Die dritte Staffel präsentiert direkt einen neuen Gegner der Agents. Als S.H.I.E.L.D. erneut einen Menschen mit Superkräften aufspürt, treffen sie auf eine Organisation, die es ebenfalls auf den Inhuman abgesehen hat. Und die Organisation nutzt jedes Mittel, um an ihre Ziele zu gelangen. Fitz leidet noch immer unter dem Verschwinden von Simmons – er will sie um jeden Preis finden und wieder mit ihr zusammen sein.

Agent Coulson muss gemeinsam mit Mack und Daisy Lincoln zur Seite springen, weil Rosalinds Team bei der Jagd auf Menschen mit Superkräften die Oberhand gewinnt. Vorsichtig wird über eine Zusammenarbeit angestrebt, doch die Ziele der beiden Organisationen liegen weit auseinander – besonders, was die Behandlung der Inhumans angeht. Hunters Kaltblütigkeit wird nun überdeutlich sichtbar – ihm sind unschuldige Menschenleben egal, wenn es darum geht an Hydra und Ward Rache zu nehmen. May wird skeptisch, was ihre Unterstützung ihm gegenüber angeht.

Etwas widerwillig passiert es: S.H.I.E.L.D. lässt sich auf eine Zusammenarbeit mit Rosalinds Team ein. Coulson und seine Agents müssen schnellstens eine Inhuman fassen, der andere Menschen mit Superkräften tötet. Dieser erweist sich als lebensgefährlicher Gegner. Mays Zweifel gegenüber des Racheplans von Hunter werden größer. Er führt einen privaten Kreuzzug, den sie stoppen will. Doch Hunter lässt sich nicht so leicht aufhalten.

Melinda macht sich auf die Suche nach Werner, nachdem dieser Andrew angegriffen hatte. Daisy, Mack und Lance tun sich zusammen mit einem Ziel: Sie wollen herausfinden, wer Banks wirklich ist. Denn auch Coulson vermutet, dass ACTU die Agenten von SHIELD die ganze Zeit getäuscht hat.

Das Team der S.H.I.E.L.D. stößt auf eine gefährliche Wahrheit über die ATCU. Unterdessen nehmen Wards Pläne, S.H.I.E.L.D. zu zerstören, eine überraschende Wendung.

Ward erschießt Price durch das Fenster ihrer Wohnung und ruft dann Coulson an, um die Verantwortung zu übernehmen. Er enthüllt dabei Hydras Plan, das Portal zum Planten Maveth wieder zu öffnen.