Les scientifiques spectraux s'attaquent à la prison où est détenu Eli Morrow. Coulson monte une équipe d'intervention d'urgence pour le récupérer avec Daisy, toujours rebelle à l'idée de retourner au SHIELD, et Robbie, dont le pouvoir incontrôlable risque de compromettre la mission. Simmons est retenue par le directeur Mace, alors qu'elle doit passer au détecteur de mensonges.

Une bombe a explosée dans le bureau de la sénatrice Nadeer, la tuant elle et plusieurs personnes. Le SHIELD, déjà mal vu pour protéger des Inhumains, se charge de l’enquête et découvre que le Supérieur a voulu vérifier si elle n'était pas inhumaine grâce à un cristal terrigène, mais que c'est Shockley, chargé de l'opération qui a acquis des pouvoirs et causé l'explosion. Coulson et Mack partent en Espagne retrouver la femme qui a inspirée Radcliffe la création d'AIDA.

Coulson et l'équipe veulent découvrir pourquoi Virgil les a fait venir du passé et cherchent donc à décrypter ses documents secrets mais Grill, le trafiquant, se méfie d'eux et envoie un de ses hommes les espionner.

La mort de Ruby et la disparition de la générale Hale laisse le SHIELD dans le doute sur les changements à venir pour le futur et avec toutes les tensions dans l’équipe irrésolues. Ils se préparent à déplacer le gravitonium quand Qovas, l'allié Remorath de la générale Hale, lance son attaque contre le Phare. Daisy est partie à temps, à la recherche des projets de Cybertek qui pourraient sauver Coulson.

Sarge et son équipe traquent des personnes a priori sans histoire et utilisent un poignard pour les changer en cristaux. Leur prochaine cible est Deke Shaw, devenu chef d'une start-up exploitant des technologies du SHIELD. Keller et Yo-Yo évoquent l'idée de parler de leur relation à Mack.

Face au court laps de temps qu'ils disposent, les membres de l'équipe devront aller en enfer et puis revenir afin de stopper les événements. Qui survivra ?

L'équipe a dû laisser Enoch en 1931 pour suivre les Chronicoms en 1955 près de la Zone 51, l'une des premières bases du SHIELD. L'équipe pense que le plan des Chronicoms implique le projet Helius, une première tentative de construction d'un générateur de fusion ionique qui, selon eux, permettrait aux Chronicoms de détruire le Zephyr, empêchant le SHIELD de les suivre à une autre période. Mais l'infiltration de la base est mise à mal par l'arrivée de Daniel Sousa.