためにやって来たのだ。一方ランスは、ワーナーから、彼女が脱獄したのはランスがダミアン・ダークに手を貸したことを聞いたからだと言われ、責任を感じる。

フェリシティはヘリックスとともに闇の道を進んでいき、オリバーは市長として過去最大の難問に直面する。そして、オリバーが市長として問題に取り組んでいる時、ビジランテが彼を襲撃する。ディグルは、ビジランテの暴走を今回限りでやめさせるという使命を担い、チームを率いていく。

オリバーは、プロメテウスに関する真実にしだいに迫っていく。一方、フェリシティに協力してきたヘリックスは、今後はフェリシティからの見返りがない限り、新たなデータは渡せないと言う。

プロメテウスは、手段を選ばすオリバーを倒そうとする。フラッシュバックではアナトーリが、しだいに暴力的になっていくオリバーを心配している。オリバーの残虐なまでの暴力性は、敵と戦う時に顕著に表れるのだった。

オリバーは、プロメテウスを倒すためにブラトヴァに協力を要請しようと決める。ディグルとフェリシティは、オリバーがそんな決断をしたことにショックを受ける。ディグルは、ブラトヴァが命令に従わないのではないかと懸念し、もし最悪の事態に陥ったら何が起こるかについて、オリバーと激しく言い争う。一方フェリシティは、ヘリックスについて衝撃的な事実を知ってしまう。

オリバーとチーム・アロー、そしてスター・シティ警察は、市全域でエイドリアン・チェイスの追跡を開始する。ヘリックスは、チェイスを見つける方法はあるが、それを教えるにはフェリシティからの見返りが必要だと言う。それは、大掛かりで違法なことだった。

オリバーとフェリシティの２人が地下の基地に閉じ込められ、事態は緊迫する。一方ライラとディグルは、結婚生活に関する問題を解決しようとする。

オリバーは市長室に戻り、差し迫る難題に直面する。それは、エイドリアン・チェイスに起訴された多くの凶悪犯が強制釈放されることだった。一方、市長室のオリバーのもとに荷物が１つ届くが、中にはコンクリートで固められた謎の死体が入っていた。

ブラックサイレンが、チェイスを助けるために戻ってくる。フェリシティは、オリバーのために誕生日パーティーを計画する。そんな中ランスは、レネが自分の娘の親権回復のための聴聞会を欠席したことに激怒する。

リアン・ユー島で、オリバーとエイドリアン・チェイスの最後の壮絶な戦いが繰り広げられる。最近の事件以来オリバーは、チェイスを打ち負かすために意外な面々を味方として招集した。デスストロークことスレイド・ウィルソン、ナイッサ・アル・グール、マルコム・マーリン、そしてディガー・ハークネスだ。だがチェイスも、ブラックサイレン、イブリン・シャープ、タリア・アル・グールを従えていた。2つの勢力が激突する、衝撃のシーズン・フィナーレ。