Quand un sous-officier de la Navy est assassiné, Jane et l'équipe enquêtent tout en protégeant les amis et la famille de la victime.

Alors que Jesse profite d'une journée en mer avec sa fille Gracie, des pirates assiègent leur yacht, prenant tous les passagers en otage et attaquant Jesse, laissant la charge à son équipe de rapidement localiser et sauver sa fille.

Le capitaine Milius est de retour à Hawai'i pour une opération secrète d'échange de prisonniers, et embarque Jane avec lui pour assurer sa sécurité vers les Philippines, où l'échange doit avoir lieu.

Le capitaine Milius continue de travailler avec Tennant et son équipe après les retombées de l'échange de prisonniers entre les États-Unis et l'Europe de l'Est. Aussi, Whistler prend conseil auprès d'Ernie et fait un grand geste dans le but de reconquérir Lucy.

Un membre de la Navy est retrouvé mort sur un terrain sacré, dédié au dieu de la guerre, où le NCIS découvre cinq autres corps. L'équipe fait appel à l'agent spécial Neil Pike pour l'aider à arrêter un potentiel tueur en série sur l'île. Par ailleurs, Jane fait la connaissance de la nouvelle petite-amie de son fils Alex.

L'agent spécial Pike est pris en embuscade dans une fusillade alors qu'il travaillait sous couverture avec une famille criminelle japonaise locale. Le NCIS et le FBI vont enquêter et découvrir une guerre de clans. Par ailleurs, Kai doit accepter que son père fasse l’objet d’une enquête fédérale pour avoir accepté de l’argent sale de son ami d’enfance.

L'équipe doit retrouver les détenus évadés d'un avion de transports de prisonniers qui s'est écrasé. Jane Tennant et Sam Hanna sont aussi à la recherche d'un prisonnier russe.