While tracking a young boy with dangerous powers, Dr. Helen Magnus encounters Will Zimmerman, a psychiatric resident who may have what it takes to become her new protégé.

Will Zimmerman is drawn further into Magnus' mysterious world and finds himself confronting his oldest fear. Elsewhere, forces converge on the target of their hunt - including someone from Magnus' distant past.

The origins of the mysterious mutant boy are revealed, as is the relationship between Magnus and her old flame, John Druitt. Meanwhile Ashley Magnus (Emilie Ullerup) seeks out Ernie Watts (Peter Deluise) a weapons dealer and fellow monster hunter - only to find herself in mortal danger.

Helen and Will confront John Druitt with deadly results for a member of the Sanctuary team. Ultimately, Will is forced to choose between his old life and the strange world of Dr. Helen Magnus.

While investigating an ancient crypt on a remote island, Magnus and her team encounter deadly creatures and three women with a mysterious past. Ashley decides to address the issues of her father's existence head-on.

The investigation into the three women found in the crypt continues, confirming Magnus' theory that they are much more than they appear. Ashley's hunt for contraband creatures yields mixed results.

Will falls victim to the three women's growing powers, while Magnus seeks proof of their true identities via a former resident of the Sanctuary. Ashley's luck in her monster hunt begins to run out.

Magnus, Will and Bigfoot defend the Sanctuary against a deadly assault, while Ashley struggles to survive her encounter with a nearly unbeatable foe.

Der Polizei Psychologe Will Zimmerman (Robin Dunne) verdächtigt wider dem Spott seiner Kollegen einen Jungen, drei Morde begangen zu haben. Während er dieser Spur nachgeht, hat er mehrere seltsame Begegnungen mit Dr. Helen Magnus (Amanda Tapping). Sie und eine junge blonde Frau scheinen ihn von dem Jungen fern halten zu wollen. Zu seiner Überraschung redet Dr. Magnus ihm gut zu, seinen Instinkten wegen dem Jungen zu vertrauen und so nimmt die Geschichte ihren spannenden Lauf ...

Will Zimmerman (Robin Dunne) wird immer mehr in die mysteriöse Welt von Dr. Helen Magnus (Amanda Tapping) gezogen. Sie eröffnet ihm, was ihre Aufgabe ist. Nach einem Rundgang im geheimnisvollen "Sanctuary" macht sie ihm ein verlockendes Angebot. Dr. Magnus selbst wird von einer bedrohlichen Gestalt aus ihrer Vergangenheit verfolgt, die mit allen Mitteln versucht, in das "Sanctuary" einzudringen.

Dr. Helen Magnus (Amanda Tapping), Ashley (Emilie Ullerup), ihre Tochter und das neueste Mitglied von Sanctuary, Dr. Zimmerman (Robin Dunne) reisen In den schottischen Norden um der Legende eines Lebenselixiers nach zu gehen. Anders als erhofft, finden sie drei bewusstlose und schwer bewachte Frauen in einer Gruft. Diese sollen zurück in das Quartier der Sanctuary für Studien gebracht werden.

Während das Sanctuary Team einer Reihe von Einbrüchen auf den Grund geht, trifft es auf eine Gruppe Diebe, die, so hat es den Anschein, eine seltsame Fähigkeit besitzen. Mithilfe dieser Fähigkeit ist es ihnen möglich wortwörtlich zwischen die Gesetzeslücken zu schlüpfen. Bald stellt sich heraus, dass die Überfälle nur ein Mittel zum Zweck sind ...

Nachdem das Team von Dr. Helen Magnus (Amanda Tapping) einen Yeti gefangen hat, stürzt das Flugzeug im Hindu Kush Gebirge ab. Der Käfig des Wesens ist offen und sein verbleib unbekannt. An Rettung ist nicht zu denken, da ein schwerer Sturm die Region überzieht. Zu allem Übel sterben nun auch noch die Überlebenden auf mysteriöse Weise.

Der Wissenschaftskollege Erik benachrichtigt Dr. Magnus über einen erstaunlichen Fund. Als das Sanctuary Team an Bord des Forschungsschiffes ankommt, machen sie eine blutige Entdeckung - es gibt keine Überlebenden! Das Team nimmt zwei neue Spezies von dort mit. Ein sehr aggressive Exemplar und ein Dutzend scheinbar harmlose Kleintiere.

Als Dr. Magnus (Amanda Tapping) in Rom einen alten Bekannten trifft, erzählt ihr dieser von den Racheplänen des Cabal. Dieser will Vergeltung für die 'Fata Morgana' Ereignisse. Bald stellt sich aber heraus, dass die Loyalität zu ihr nicht mehr dieselbe ist wie einst, als beide einer Gruppe namens 'Die Fünf' angehörten. Die Mitglieder dieser Gruppe verband jahrelang ein wohl gehütetes Geheimnis.

Ein alte Kollege von Will, Detectiv Kavanagh bittet in einem Selbstmordfall um Hilfe. Edward, ein autistischer Junge, scheint darin verwickelt zu sein. Wie herauskommt, hat er eine ungewöhnliche Gabe: Er kann Bilder photographisch aus seinem Gedächtnis in enormer Geschwindigkeit nachzeichnen. Doch die meisten Bilder zeigen grausame Gestalten, die der Junge unmöglich gesehen haben kann.

Dr. Magnus (Amanda Tipping) und Will (Robin Dunne) brechen in Richtung Bermuda-Dreieck auf, weil ihre Sanctuary Bewohnerin "Sally" von dort bedrohlich klingendes Stimmenwirrwarr telepathisch empfangen hat. Bei ihrer Ankunft entdecken sie zunächst nichts und wollen schon aufgeben. In einem letzten Versuch stoßen sie auf den Grund der vielen Stimmen, sind aber zu spät.

Als Danny, ein alter Freund von Will verschwindet, bittet ihn dessen Frau um Hilfe. Zusammen mit Helen und Ashley, gehen sie den Hinweisen nach. Die Spur führt in eine leer stehende Fabrik. Indizien sprechen dafür, dass dort kämpfe stattgefunden haben. Der einzig mögliche Zeuge ist ein alter "Bekannter" von Helen aber leider sehr unkooperativ.

Verbissen nach ihrer ersten großen Exklusivstory suchend, betreten Amy Saunders und ihr Kameramann Zach Spencer ein zuvor evakuiertes Gebäude. Kurz zuvor wurden darin drei Menschen brutal von einer seltsamen Kreatur zugrunde gerichtet. Die Polizei im Rücken, betritt das Duo das Gebäude in der Absicht, den Täter aufzuspüren. Doch als sie die Kreatur finden, wird ihnen bewusst, dass sie diesem mächtigen Wesen schutzlos ausgeliefert sind.

Dr. Magnus ihr Team müssen sich mit der Möglichkeit eines internationalen biologischen Kriegs auseinandersetzen, als ein Virus die Abnormalen infiziert und diese Menschen angreifen lässt. John Druitt kehrt zum Sanctuary Team zurück und erkennt die Brisanz der Situation. Er vermutet die Cabel hinter diesem Ereignis. Der Anführer des Sanctuary Teams aus dem Vereinten Königreich, Sir James Watson, kontaktiert Helen und bestätigt John's Vermutung mit der Aufforderung, schnell zu handeln.

Ashley und Henry werden von den Cabal gefangen genommen nachdem sie in deren Waffenfabrik eingebrochen sind. Während ihrer Gefangenschaft erfährt Ashley von Dana Whitcomb, dass der Plan, den Virus zu verbreiten weiterhin durchgezogen werde. Henry wird unterdessen in einem anderen Teil des Gebäudes gefangen gehalten. Die Cabal wollen ihn mittels Chemikalien in seinen abnormalen Zustand transformieren und ihn auf ewig so zu belassen.

Auf ihrer Suche nach Ashley (Emilie Ullerup), begegnen Dr. Helen Magnus (Amanda Tapping), Will (Robin Dunne), Druitt (Christopher Heyerdahl) und Tesla der Hochstaplerin Kate Freelander. Die hat Verbindungen zu den Cabal, die einen katastrophalen Plan gegen das Sanctuary-Netzwerk schmieden. Und Ashley spielt eine verheerende Rolle darin.

Auf ihrer Suche nach Ashley (Emilie Ullerup), begegnen Dr. Helen Magnus (Amanda Tapping), Will (Robin Dunne), Druitt (Christopher Heyerdahl) und Tesla der Hochstaplerin Kate Freelander. Die hat Verbindungen zu den Cabal, die einen katastrophalen Plan gegen das Sanctuary-Netzwerk schmieden. Und Ashley spielt eine verheerende Rolle darin.

Dr. Helen Magnus (Amanda Tapping) kann sich mit der Zerstörung der vielen Sanctuary-Unterkünfte einfach nicht abfinden. Das Team versucht unterdessen, wieder in den normalen Alltag zu finden. Und die Zeit drängt, denn hunderte freie Abnormale suchen Unterschlupf in Dr. Magnus Sanctuary-Zentrale.

Dr. Helen Magnus (Amanda Tapping) ist auf der Suche nach einem außergewöhnlichen 'Superhelden', der in der Stadt die Kriminalität bekämpft. Doch dessen gute Taten stören die Arbeit von Sanctuary und gefährden überall unabsichtlich die Leben von Unschuldigen.

Als Dr. Helen Magnus (Amanda Tapping) aufwacht, findet sie die Sanctuary-Zentrale zerstört vor. Außerdem ist nahezu jeder in der Stadt in der betreffenden Zeit einem Blackout erlegen.

Bei dem brutalen Angriff einer anscheinend gutmütigen Kreatur wurde ein Wissenschaftler des Sanctuary Teams schwer verletzt. Dr. Helen Magnus (Amanda Tapping) kämpft um sein Leben. Doch die Verwirrung ist groß: Wie konnte es dazu kommen, dass ein sonst zahmes Wesen so gewalttätig werden konnte?

Bigfoot wird erschossen in einer kleinen Seitenstraße aufgefunden und alle Anzeichen deuten darauf hin, dass er von Helen Magnus erschossen wurde. Will und Henry wollen dies natürlich nicht glauben und unternehmen jede Anstrengung um Helens Unschuld zu beweisen. Declan hat unterdessen angeordnet, dass sich eine Gruppe von telepathischen Ermittlern um die Angelegenheit kümmern soll, während weitere Beweise auftauchen, die andeuten, dass Helen eine lange fortschreitende Gehirnerkrankung vor ihren Mitarbeitern verheimlicht hatte. Kurz darauf gelingt es Helen, Will zu überwältigen und zu fliehen, doch dieser glaubt immernoch daran, dass Helen Opfer einer großen Verschwörung wurde.

Dr. Helen Magnus (Amanda Tapping) und Will (Robin Dunne) müssen ihren Helicopter in einem verlassenen Erdölbohrloch im Golf von Mexiko notlanden. Doch sie sind nicht allein. Eine wütende Meereskreatur hat nicht vor, die beiden entkommen zu lassen.

Dr. Helen Magnus (Amanda Tapping) trifft auf ihren alten Freund Jimmy, der dabei hilft, einen speziellen Abnormalen zurück zur Sanctuary Zentrale zu bringen. Doch die wertvolle 'Ware' weckt die Aufmerksamkeit einer gefährlichen Horde. Gemeinsam mit Kate muss sich Jimmy verstecken.

Immer öfter verschwinden Teenager auf unerklärlicher Weise. Dr. Helen Magnus (Amanda Tapping) und Will (Robin Dunne) gehen der Sache nach. Die Spuren führen sie zu einer ungewöhnlichen Rehabilitationsklinik in Mexiko. Den Leiter kennt Dr. Magnus nur zu gut - er ist ein uralter Bekannter mit tödlicher Absicht...

Die Passagiere und die Crew eines sinkenden Schiffs vor der Küste Südafrikas werden vom Sanctuary-Team um Dr. Magnus (Amanda Tapping) gerettet und zurück in die Zentrale zur medizinischen Behandlung gebracht. Als jedoch einer der friedlichen Flüchtlinge brutal ermordet wird, verdächtigen alle Druitt (Christopher Heyerdahl).

Nachdem das Sanctuary-Team wichtige Informationen aus der Tokyo-Zentrale empfangen hat, stellen Dr. Magnus (Amanda Tapping) und ihre Mannschaft Nachforschung an, die weltweite Konsequenzen haben könnte. Dr. Magnus, Will (Robin Dunne) und Kate reisen nach Mumbai, um einem Mord und seiner Verbindung zum Kult von Kali nachzugehen. Dessen Anhänger können angeblich zukünftige Katastrophen vorhersagen. Als jedoch Will krank wird und verschwindet, ahnt Helen, dass sie es mit etwas sehr Mächtigem zu tun haben.

Dr. Helen Magnus (Amanda Tapping) beginnt, die erschreckenden Details um Wills (Robin Dunne) Visionen von den Kalis, seine Erkrankung und seine Verbindung zum Mächtigsten der Abnormalen auf der Erde zusammenzusetzen.

Gegen den Willen von Dr. Magnus (Amanda Tapping) setzt Terrence Wexford (Paul McGillion) noch immer alles daran, die Kreatur ‚Big Bertha‘ zu töten. Zu allem Überfluss bedrohen Kalis (Sahar Biniaz) riesige Tsunamis Indiens Küste. Um sie aufzuhalten, geht Will (Robin Dunne) mit Kali eine geistige Verbindung ein und begibt sich dadurch in Lebensgefahr.

Seit seinem Treffen mit Kali (Sahar Biniaz), das für Will (Robin Dunne) beinahe tödlich endete, leidet dieser an den Folgen einer Amnesie. Auch Blackouts und mysteriöse Visionen machen ihm zu schaffen. Plötzlich trifft er auf Unbekannte, die aus irgendeinem Grund seine Gedanken stehlen wollen. Doch niemand glaubt ihm. Währenddessen muss sich Dr. Magnus (Amanda Tapping) für ihren letzten Einsatz vor dem ‚Komitee‘ verantworten.

Dr. Magnus (Amanda Tapping), Will (Robin Dunne) und Kate (Agam Darshi) wollen routinemäßig ein Abnormal-Ei aus einem Bankschließfach holen. Im Tresorraum muss Dr. Magnus feststellen, dass der Abnormal bereits geschlüpft ist und einen menschlichen Wirt gefunden hat, der sich wohl noch in der Bank befindet. Nicht nur ist der Wirt dem Tod geweiht, sondern auch jeder in Lebensgefahr, der sich ihm in den Weg stellt. Um die Situation unter Kontrolle zu bringen, ist Kates kriminelles Können gefragt.

Will (Robin Dunne) und Bigfoot (Christopher Heyerdahl) finden ein geheimes Kommunikationsgerät aus dem zweiten Weltkrieg mit einem Notruf von Nikola Tesla (Jonathon Young). Der steckt in Kolumbien in Schwierigkeiten. Dr. Magnus (Amanda Tapping) macht sich gemeinsam mit ihrem Team auf die Suche nach ihm. Währenddessen erfährt Will, dass ein Freund ermordet wurde.

Alarm im Sanctuary! Eine unbekannte biologische Gefahr bedroht das Gebäude. Dr. Magnus (Amanda Tapping) ordnet die hermetische Schließung an. Will (Robin Dunne) und Kate (Agam Darshi) sollen einige Abnormals zu einem Auffanglager bringen. Plötzlich wird ihr Transport von bewaffneten Männern überfallen. Da wird Kate von einem Abnormal infiziert und entwickelt Superkräfte – mit lebensgefährlichen Nebenwirkungen.

Gerüchte über angebliche Werwolfssichtungen veranlassen Henry (Ryan Robbins) und Will (Robin Dunne) nach England zu reisen. Undercover starten sie in einer Psychiatrie ihre Ermittlungen. Henrys Werwolf-Gen erweist sich dabei als äußerst nützlich. Währenddessen wollen Dr. Magnus (Amanda Tapping) und Nikola Tesla (Jonathon Young) das Geheimnis um die holographische Stadt von Gregory Magnus (Jim Byrnes) lüften.

Ein anonymer Anruf lockt Dr. Magnus (Amanda Tapping), Will (Robin Dunne) und Kate (Agam Darshi) zu einem verlassenen Lagerhaus, wo angeblich ein Abnormal gesichtet wurde. Doch als Dr. Magnus das Lagerhaus betritt, läuft sie direkt in eine Falle. Adam Worth (Ian Tracey), ein alter Bekannter mit der Fähigkeit die Zeit einzufrieren, will sich an ihr rächen. Es kommt zu einem Kampf auf Leben und Tod.

Adam Worth (Ian Tracey) wird im Sanctuary inhaftiert. Währenddessen reist Helen Magnus (Amanda Tapping) nach Kambodscha, um dort John Druitt (Christopher Heyerdahl) aufzusuchen, der eine besondere Verbindung mit Adam zu haben scheint. Da erfährt Will (Robin Dunne), dass Helen und Adam tödlich vergiftet sind. Die einzige Chance auf Heilung ist die vom Sanctuary-Team neu entdeckte, geheimnisvolle Hohlerde. Ein Wettlauf gegen die Zeit beginnt.

Aufgrund Helens (Amanda Tapping) Gesundheitszustand, übernimmt Will (Robin Dunne) das Kommando über das Sanctuary. Gegen ihren Willen zeigt Will dem ebenfalls erkrankten Adam (Ian Tracey) die Pläne der Stadt von Gregory Magnus. Mit seiner Hilfe hofft Will den Zugang zur Hohlwelt und das dort aufbewahrte Heilmittel zu finden. John Druitt (Christopher Heyerdahl) und Helen machen sich unterdessen auf die Suche nach einem wichtigen Artefakt.

Die Suche nach der geheimnisvollen unterirdischen Stadt ihres Vaters führt Dr. Magnus (Amanda Tapping), Nikola Tesla (Jonathon Young) und John Druitt (Christopher Heyerdahl) bis nach Tibet. Als sie den Eingang der Stadt in den schneebedeckten Bergen finden, wissen sie noch nicht, welch tödliche Fallen auf sie warten. Währenddessen bangt der im Sanctuary zurückgelassene Adam (Ian Tracey) um sein Leben.

Dr. Magnus (Amanda Tapping) setzt ihren aussichtslos scheinenden Kampf gegen die Tyrannin von Praxis, Ranna Seneschal (Polly Walker), fort. Doch Ranna schmiedet ihren eigenen Plan, denn mysteriöse Erdbeben drohen ihre Stadt in der Hohlerde zu zerstören. Um diese zu stoppen, sucht Ranna nach einem Weg, um an das geheime Wissen von Adam (Ian Tracey) heranzukommen. Unterdessen trifft John Druitt (Christopher Heyerdahl) auf mörderische Kannibalen-Kreaturen.

Als Dr. Magnus (Amanda Tapping) von einem Kurzurlaub zurückkommt, traut sie ihren Augen nicht: Alle Abnormals sind verschwunden, das Sanctuary befindet sich in einem desolaten Zustand. Und das wenige Stunden vor einer UN-Sicherheitsinspektion. Die Situation wird immer mysteriöser, als Helen Magnus den verletzten Henry (Ryan Robbins) findet. Der kann sich nämlich an nichts mehr erinnern.

Will (Robin Dunne) will mit Abby (Pascale Hutton) einen romantischen Abend verbringen. Auf dem Weg ins Restaurant werden die beiden von Unbekannten entführt. Sie sollen ihnen dabei helfen, einen Bandenanführer vor dem sicheren Tod zu retten. Als Dr. Magnus (Amanda Tapping) die Identität der Entführer herausfindet, stoppt sie für Will und Abby plötzlich alle Rettungsversuche.

Will (Robin Dunne) kann es nicht glauben! Eine seltsame Veränderung geht mit seinem Körper vor sich und es scheint, als würde er sich in eine Echse verwandeln. Das Sanctuary-Team versucht verzweifelt die Verwandlung zu stoppen. Ohne Erfolg. Hilfesuchend wendet sich Dr. Magnus (Amanda Tapping) schließlich an Ranna Seneschal (Polly Walker) in der Hohlwelt. Doch auch sie kennt kein Heilmittel, das Will helfen könnte.

Will (Robin Dunne) und Henry (Ryan Robbins) wollen mit ihren Freundinnen einen netten Abend verbringen. Dr. Magnus (Amanda Tapping) bittet sie davor einen Abnormal am Hafen abzuliefern. Widerwillig nehmen die beiden den Auftrag an. Plötzlich flieht der Abnormal und an einen ruhigen Abend ist nicht mehr zu denken.

Bei der Untersuchung einer Burg der Praxianer, die die Hohlerde gegründet haben, stoßen Dr. Magnus (Amanda Tapping) und Nikola Tesla (Jonathon Young) plötzlich auf Vampirkönigin Afina (Aliyah O’Brien) und ihr Gefolge. Da wird Nikola Tesla durch eine Falle tödlich verwundet.

Dr. Magnus (Amanda Tapping) erinnert sich an die Ereignisse des Zweiten Weltkriegs und an den D-Day, den sie hautnah miterlebt hat. Damals erfand James Watson (Peter Wingfield) eine Maschine, mit der man das Wetter kontrollieren kann. Die Pläne fielen den Nazis in die Hände. Gemeinsam mit Watson und Griffin (Vincent Gale) sollte Helen den Prototyp der Nazis zerstören.

Das Verschwinden eines Kollegen in Carentan nahe der Normandie, ruft das Sanctuary-Team auf den Plan. Von den Einheimischen hören sie von mysteriösen Vorkommnissen in dieser Gegend. Als Dr. Magnus (Amanda Tapping) gemeinsam mit ihren Kollegen der Sache nachgehen will, werden sie vom Militär am Zugang nach Carentan behindert.

Will (Robin Dunne) und Dr. Magnus (Amanda Tapping) erwachen eines morgens in einer Traumwelt. Sie sind Nachbarn und leben ein völlig anderes Leben. Dr. Magnus befindet sich mitten in der Scheidung von John (Christopher Heyerdahl), der in dieser Welt Anwalt ist, und Will ist mit der schwangeren Abby (Pascale Hutton) verheiratet. Beide wissen, dass etwas ganz und gar nicht stimmt. Doch können sie der Traumwelt entfliehen?

In South Dakota wird eine große Gruppe Abnormals gesichtet. Das Sanctuary-Team wird alarmiert. Doch das ruft auch eine private Sicherheitsfirma auf den Plan, die alles daran setzt, das Sanctuary-Projekt an sich zu reißen. Auch die UN macht Dr. Magnus (Amanda Tapping) das Leben schwer. Als Dr. Magnus erfährt, dass es sich um Abnormals handelt, die aus der Hohlerde fliehen, reist sie nach Praxis um der Sache auf den Grund zu gehen.

Mit Hilfe einer selbst gebauten Zeitmaschine reist Adam Worth (Ian Tracey) in das Jahr 1898, um seine Tochter Imogen zu retten. Dr. Magnus (Amanda Tapping) ist ihm bereits dicht auf den Fersen, um ihn davon abzuhalten. Geht sein Plan auf, würde er die Zeitlinie verändern und damit die ganze Zukunft in Gefahr bringen. Erschwert wird die Zeitreise aber nicht nur, da Helen im London der 1890er ihrem vergangenen Ich aus dem Weg gehen muss, sondern auch dadurch, dass sie auf alte Bekannte trifft.

Während Dr. Magnus (Amanda Tapping) immer noch im Jahr 1898 festsitzt, spitzt sich die Lage in der Gegenwart dramatisch zu: Immer mehr Abnorme entkommen aus Hallow Earth. Will (Robin Dunne) übernimmt Magnus’ Position in ihrer Abwesenheit als Anführer des Teams, welches alle Hände voll damit zu tun hat, den drohenden Krieg zwischen Menschen und Abnormen zu verhindern. Denn wie erwartet antwortet die Regierung auf die Aufstände mit roher Gewalt.

Das Sanctuary-Team bekommt unerfreulichen Besuch: Dr. Magnus (Amanda Tapping) und ihre Kollegen müssen sich aufgrund der Abnormen-Aufstände vor einer Spezialeinheit des UN-Sicherheitsrates verantworten. Dessen Anführer Greg Addison (Brian Markinson) – ein echtes Ekelpaket – droht, dem Sanctuary den Geldhahn zuzudrehen. Unterdessen steht Erika (Pauline Egan) plötzlich vor Henrys (Ryan Robbins) Tür – mit einer freudigen Botschaft.

Um sich mit einem potenziellen neuen Finanzberater zu treffen, reist Dr. Magnus (Amanda Tapping) auf eine afrikanische Insel. Kaum angekommen, wird sie noch am Flughafen in eine Geiselnahme verwickelt. Magnus verbündet sich schnell mit einer anderen Geisel, um sich aus den Händen der Kriminellen zu befreien. Als die Wissenschaftlerin ihr jedoch anvertraut, dass sie ein tödliches Virus bei sich führt, wird klar, dass die ganze Insel in Gefahr schwebt. Unterdessen suchen Will (Robin Dunne) und Henry (Ryan Robbins) in den Tunneln des Sanctuary nach einem ausgebrochenen Steno.

Dr. Magnus (Amanda Tapping) und Henry (Ryan Robbins) wollen eine geheime Abnormen-Teststation infiltrieren und stehen plötzlich einem alten Bekannten gegenüber: Tesla (Jonathon Young). Dieser hat aber ganz andere Sorgen. Ein Wesen, welches aus dem Nichts aufzutauchen scheint, fordert Todesopfer. Helen, Henry und Tesla müssen nun zusammenarbeiten, um herauszufinden, was hinter diesem Abnormen steckt.

Während Dr. Magnus (Amanda Tapping) sich mit zwei geflügelten Abnormen auseinandersetzen muss, die ihr verschiedene Geschichten auftischen, weshalb sie Geld und Diamanten benötigen, ist Will (Robin Dunne) in Monrovia. Dort erblindet er inmitten eines Aufstandes temporär, während ihn regelmäßige Flashbacks aus der Zeit, als er noch ein Kind war, überkommen. Dadurch klären sich für ihn einige Dinge und er sieht das Verhältnis zu seinem Vater in einem komplett anderen Licht.

Das Sanctuary-Team eilt zu einem schiffbrüchigen Eisbrecher, der Abnorme an Board hatte. Bei der Ankunft zeigt sich jedoch, dass die Crew mitsamt Abnormen getötet wurde. Auf dem Schiff entdeckt das Team mysteriöse Eisblöcke, die eine unbekannte Abnormen-Lebensform enthalten. Eine Untersuchung ergibt, dass es sich bei den Kreaturen im Eis um die Magoi handelt – jene tödliche Gestaltenwandler, die Menschen manipulieren können und die Dr. Magnus (Amanda Tapping) und Will (Robin Dunne) einmal schon beinah das Leben gekostet hätten. Erneut beginnt ein Kampf um die Kontrolle ihres Bewusstseins.

Nachdem Abby (Pascale Hutton) mit dem Virus eines unbekannten Abnormen infiziert wurde, verwandelt sie sich unkontrolliert in verschiedene Monster. Dr. Helen Magnus (Amanda Tapping) kann die Transformationen nicht stoppen und schickt ihr Team los, um nach einem Heilmittel zu suchen. In der Hoffnung, mit Abby sprechen zu können, reduziert Dr. Magnus ihre Medikamentenzufuhr. Abby erwacht und beginnt plötzlich zu singen! Durch eine Veränderung ihrer DNA kann sie nicht mehr normal kommunizieren und so müssen auch Helen und Will Robin (Dunne) singen, damit Abby sie versteht.

Ein Virus im Computersystem des Sanctuary sorgt für Chaos. Dr. Helen Magnus (Amanda Tapping) und Tesla (Jonathon Young) klinken sich in das System ein, um das gefährliche Virus zu isolieren, das nicht nur das Sanctuary, sondern weltweit alle Computersysteme lahmlegen könnte. In einer virtuellen Realität treffen sie auf einen Avatar, der wie Adam Worth (Ian Tracey) aussieht, aber keinerlei Erinnerung an seine Vergangenheit hat. Als dieser digitale Adam seine Erinnerung jedoch erlangt, ist er fest entschlossen, die reale Welt zu betreten – ohne Rücksicht auf Verluste.

Kate (Agam Darshi) meldet sich mit einer fatalen Botschaft aus Hohlerde: Eine Gruppe radikaler Abnormer plant einen Terroranschlag an der Erdoberfläche. Dr. Helen Magnus (Amanda Tapping) schickt Will (Robin Dunne) sofort zu Kates Unterstützung, um mehr über den Aufstand herauszufinden. Offenbar wurden wichtige Informationen innerhalb des Sanctuary an die Rebellen weitergegeben. Zu Magnus Unglauben will Greg Addison (Brian Markinson) vom NSA Beweise dafür haben, dass Biggie (Christopher Heyerdahl) der Anführer der Gruppe ist.

Das Sanctuary-Team kommt dem neuesten Fund des SCIU auf die Schliche: In Bolivien wurde eine sagenumwobene Wasserschlange gefunden, deren Gift ungeahnte Kräfte besitzen soll. Sofort machen sich Dr. Magnus (Amanda Tapping) und Will (Robin Dunne) auf den Weg zum Fundort, wo das tödliche Biest gerade abtransportiert wird. Innerhalb von Sekunden kann es sich befreien und tötet die meisten SCIU Mitarbeiter. Auch Magnus und Will werden verletzt und mit dem Gift der Schlange in einer Höhle gefangen, wo sie um ihr Überleben kämpfen.

Dr. Magnus (Amanda Tapping) wird beauftragt, ein Friedensabkommen zwischen Caleb (Gil Bellows), dem Rebellenanführer der Abnormen aus Hohlerde, und den weltlichen Regierungen auszuhandeln. Die Abnormen fordern das Einverständnis, auf der Erdoberfläche zu leben und eine eigene Stadt zu errichten. Die Regierung bereitet sich darauf vor, militärisch gegen sie vorzugehen. Abby (Pascale Hutton) holt Will (Robin Dunne) dafür wieder zurück in die eigenen Reihen – und entzweit damit das Sanctuary-Team im Endkampf.

Großes Serienfinale: Die SCIU umzingelt die neu gegründete Stadt der Abnormen mit einem tödlichen, elektrischen Zaun, um sie an der Flucht zu hindern. Und auch von der anderen Front droht Gefahr: Caleb (Gil Bellows), der Aufstandsanführer von Hohlerde, ist im Besitz eines Virus, das alle Menschen in Abnorme verwandeln kann. Von beiden Seiten in die Ecke getrieben beschließt Dr. Magnus (Amanda Tapping), ihren ultimativen Plan für das Sanctuary in die Tat umzusetzen – und macht einen Schachzug, mit dem niemand gerechnet hat.