Le souvenir de Yuito de son sauveur d'enfance revient. Pendant qu'ils ne sont pas en service, Yuito et Nagi rencontrent Naomi et Kasane. Quelque chose se prépare à Seiran, mais est-ce lié au programme de Karen ? Les pelotons Seto et Kyoka s'entraînent, puis se démènent pour intercepter les Autres.

Les machinations de Karen mènent à une bataille entre camarades jusqu'à ce qu'une nouvelle menace arrive, revendiquant tout autour d'elle. Yuito et sa compagnie pansent leurs blessures alors qu'ils découvrent les motivations de Karen. D'autres envahissent Suoh, et Kasane et sa compagnie se réveillent dans un endroit étrange.

Kasane et sa compagnie se réveillent face à une réalité choquante et à d'étranges rencontres. Kasane découvre le vide dans le ciel et un moyen de l'arrêter. Yuito et Kasane s'affrontent après qu'elle découvre ce qui se cache derrière la révolte de Karen. Kasane se rend à Seiran avec d'autres membres de l'OSF.