В конце Второй мировой войны, команда Стратегического научного резерва захватила склад «Г.И.Д.Р.ы» в Австрии, который вёл генерал Райнхардт, и нашла тело пришельца (из 14 эпизода 1 сезона) и объект, именуемый «Обелиском», который, согласно Иоганну Шмидту, хранил ключ к самой смерти. Обелиск был обозначен как предмет №084. В наше время, Коулсон, директор «Щ.И.Т.а», находит агентов для его пополнения. Агентство, с помощью полковника ВВС США Гленна Талбота, находит хранилище с Обелиском и квинджетом, который им нужен ради системы невидимости, поскольку Фитц не может сделать её после того, как Уорд сбросил его вместе с Симмонс в океан. При противостоянии «Г.И.Д.Р.ы» и Карла Крила, они находят Обелиск, но на них нападает Крил и уходит с артефактом. Агент «Г.И.Д.Р.ы» Сунил Бакши говорит Дэниелу Уайтхоллу, что предмет перехвачен. Потом едва выявляется, что Уайтхолл — это тот же Райнхардт, у которого на 70 лет было остановлено старение.

Хартли и Айдахо погибают, Хантера схватывают солдаты генерала Талбота. Хантер и генерал заключают сделку, согласно которой Хантер выдаст Колсона. Он возвращается на базу, сбросив "хвост". Вместе с Мэй, Скай и Трипом они едут на место сделки Сунила Бакши и Карла Крила. Обелиск перехватывает Рейна, а Колсон побеждает Крила. Рейна приносит обелиск отцу Скай.

Улью приводят Лючио, и он подчиняет личность нелюдя, делает его собой (раньше он это сделал с Гийерой). Щ.И.Т. готовится к конференции по поводу распространения нелюдей. При этом за Колсоном и Тэлботом следит Карл Крил, который оказывается телохранителем Тэлбота. Колсон решает взять Крила на конференцию. Там Щ.И.Т. пытается определить, кто поставляет информацию Малику. Операция чуть не проваливается из-за того, что Малик взял в плен сына Тэлбота, но Крил и Щ.И.Т. спасают Тэлбота, его сына и Колсона. Фил начинает думать, что Малик отчитывается перед кем-то более могущественным, чем он, и после этих слов демонстрируется набравший силу Улей.

Агенты переносятся в свое время и сразу же берутся выяснять происхождение странного луча света, направленного на Землю из космоса. Пока Колсон с командой пытается исследовать необычное явление, оставшаяся на маяке Скай отправляется на помощь новому знакомому, каким-то образом оказавшемуся в их времени. Остальных членов команды ждет неожиданная встреча с бывшей помощницей, любопытное открытие, а также серьезный бой, не прошедший для друзей без последствий.

Фитц обнаруживает, что их старания по запечатыванию разрыва принесли лишь временный результат. Чтобы укрепить «заплатку», агентам нужно найти максимальное количество вещества, способного раз и навсегда закрыть эту щель. Оставшись вместе с Йо-Йо и Диком в убежище, Лео пытается освободиться от приставучего новичка. Остальные же отправляются на поиски человека, знающего о местоположении нужного им вещества. Между тем Вернер фон Штрукер получает от генерала Хэйл предложение присоединиться к ее отряду, а ее дочь Руби делает все, чтобы юноша согласился остаться.

Фитц никак не может придумать способ навсегда закрыть разлом, а тем временем наружу выбирается еще одна аномалия, поразительно похожая на него. Двойник без промедления начинает заниматься своим любимым делом, предварительно взяв одного из членов команды в заложники для своих экспериментов. Между тем Колсону и Мэй удается заманить генерала Хэйл в ловушку, однако чрезмерная вера главы «Щ.И.Т.а» в свое везение играет с ним злую шутку. Симмонс же ждут любопытные новости от Дика, немного скрасившие осознание того, что ее брак оказался под угрозой.

Заняв место лидера, Дейзи разрабатывает план спасения Колсона. Джемма заручается помощью восстановившейся Йо-Йо, чтобы вытащить Лео из камеры и найти Фила. Тем временем Хэйл испытывает вещество на Криле. Одержимый голосами, тот отправляется поквитаться с новым заключенным, однако в процессе изменяет свои намерения. Захватив с собой Тэлбота, мужчины стараются выбраться из заключения. Вернер продолжает трудиться над расшифровкой записей отца, а Руби стремится доказать готовность стать разрушительницей миров.

Фитц с Симмонс как могут оттягивают починку устройства, однако обстоятельства вынуждают их все же выполнить задачу. Тем временем, обнаружив местоположение Хэйл, Дейзи с Мэй отправляются в ее укрытие, где объединяются с генералом, чтобы с ее помощью остановить Руби от необдуманного шага. Тэлбот же, подчиняясь приказу, начинает тайную миссию Гидры по похищению провидицы, и Колсону приходится рискнуть жизнью для разрешения этой ситуации. Вернеру же удается запустить созданное отцом устройство, а Йо-Йо идет на жертвы ради спасения мира.

Дейзи получает ультимативное предложение от Тэриана, не подозревающего о знаниях и настоящей силе женщины, в то время как стараниями Дика, Колсон и Мэй не только освобождаются из заключения, но и получают свежие сведения о Тэлботе. Последний между тем уверенно продвигается к осуществлению задуманного, и вскоре становится понятно, что образумить его не получится. Сумев противостоять Ковасу, агенты переходят к главной миссии и оказываются перед сложнейшим выбором, ведь спасти мир от разрушения они смогут, лишь пожертвовав одним из товарищей.