Di ritorno da un viaggio, Magnus scopre che il Santuario è in uno stato di completo abbandono. Solo poche ore prima la struttura doveva ricevere un rappresentante delle Nazioni Unite per un'ispezione sulla sicurezza. Il mistero s'infittisce quando Helen trova Henry picchiato e semisvenuto senza alcun ricordo di quanto accaduto.

Il Santuario riceve notizia di un grosso gruppo di anormali che è stato avvistato in Sud Dakota all'entrata di una caverna e Magnus si rende conto che è la prima ondata che è emersa dalla Terra Cava.

Mentre gli Anormali continuano a invadere la superficie, Will, Kate e Big Guy cercano di prevenire una guerra totale con la Lotus Security Force, cercando nel frattempo di scoprire che fine ha fatto Magnus.