Ο δεύτερος κύκλος ξεκινάει με τον Τόνι, ο οποίος προσπαθεί να προσαρμόσει τη ζωή του μετά τις διώξεις της Ομοσπονδιακής Αστυνομίας.

Αναρρώνοντας από ένα επεισόδιο τροφικής δηλητηρίασης, ο Τόνι βλέπει περίεργα όνειρα και αρχίζει να υποπτεύεται ότι η Πούσι είναι πληροφοριοδότης του FBI.

Ο Τόνι προειδοποιεί τον νέο Εβραίο Αφροαμερικανό φίλο της Μέντοου να μείνει μακριά της.

Ο Τόνι θυμάται την πρώτη κρίση πανικού που είχε ως παιδί. Ο Κρίστοφερ προσπαθεί να ανταπεξέλθει στην ψυχολογική πίεση πως τώρα πλέον είναι ένας «φτασμένος» άντρας. Στο μεταξύ, οδηγείται και ο Άντονι προς την ψυχανάλυση...

Ένας εκτελεστής επιστρέφει από την ανενεργό δράση. Η Μέντοου δεν αντέχει να βρίσκεται καν στο ίδιο δωμάτιο με τον πατέρα της. Παίρνει μαζί της από το υπόγειο το πορτατίφ, αχρηστεύοντας τον κοριό που είχε βάλει το FBI.

Ο διαπληκτισμός της Τρέισι και του Ραλφ, έξω από ένα κλαμπ, έχει τραγική κατάληξη για την Τρέισι. Ο Τόνι βλέπει την Τρέισι νεκρή και κάνει κάτι που δε θα έκανε ποτέ ένας μαφιόζος σε έναν άλλο μαφιόζο.

Ο θείος Τζούνιορ ονειρεύεται πως το FBI θα του θεραπεύσει τον καρκίνο, αν καταθέσει εναντίον του Τόνι. Ο Τόνι στέλνει τον Φιούριο να «πείσει» τον γιατρό, να βελτιώσει τη συμπεριφορά του στους ασθενείς του.

Η σχέση του Τόνι και του Ραλφ παραμένει τεταμένη. Όμως, όταν ο Τζίτζι πεθαίνει ξαφνικά, ο Τόνι χρήζει τον Ραλφ νέο αρχηγό της ομάδας του Τζίτζι, αποκαθιστώντας έτσι την ειρήνη στην οικογένεια.

Η σχέση του Τόνι και της Γκλόρια είναι γεμάτη πάθος. Εκείνος είναι ξετρελαμένος με την έξυπνη, ανεξάρτητη και ζωηρή γυναίκα, αλλά αγνοεί πλήρως τον λόγο που η Γκλόρια επισκέπτεται τη Δόκτορα Μέλφι.

O Πόλι και ο Κρίστοφερ πρέπει να επιβιώσουν από ένα ατελείωτο κυνηγητό στο δάσος, όταν μια υπόθεση ρουτίνας καταλήγει σε αποτυχία. Η Μέντοου αρχίζει να έχει υποψίες για τον Τζάκι Τζούνιορ.

Με την οικονομική ύφεση να επηρεάζει τις επιχειρήσεις του, ο Τόνι επενδύει σε μια δυνητικά επικερδή συμφωνία, καθώς η γυναίκα του ανησυχεί για την οικονομική ασφάλεια της οικογένειας.

Κατά τη διάρκεια της θεραπείας, ο Τόνι παρομοιάζει τον εαυτό του ως έναν λυπημένο κλόουν, που κάνει κουράγιο για να δείχνει γελαστός. Η Δρ. Μέλφι διαφωνεί τελείως με την παρομοίωσή του.

Μετά από μια συνάντηση με τον Τζόνι Σακ, ο Τόνι σκέφτεται το μέλλον της επιχείρησης και η υπομονή της Τζάνις με τις εμμονές του Μπόμπι, έχει αρχίσει να εξαντλείται.

O Τζόνι προτείνει ένα παράτολμο σχέδιο στον Τόνι για να βγάλουν τον Κάρμαϊν από τη μέση. Η Καρμέλα είναι θυμωμένη μετά από το τηλεφώνημα μιας πρώην ερωμένης του άντρα της.

Καθώς το μέλλον του γιου της είναι αμφίβολο, η Καρμέλα περνά περισσότερο χρόνο με τον σύμβουλο εκπαίδευσης του κολλεγίου του.

Φίλοι και οικογένεια συγκεντρώνονται όλοι μαζί στο σπίτι των Σοπράνο για ένα όχι και τόσο πάρτυ - έκπληξη προς τιμήν του πατέρα της Καρμέλα.

Τα μέλη της συμμορίας του Τόνι αρχίζουν να αμύνονται καθώς τα πράγματα με τον Τζόνι Σακ αρχίζουν να παίρνουν φωτιά!

Στο πρώτο επεισόδιο του έκτου κύκλου, ο Τόνι εξετάζει το αίτημα συνταξιοδότησης ενός συνεργάτη του, και μοιράζεται ένα απρόσμενο δώρο με την Καρμέλα.

Ο Σίλβιο μοιράζει τα κέρδη από τα τελευταία λάφυρα του Πόλι. Ταυτόχρονα μία διαμάχη ξεσπά μεταξύ του Μπόμπι και του Βίτο για το ποιος θα ελέγξει ποια περιοχή.

Ο Τόνι σκέφτεται να δώσει μια δεύτερη ευκαιρία σε κάποιον που του έχει αποφέρει κέρδη και προσπαθεί να διευθετήσει μια τοπική διαμάχη ζητώντας βοήθεια από το εξωτερικό.

Ο Τόνι βοηθά την Καρμέλα με την καριέρα της. Ο Κρις συνεχίζει τις δουλειές, από εκεί που τις άφησε ο Τόνι.

Ο Τόνι χάνει στο καζίνο ενώ ο Άντονι κάνει πρόταση γάμου στην Μπλάνκα. Η χήρα του Βίτο, Μαρί, ζήτα βοήθεια από τον Τόνι.