Yun, Goro en hun robot Jet Jaguar stuiten op een Rodan, een vijandige pterosauriërachtige kaiju. Mei reist naar Tokio om een wereldberoemde onderzoeker te ontmoeten.
Mei ontdekt een mysterieuze code in het onderzoek van professor Ashihara. De Otaki-crew valt Anguirus aan als onderdeel van de vernietigingspogingen van de stad.
Na een groep Manda's komt er een reusachtige kaiju in Tokio aan land. De vlucht van Mei en professor Li richting Londen moet door rode stof afwijken naar Milaan.