乔伊像个巨大的熔化器，所有他周围的金属都会很快熔化。他身体出现的异能，不但让路人恐惧，也让他自己感到莫名其妙，并且害怕。这时，一辆车停在他面前，黑色行动队出现了，这些人用枪对准了他，并让他举起手来。还没等乔伊有进一步的反应，他们手里的枪已经开始熔化，乔伊趁机逃走，躲在小巷里。但很快乔伊又被黑色行动队的人发现了，正惊惶失措，黑色行动队的人突然像被狂风吹跑了，原来是神盾特工队赶到了，他们及时救下他来，神盾特工队的黛西，就是斯凯，她现在改名叫黛西。她说服了乔伊跟他们走，并让他进了一间封闭房，这间房突然腾空而起，将他带到了神盾局的空中飞行器中。随后，黛西向乔伊解释了发生在他身上的怪事，因为她也曾经历过同样的事，也拥有着异能。菲尔在拍下黑色行动队幕后神秘女人后，也赶了回来。他跟黛西庆幸着总算救下了第一个异能者。因为前面五个都被黑色行动队劫走了。　芭比为乔伊安排了新房间，并且告诉他这儿的人不会伤害他，他也伤害不了这儿的人。菲尔和同事们研究着那神秘女人的来历。黛西和迈克来到乔伊的房间。黛西进一步向乔伊解释了出现在他身上的特异现象，因为他身上已拥有了部分外星人的基因并被泰瑞根激活，黛西说，欢迎加入我们异人族。乔伊不敢置信地笑了起来。但当黛西说他不能再回到以前的生活中了，乔伊发怒了，迈克手里的金属板熔化烫了他的手，黛西只能出手先将乔伊击晕。菲尔让芭比打电话叫菲兹回来。菲兹却不肯马上回来，他正在摩洛哥查线索。他失去了爱着的女人西蒙斯，所以想查清巨石的属性，听说那块石头被埋在了尤卡坦，石头旁的卷轴盒里有张羊皮纸，解释了这块石头的属性。但被约瑟夫的黑社会组织抢劫带走了，所以，他要找到他来交换，他被绑着见到了约瑟夫，不顾付出生命的代价，抢走了羊皮纸逃掉。菲尔按芭比提供的线索找到了那神秘女人，不料她早有防备，并反过来抓捕了他。她说自己叫罗莎琳。罗莎琳去接电话了，菲尔才有机会逃脱。黛西和迈克去找林肯帮忙。林肯也是异人族，但他不想回来。正争执时，突然出现了一个杀异人族的怪物，三人合力才将怪物击退。但林肯的正常生活也毁了，有同事看到了他的异能，打了报警电话。因为正常社会对异人族也是追剿的。他依旧不肯黛西迈克回去，独自狂奔而去。菲兹回来了，他满怀希望地打开羊皮纸，却发现只用希伯来文写着一个词死亡。菲尔劝解他要跟过去道别，他嘴上答应了。但后来却独自打开了一直封闭着的巨石，冲着它绝望地大吼。

林肯施展异能，总算逃脱了黑色行动队的追捕。但黑色行动队所属的ATCU组织将他的照片和信息全国发布，称他是外星杀人犯。黛西打电话给林肯，想帮助他。可林肯马上挂断电话，并摔碎手机，去掉了身上被神盾局埋下的联络跟踪器。亨特和梅去找能帮他们联系到九头蛇组织的斯巴德，探听到了有用的信息。西蒙斯重返之后，由于长期呆在了另一个星球，身体机能发生了一系列变化。为了帮她恢复，菲兹带她去实验室转转，结果当她看到曾用来做传送门的巨石，现在虽已经碎裂成一堆石头，还是产生了反应，她曾经最爱的实验室也让她感觉不适。大家知道她有很多事没有说出来，比如，她是如何独自在另一个星球活下来的。但大家尊重爱护她，决定等待，到她自己想说的时候再听。林肯躲到了一个朋友家，但当朋友从电视上得知他就是那个外星杀人犯，于是打了热线电话。林肯逃跑时他因受到了惊吓而死，林肯感到十分内疚。林肯打电话给黛西，诉说了自己的心境。菲尔约了罗莎琳见面，她就是政府的秘密组织ATCU的总负责人，她所领导的黑色行动队总是在异能人出现的时间赶到，并将他们带走。神盾局的人怀疑他们将这些异能人杀害并研究，美其名曰为了给国民以安全感。这次见面，菲尔想劝她同意神盾局将林肯带走，但罗莎琳还是拒绝了。菲尔还想请求她一件事，不要透露出黛西的信息，他知道罗莎琳手里有张医院的照片，如果她将之公布，黛西的安全也将受到威胁。黛西和迈克赶到去营救林肯，黑色行动队的人也到了。黛西想说服他不要再陷入对朋友之死的内疚，跟着她走。她表达了一直以来对他的爱情，当黛西成功说服林肯，准备带他撤离时，迈克进来告诉她计划有变，菲尔让把林肯交给黑色行动队。林肯再次使用异能逃脱。当黑色行动队又准备对付黛西时，菲尔选择了以后跟他们一起合作做为条件，才保全了黛西。菲兹带西蒙斯去吃他精心准备的浪漫晚餐。西蒙斯突然哭了，菲兹搂住她安慰着。她离开得太久，有很多事需要重新适应。亨特和梅经过一轮轮血腥残酷的杀戮，亨特最后被带到了总部，他将被安排与沃德见面，这正是他们此行的目的。

亨特刺杀沃德失败，间接导致安德鲁被伪装成学生的九头蛇成员沃纳袭击，但是安德鲁却侥幸逃了回来，他告诉梅是寇森暗中派遣的手下救下了他，任务失败的亨特被命令不得再参与沃德的追杀任务，而芭比则经受了梅的突击测验，梅认为芭比已经恢复到了足够出任务的程度，两人组成队伍去追击沃纳的踪迹，而沃纳此时则躲入了父亲以前部下的庇护。另一方面，闲极无聊的亨特去调侃菲兹打算救回西蒙斯未婚夫的举措，却被菲兹拒绝了无聊的举措，并与黛西和麦克一同侦察鞭笞的身份，却不料追踪到了菲尔和ATCU首领的私下会面，并得知ATCU一直在追捕和医治异人。与此同时梅和芭比找到了沃纳的所在地，却不料沃纳遭到了出卖，九头蛇的人先一步找到并折磨了沃纳，恢复了身手的芭比击败了沃德的副手，而梅从沃纳口中得知了一个惊悚的事实：当时救了安德鲁的人并非是寇森的手下，而是安德鲁自己发生了可怕的变化——他竟然就是那个不断追杀异人族的异人猎杀者鞭笞。变身后的安德鲁干掉了当时沃纳以外的全部九头蛇成员，之后变成原来的样子用打火机引爆燃料，伪装成自己遭遇袭击侥幸逃命的样子。得知了真相的梅头一次露出了犹豫迟疑的神色。与此同时在神盾局里，黛西与林肯进行了一次秘密通话，林肯却不愿透露自己的位置，尚不知安德鲁身份的黛西告诉了安德鲁林肯的事，却没看到安德鲁的目光在转身后，逐渐变得阴沉了起来。

菲尔、黛比和加纳一起，讨论着ATCU将异人族冷冻起来的事。黛比表示反对，她希望异人们也能有机会选择做自己。加纳冷冷地跟在他们后面听着，然后插话说赞成菲尔，说不是所有的异人都像你一样学会了控制自己的力量。菲尔提到了下午要和总统有一个秘密会面，以ATCU成员的身份和罗莎琳一起，并说了会面地点。菲尔还提到如果黛西能说服罗莎琳，事情会好办些。加纳说他可以及时将乔伊的报告交过来作证明。因为乔伊发现了自己的的异能之后，非常担心伤害到别人。黛西带罗莎琳参观神盾局的飞行器，并告诉她，她觉得更好地对待异人的方法。不是冷冻他们，而是教化他们。罗莎琳并没有被她服。西蒙斯将她的手机交给了菲兹，她用它记录了在另一个星球发生的一切，现在它损毁了，想看看菲兹能不能帮它复原。菲兹成功地复原了手机的资料，看到西蒙斯跟威尔依偎在一起的照片时，很难受，但当他听到西蒙斯说只能看到星星和两个月亮，看不到太阳时，他赶紧听了下去。并从威尔袖臂的徽章找到了重新开启传送门的线索。梅暗中调查了加纳的行踪，心里对他就是怪物鞭笞的怀疑加深了。但她没有告诉别人，而是独自去找加纳。加纳正在给乔伊做评估，听到乔伊说对新具有的超能力感到高兴时，内心里充满了杀死乔伊的冲动，但还是管住了自己。他克制着对乔伊的敌意继续交谈，这时，梅闯了进来，让把乔伊带出去，只留下两人单独谈话。梅让加纳说出真相，加纳被逼问得紧了，竟拔枪击晕了梅，然后将她带到了他工作的大学锁了起来。梅醒来后，他告诉了她真相，原来就是那次两人在夏威夷，他调查黛西母亲嘉颖时，翻看的一本记录异人的书，有阵迷雾喷出，他就出现了异状，这种异状只有在他攻击异人后才能有所缓解，所以，他只能跟她分手。现在，他希望得到她的帮助。 林肯打电话给了迈克，迈克赶了过去。林肯告诉他，据他的调查，怪物鞭笞应该就在神盾局里。迈克带着他去找菲尔，告诉了他情况，菲尔觉得这不可思议，但同事们的话，让他不得不相信，他推迟了和总统的会面，一起赶去找加纳和梅。 加纳试图告诉菲尔，他所做的一切，跟菲尔目标一致，但对他充满敌意的林肯，率先发难，加纳马上变身鞭笞，狂性大发，甚至将罗莎琳扔下楼，幸亏黛西救了她。梅尔在鞭笞又要对林肯动手时，插到两人中间，她的出现让加纳已恢复了常态，这时，梅掏枪击中了他，并借机将他关进了隔离舱。

沃德和原九头蛇高层马利克一同进餐。马利克是活下来的唯一元老,他出卖了沃纳向沃德示好,但正因此事,沃德并不信任他的人品,认为是他控制了九头蛇的密室,那密室据说是九头蛇的力量源泉。席间,两人话里藏刀,马利克离开后,他的人袭击了沃德,但全被沃德制服。沃德要利用他俘获的人进入密室。然后他赶往了在德国普策科的密室。　　加纳也被冷落起来放入了罗莎琳的基地,梅心里并不好过,所有人都感受到了这一点。林肯倒是能安心地睡个觉了。黛西劝他尽管找好自己的位置,因为神盾局并不会留着一个到处闲逛的人。菲尔跟罗莎琳越走越近,这引起了迈克的忧虑。他找到菲尔询问两人的关系,菲尔却说这是他自己的私事,虽然他并不完全信任她,但他想一探究竟,看她是不是值得信任,他决定带她前来他们的秘密基地。　　其实,菲尔也想借机打入罗莎琳的ATCU组织,查一下他们的底细。他做了行动布署。芭比和亨特前往ATCU基地,成功地将电脑木马置入了ATCU的系统中。梅和林肯赶去ATCU执行下一步任务。黛西根据芭比传回的信息发现,ATCU组织不是在治愈异人,事实上他们是在更快地转化异人。菲兹和西蒙斯查到了威尔并不是宇航局派去完成科学任务的,而是跟一个邪恶组织有关。西蒙斯说,那组织将威尔当成了血祭发往了那个星球,但她却不想查下去了,她担心另有隐情,她希望威尔高大的形象留在心里,她爱威尔。当然,也爱穿过宇宙去救她的菲兹。菲兹说服了她继续查下去。　　马利克将恢复人形的加纳带到了密室谈话。他想从他嘴里套出神盾局的秘密。罗莎琳还想跟菲尔调情,菲尔却揭破了她组织的秘密,罗莎琳这时才发现,她是被马利克利用欺骗了。亨特和芭比受到ATCU组织中外星人的攻击,罗莎琳让班克斯带他们逃出来。

菲尔听到ATCU和九头蛇马利克的关系后，和罗莎琳进餐时，他担心起罗莎琳的安全。罗莎琳说ATCU是她的地盘，不会有什么问题。话未说完，一颗子弹穿透了玻璃，罗莎琳咽喉中弹倒地而亡。射中她的是沃德。菲尔接到了沃德的电话，他告诉菲尔，这是为了让他感受一下心爱的人死在面前的心情。而且因为神盾局总是派出最优秀的特工前来暗杀他，所以，他也派人前去杀他了。菲尔好容易突围出来，跳上了迈克迎接他的车。顾不上管罗莎琳了，菲尔心情沉重地返回了神盾局。他开始在神盾局内动员调查沃德，让他们说出记忆中关于沃德的一切。他甚至问到了梅和沃德上床时，沃德透露出的个人经历。沃德显然和神盾局的很多人都有很深的渊源。他救过西蒙斯，和菲兹相处得像兄弟，爱上过黛西。菲兹一一地了解着这些事。黛西告诉菲尔，沃德很容易被一个强有力的父亲似的人吸引，所以才被招进了九头蛇。他杀了不少人，不是因为没有感情，而是因为太有感情。但黛西并不会原谅沃德的行为，他为了伤害菲尔杀罗莎琳，当年因为爱她杀了也同样爱她的凯尼格。马利克向沃德展示了他珍藏的五块石头，它们都是从那块传送门的巨石上取下的。九头蛇存在的目的就在于此。马利克说菲尔的逃脱会威胁到计划。沃德说他会保证一切成功。菲尔见到亨特后，迁怒于他，说如果他当时杀掉了沃德，罗莎琳就不会死了。他也恨自己当年怎么把沃德招进了队里。亨特要求再给他一次杀沃德的机会。菲尔让迈克替他暂行神盾局局长的职责，他要率人找沃德复仇。班克斯带着西蒙斯、菲兹去远星机构查资料。谁料刚到地方，班克斯竟被无形的力量控制杀人然后自杀。西蒙斯和菲兹被绑了起来，去见了沃德和马利克。沃德让菲兹看对折磨西蒙斯的视频，逼菲兹说出西蒙斯重返地球的办法。这时，菲尔他们找到了沃德的亲弟弟托马斯，并通知了沃德。菲尔利用托马斯得知了沃德的位置，于是赶去那里。迈克决定派黛西率领异人林肯和乔伊出发前去支援菲尔。菲兹不忍心看到西蒙斯受折磨，于是答应了马利克和沃德，前去那个星球，带九头蛇的那个怪物回来。沃德本想找菲尔复仇，但马利克说服了他，带队跟菲兹一起前往另一个星球。菲兹暗暗地向西蒙斯保证，只会带威尔回来。

在传送门最后关闭的瞬间，菲尔从空中飞过，直坠入传送门，也来到了异星球塔图因。但他沿着山坡滚动下来时，头磕到了一块石头上，晕了过去。清醒过来后，他给手枪装好了子弹。沃德率人和菲兹在异星球上边走边观察着，菲兹借机想将沃德的手枪抢过来，却被防范甚严的沃德识破。为了逼菲兹配合行动，沃德警告菲兹，如果六小时后他们不能完成任务，带那个怪物回到地球，那么西蒙斯就会被折磨致死。芭比黛西和迈克在商量在到底应该怎样行动，是先救菲尔，还是攻进九头蛇救出异人们，还是拿下传送门。新加入战队的异人乔伊倾听着他们如何商量。迈克最后做出了最终决定，众人开始依言悄悄采取行动。菲兹总算找到了威尔的洞穴，两人刚刚见面，沃德也跳了进来。菲兹解释说威尔可以做他们的向导。这才使沃德打消了杀掉威尔的想法。威尔的一条腿受了伤，是当时帮西蒙斯逃走时被怪物咬伤的。威尔和菲兹暗暗商量好了对策，菲尔此时也及时出现，他开枪打死了沃德带的士兵，当沃德说他打伤了菲兹，菲兹在流血，嗜血的怪物肯定不会让菲兹活着回去时，菲尔愤怒地击中他，这下沃德也在流血。菲尔用枪指着他，让他带路找到菲兹。神盾局的同事们拉掉了电闸，一直在设法逃脱的西蒙斯，借机趁黑离开囚禁她的地方，这时她发现了被关着的加纳博士。加纳请求她放他出来，他再次变身鞭笞才除掉了那些要抓西蒙斯的九头蛇士兵。逃掉了的西蒙斯成功地跟神盾局的同事们会合了。他们到巨石传送门室商量着下一步对策。加纳化身的鞭笞将九头蛇冷冻着的异人全杀了。菲兹和威尔边走边谈论着，菲兹为威尔包扎伤口时发现了破绽，原来，威尔在抵御怪物救西蒙斯已被杀掉，假“威尔”正要杀死菲兹时，也来到传送门附近的菲尔，举枪击中了他。沃德见状又攻击菲尔。菲兹在旁边开枪击了沃德，然后从菲尔的背包里找到了火焰枪，击中了假威尔，假威尔燃烧起来。传送门就要关闭了，菲兹催促菲尔赶紧离开，想到死去的罗莎琳，菲尔用机械手亲手弄死了沃德，然后将机械臂取下扔到他旁边，然后和菲兹一起离开。神盾局的同事们欢迎着他们。菲兹和西蒙斯拥抱时，正和梅拥抱着的菲尔，也看向他，目光冰冷而神秘。