古田新太主演の学園エンターテインメント。新学期を迎えた豪林館学園高校2年3組に新しい担任教師が赴任する。始業式に現れたその教師は、ゲイで女装家の原田（古田）だった。教師らしからぬ言動でマイペースを貫く原田に、長井（松下奈緒）ら周囲の教師は困惑する。その後、最初のホームルームが始まる。

豪林館学園高校では、学力アップのための補習期間が始まる。原田（古田新太）は補習の立ち会いが義務と知ると「ブラック企業だ」と反発。そんな中、結衣（高橋ひかる）らが所属するチア部の顧問が産休に入り、原田に顧問代理の話が来る。手当が出ると聞き原田は依頼を受けるが、直後にけが人が出てしまう。

家庭の事情で登校していなかった光岡（阿久津仁愛）を校門で見掛けた里見（白石麻衣）は、教室へ連れてくる。光岡と初めて対面した担任の原田（古田新太）は、どんな生徒か気になっている様子。一方、明智（永瀬廉）と東条（道枝駿佑）はけんかをしたまま、仲直りすることができず、気まずい状況が続いていた。

2年生を対象とした職業体験で、原田（古田新太）は東条（道枝駿佑）、若林（長尾謙杜）らを連れて探偵事務所へ。原田らが任されたのは、所長・魚住（前野朋哉）の祖母からの依頼。彼女が食堂で食事している時、自分が食べきれない分を食べてくれた上に、その代金まで払ってくれた人を捜してほしいという。

校内でスマホを拾った若林（長尾謙杜）が職員室に届けに行くと、持ち主の女子生徒がいた。その出来事をきっかけに、若林は彼女のことが好きになってしまう。それを聞いた原田（古田新太）や東条（道枝駿佑）は、若林の恋の手助けをすることに。一同は、緊張しながら彼女に連絡先を聞きに行く若林を見守る。

原田（古田新太）がクラスに授業参観の案内を配ると、明智（永瀬廉）は浮かない表情に。その夜、明智は長い間会っていない父親と対面。二人の間に不穏な空気が流れる。一方、里見（白石麻衣）は親の命令でお見合い結婚をすることに。さらに、結婚後は仕事を辞めるように言われ、教職を諦めようと考えていた。

退学届を提出した明智（永瀬廉）だったが、学校側は保護者から話を聞かないと受理できないとして、退学は保留となっていた。明智のことを心配した長井（松下奈緒）は、明智の保護者に会いに向かう。一方、クラスでも明智の退学のことがうわさになり、東条（道枝駿佑）や若林（長尾謙杜）も気に掛けていた。

2年3組は文化祭の出し物が模擬店に決まり、原田（古田新太）の提案で男子生徒は女装、女子生徒は男装をすることに。女装をした光岡（阿久津仁愛）は、「かわいい」と褒められたことで、自分の中にあった“本当の気持ち”に気付く。一方、里見（白石麻衣）は、ひどく体調が悪い様子の原田を見て心配する。

原田（古田新太）が明智（永瀬廉）につかみかかっている映像がニュースになってしまい、原田は生徒への暴力を疑われる。捏造された映像を見た生徒たちは、原田の無実を証明しようと考えを巡らせる。一方、原田はしばらくの間謹慎することとなり、校長・寺尾（いとうせいこう）が責任を取り辞任する事態になる。

原田（古田新太）は、「他にやりたいことがある」と言い学校を辞める。生徒たちは引き止めることなく送り出したものの、原田のことを気に掛けていた。明智（永瀬廉）や若林（長尾謙杜）は、原田がやりたかった“卒業式”をしようとクラスに提案。そのことを伝えるために、東条（道枝駿佑）は原田のいる病院を訪れる。