マイアミのある教会が全焼し、焼け跡から奇跡的に500年前の絵画が見つかる。しかしなぜかその絵画の裏にはギャレットが残した図が描かれていた。コールソンとメイは、絵画がお披露目される教会再建パーティーに絵画を奪取するため潜入するが、そこにはタルボットの姿が……。作戦変更を余儀なくされるコールソンたちにタルボットがある提案を持ちかける。一方バスで待機するメンバーたちには危機的な事件が勃発していた。

ポルトガルの海岸で不可解な暴力事件が発生、その事件にはアスガルドからやって来たシフが関わっていた。シフと格闘していた相手の男は不明、そして彼女には記憶がなく、“カーヴァ”を探している、と答えるのみだった。コールソンたちは彼女と協力して事件の調査を進め、ようやく男の所在を突き止め捕まえる。しかし男の言葉から衝撃の事実を知らされる。その事実はコールソンにある大きな決断を迫ることとなる……。

スカイと同様に安全な場所で過ごしていたレイナにも、謎の霧を浴びた後、ある特殊能力が備わっていた。彼女はヒドラに連れ去られたリンカーンに命の危険が迫る夢を見たという。スカイはリンカーンを助けるためにある場所に向かうことを決心する。一方ヒドラに拘束されたマイクを救うためにコールソンは自らマックとモースに連行されることを選ぶ。本部に戻ったコールソンは、ゴンザレスにヒドラの実験を止めるべく協力を要請する。

爆発現場から助け出されたガーナーは一命を取り留める。ハンターは無謀な行動でガーナーを巻き込んだとしてミッションから外される。ウォードを捜すメイは、キーボから拷問を受けているアレクサンダーを救出。そこでアレクサンダーの口から衝撃の事実が明らかになる。一方、コールソンはロザリンドに同行してATCUの施設を見学する。そこはインヒューマンズを冬眠状態にして、治療方法を開発するための場所だった……。

休暇を取って弟ルーベンを訪ねていたマックは、ネットでインヒューマンズ撲滅を訴えていたヘイトグループ「ウォッチドッグ」がATCUの施設にテロ攻撃を仕掛けたというニュースをテレビで知る。現場に近いマックは、コールソンからデイジーとフィッツに合流するよう命じられる。兄を保険会社勤務と信じるルーベンは、彼がシールドの一員とは思わずウォッチドッグを賞賛、久々の団欒ができなくなり反発する……。

洗脳を解かれシールドに戻ったデイジーは、ハイヴについて知る限りの情報を明らかにする。また、ハイヴにATCUから盗まれた弾頭の行方を追っていたコールソンたちは、太平洋上のミサイル格納庫での異変を察知。フィッツがモーションキャプチャーを使って国防総省の高官に化け、ミサイルの発射を停止するコードを入手する。一方、マックたちはタヒチマシンを改良した機械でハイヴに接続し、ハイヴの精神を混乱させる……。

チェンたちが散乱した現場から押収した箱は、正体不明のテクノロジーを内蔵したものだった。箱の内張りに使われていた合金から「モーメンタム研究所」との関係が浮かび上がる。研究所には霊体のルーシーたちがいた。彼女が魔術書「ダークホールド」を使ったことにより、数年前からそのような状況に陥っているらしい。一方、コールソンは新長官メイスに呼び出され、シールドの見学に来た下院議員の案内を命じられる……。

デイジーがソコヴィア協定署名のために上院の審問会に呼ばれる。ナディール側がスタッフ総出で出席するため、シールドはその間にコールソンとエレナが忍び込んで監視用の装置を取り付ける計画を立てる。ところが、その作戦はナディールに筒抜けになっていて、シールドは再び存亡の危機を迎えるはめに。一方、依然としてラドクリフに捕らわれている本物のメイは、脳内世界で脱走のシミュレーションを繰り返していたが……。

ディークによってカサイアスに売り渡されたデイジーはシモンズと再会。また、人の心を読むインヒューマンズのベンと知り合い、カサイアスがインヒューマンズをオークションで売りさばいていることを知る。一方、グリルは借金を返さないガンナーという男を痛めつけるようマックから命じられる。ガンナーが35階の技術フロアからの荷物を待っていると知ったコールソンは、その階で何が行なわれているのかを探り始め……。

元の時代のライトハウスに戻ったシールドの面々は、ノアと名乗るクロニコムに迎えられる。ノアのモニターしていた異常事態の映像の中に「空からの光」を見つけたコールソンは、ゼファー・ワンでそこへ向かうことに。一方、死んだと思われていたディークは、なぜかシールドの面々と同じ時代に現われていた。初めて体験する破壊前の地球に感動するディークが、無銭飲食で警察に逮捕されたことをアラートで察知したデイジーは……。

グラヴィトニウムで怖い物なしとなったタルボットは、ゼファー・ワンに乗り込んでクインジェットを強奪する。タルボットは飛行記録からクリールの入院先を突き止め、救出するかのように見せかけてクリールをグラヴィトニウムに同化させて、そのまま自分の中に吸収してしまう。一方デイジーは、カサイアスのもとへ連れて行かれそうになるが、精神世界での対話に打ち勝ち、コールソンとメイを助けに行くが……。

サージを撃ったメイは身柄を拘束され自分の犯行であることを認めるが、しばらくしてエレナが尋問に訪れると身の潔白を訴える。エレナとデイジーは、銃嫌いのメイが銃を使ったことに違和感を覚える。アイゼルはメイから、パイパー、ディークへと乗り移り、シュライクの反応を頼りにある保管庫へ向かう。しかしディークの姿では入室を拒否されたため、誰が最高レベルの権限を持つ者なのか探り始め……。

A time storm ravages the Zephyr, propelling it toward destruction while simultaneously forcing Daisy and Coulson to relive their failed attempts to save the team over and over, until they find a solution or are swallowed by the storm. Making it to their next destination will take trust, courage and sacrifice from everyone on board, but it will all come down to having enough time.