马利克坐在汽车里，正心事重重，突然车前方出现一个人，司机紧急刹车，马利克借着灯光看去，沃德正站在车前，面容僵硬而诡异，眼睛闪着幽光，手里拿着菲尔当时抛在他尸身旁的机械手。马利克突然明白过来了，这是异星球的神祗，附身于沃德来到地球了，不由得面带笑意。菲尔答应了和总统见面。见面后，总统高度评价了菲尔，说罗莎琳曾经谈起过菲尔，并建议总统和神盾局合作。现在情势紧迫，各地纷纷出现骚乱，必须得有所行动了。但因为公众们还有着以前神盾局事故的记忆，所以不便公开神盾局的存在，神盾局可以私下里行动，名义上还以政府ATCU组织的名义，总统将给ATCU派一个新领导，这位新领导将听命于神盾局。菲尔告诉总统马利克就是九头蛇，是他下令刺杀了罗莎琳。总统说这件事他帮不了菲尔，因为马利克插手了许多国家的事务，他动不了他，对他无能为力。亨特和黛西来到警局，处理一起警员遭异能人士袭击事件。芭比和迈克也到达事故现场察看。他们谈论着只需要一个鱼肝油那么小的感染丸子，一个普通人就能拥有了特异能力，被感染的人越来越多了，简直成了新常态。迈克一个人低头正观察着地下的车痕时，发现了面前站着一个女人。他来不及拔枪，枪已到了女人手里。简直来不及做任何动作，那女人幻影移形间，迈克已被关进了车里。然后被女异能人带回到了她家里的洗手间里捆着。后来黛西亨特和芭比赶到，解救了迈克。并将女异人埃琳娜带回了局里密封舱。乔伊和她进行沟通，问她为什么要偷走武器。得知她偷走武器只是为了保护朋友不被伤害，黛西对她有了好感。与此同时，女异人的表弟正将偷来的武器往河里扔，芭比和亨特赶到后制止他，正要带走他，警察来了，芭比做了解释，但警察并未就此罢休，她自信满满地刚抽出武器，还未来得及动手，就被警察特殊的眼镜射出的光击晕了，亨特也被击晕，他们被带了回去。警察杀死了埃琳娜的表弟。埃琳娜得知情况后，决定加入到黛西他们的行动中，充分利用自己的天赋来做好事。他们一同赶往警局，营救亨特和芭比。埃琳娜和黛西一起，擒获了眼镜有异能的警察。菲尔请菲兹帮他读取沃纳冯斯特克的大脑，里面应该有关于马利克的信息。菲尔得到了信息后，前去寻找马利克，通过电话得到了他遍布全球的部分机构。但马利克不以为意，因为“沃德”神祗正在恢复。黛西他们押着那个异能警察正要回去，谁想从天而降的九头蛇的飞行器，将那个异能警察又截走了。苏醒了的埃琳娜还不想留在神盾局，她想回家。迈克担心着她的安全，他给了她一只特殊的表，希望她需要的时候尽管呼叫。西蒙斯总算放下了心结，找到菲兹重归于好。林肯也跟黛西相吻着。马利克还在搜集着异人。他有点失望地站在“沃德”面前，说他也许跟他想的不一样。可是“沃德”站了起来，说他很快就可以看到他的能力了。

菲尔打电话给新任ATCU长官格伦，可他既拒绝见面，也不想谈。菲尔只有跟踪他到机场见面，邀他一起去参加几国组织的异人研讨会，因为菲尔知道，马利克肯定对这样的会议不会袖手旁观，而且，也有必要了解到元首当中有没有储备异人的。格伦不承认菲尔是他的上司，也无意做搭档，他根本不想接总统交给他的这个差事。不快的气氛一直到菲尔提到了格伦的妻子卡尔拉和儿子乔治，才有所缓和。梅和林肯负责外围行动，保护菲尔的安全。克里尔是个轮胎异人，梅和林肯看见他出现在菲尔附近，急忙冲出去与他较量。克里尔的异能十分强大，梅和林肯联手才总算勉强将他制服，这时听到格伦说克里尔是保护他的。大家有点无法接受。因为克里尔曾是九头蛇的人，而且还杀过神盾局人员。可格伦说他已经变好了，外面有异能的人太多实在危险，他需要拥有一个自己的异能保护者。菲尔认为秘密会议克里尔还不适合出席，但格伦坚称，如果不让克里尔去，他也不去参加。菲尔同意了。他们飞赴台湾参加这次秘密会议。黛西因为是异人，菲尔宥于会议规则，没让她前往。他本人以医生的身份和格伦一起出席了会议。留在神盾局的克蒙斯发现了克里尔DNA的异常，他身体里有能阻止泰瑞根变异并化解的物质。黛西觉得政府如果知道有这种物质存在，肯定会对异人们注射。黛西十分珍惜自己变异后拥有的异能，觉得这种天赋可以使她帮助更多的好人。林肯却觉得异人们可以自己主动选择，决定拥有还是放弃异能。会议进行期间，梅、亨特、芭比扮成服务员进入各国政要房间探秘。一切貌似在按计划进行。可是，会议中格伦突然变脸，竟在各国政要面前，诬蔑菲尔是九头蛇的局长，马利克也走进了会议室，菲尔这才意识到，格伦竟然是马利克的内应。因为马利克抓了他的儿子来挟持。最终，格伦也被马利克关了起来。幸好克里尔赶到救出了他们。然后他们分头去追踪马利克，营救格伦的儿子。菲尔也找到了格伦的妻子。夫妻团聚使格伦对菲尔很感激，他对菲尔展示了友好的态度。异星球神祗正在了解着宿主沃德，真正的沃德已经死亡。马利克知道这个新沃德需要大量异人，于是将他们救回的眼睛有异能的警察押了过来。警察发现自己的异能对新沃德没用很是诧异。沃德展示自己的能力收服了他。沃德让手下为他抓了五个活人，然后生生地吸化了他们，五具炭化般的枯骨倒地，而沃德，则更为强大地站立起来。

面对紧急情况，黛西召集了她一直秘密储备的战队。她和林肯率领乔伊和埃琳娜前往营救神盾局特工们。吉耶拉控制着神盾局的飞行器回到九头蛇的势力范围。梅身负重伤，失血很严重。队员们躲进一个舱里坚守，外面强敌环伺。这时，黛西她们赶来了，纷纷利用异能战胜九头蛇的敌人。林肯还抓到了马利克。不过，很快被那个眼镜异能警察卢西奥电晕，幸亏乔伊及时出手才扭转局面。特工们边设法抢救着梅，边尽力阻挡着敌人的进攻。黛西他们除掉了外舱门外的敌人，敲响了舱门。梅不顾重伤，驾驶飞行器返回神盾局。吉耶拉懊悔地向沃德说事情没有办好，沃德说飞行器里已经有他们的人混入了。黛西的战队们回忆着今天的胜利。菲尔审讯着马利克。马利克告诉了他沃德的真实面目，并提到他杀了自己的女儿。他还提到了菲尔不该对异人们过于信任，因为他曾犯了这样的错误，以前他那些异人部下现在全部效忠于沃德，因为他体内附着“蜂巢”，那个神，那个魔鬼，它能感染他们，为他所用。并告诫菲尔，这次派去营救的异人们，可能已被感染，原来信任的人最好别再信任了。林肯拿着关于未来的水晶球在看，黛西问他在干什么，并对他以前瞒着她做的一些事表示不解。埃琳娜和久未见面的迈克愉快地聊着天。卢西奥的尸体读数有些异常。菲尔心情沉重地走出审讯室，疑虑重重地审视着异人队员们，并让迈克封锁了基地。暗中观察着谁是那个感染者。马利克为了复仇，答应了和神盾局合作。西蒙斯解剖卢西奥的大脑时，发现了感染迹象。紧接着，又发现马利克被杀了。菲尔准备隔离检查异人队员时，遇到了反抗。尽管菲尔告诉了他们原因 ，他们还是冲动地聚集一处，并将门锁熔化堵死。黛西保护理智劝慰着秘密战队的队员们，很快异人们又彼此怀疑。为了不伤害神盾局的人，也不让异人们受伤，黛西假说带着他们从秘密电梯离开。迈克搜查队员物品时，明白了林肯是那个被感染者。这时，黛西他们也过来了。林肯被击晕隔离，菲尔也告诉黛西，只能先解散她的战队了，因为异人们会被感染，也不能接触沃德。黛西后来却找到林肯，说要带他离开，她是那个感染者，现在她觉得无比快乐。林肯拒绝跟她离开。黛西带走了水晶球并毁掉了神盾局飞行器。