神盾小队来到迪斯科流行的70年代，苏萨也加入同行。他们遇到了另一位熟悉的面孔，并了解到瓦解长生人阴谋的方法。但和风号意外地再次发生跳跃，这次不仅关系到神盾局的未来，也关系到迈克的未来。 ​​​​

黛西和苏萨被纳撒尼尔·马利克绑架，这位本应在几年前就去世的未来九头蛇高层吉迪恩·马利克的兄弟，在长生人的干预下存活下来，并与另一位臭名昭著的九头蛇头目丹尼尔·怀特霍尔建立了联系，他试图转移“震波”的异能。与此同时，为了阻止提前了40年的“洞察计划”并拯救迈克的父母，神盾局“和风号”暴露了位置并遭到猛烈攻击。而寇森似乎发现长生人的另一个阴谋：他们想提取特工的记忆上传到长生人体内，取代神盾局特工们，最终拿下地球？

意外滞留1982年后，迈克回到他童年的家中处理双亲的后事，迪克则开始物色一批顶尖的新特工。由于不知道神盾小队是否以及何时会回来找他们，至少在杀手机器人出现之前，时间似乎终于站到了他们这边。 ​

随着和风号的时间机器发生故障，神盾局小队可以说完全陷入了灾难。而悠悠可能是他们唯一的希望，关键是要恢复她的“弹弓”异能。为此，她需要寻求一个老对手的帮助，并打开她深埋已久的一段过去。

一场时间风暴劫掠了“和风号”，将其推向毁灭。与此同时，黛西和寇森一遍又一遍地试图拯救小队，却又一遍又一遍地失败。除非找到解决方法，否则只能被时间风暴吞噬。要想到达下一个目的地，需要机上每一个人的信任、勇气和牺牲，但他们有足够的时间吗？

伊诺克的牺牲使小队得以挣脱时间风暴，回到1983年。此时纳撒尼尔和坷垃正在“来世”组建一支精挑细选的异人族军队。小队分开行动，黛西的任务是直面并保护嘉颖——这位（在未来已经）死去的母亲。而其他成员则迅速发现，要想阻止马利克，还必须与另一位卯足了劲的老对手正面交锋。

敌人劫走洁玛并开走和风一号离开大气层无迹可寻，自愿投降的蔻拉声称自己愿意与神盾局配合，但众人都认为这是对方设的局。还未从母亲丧生的悲痛回过神来的黛西，勉强忍着情绪跟首次见面的姐姐交谈，得知我方一举一动都在茜比尔的预测当中。

黛西、苏萨和麦克成功在无人发现的情况下停靠在和风一号上，但整架飞机随后进入长生人的母船中，麦克和苏萨留下来坚守以外，黛西独自去救洁玛和迪克。茜比尔将意识上传至新的身体里，给洁玛注射能溶解脑部记忆抑制器的液体，静待她自动想起费兹藏身之地的回忆，然而这么做也让洁玛的记忆陷入“杂乱无章”的局面。

费兹早先陪洁玛和伊诺克离开古庙后，花费几年时间安排好整体布局，期间还跟洁玛度过二人世界；当一切安排就绪后，他们按时回到古庙，命令留守的佛林特和派珀保护费兹用来“藏身”的特殊隔离舱，洁玛则到古庙中救走刚消灭伊赛尔的同伴后穿越至过去。