Юн і Хаберу досліджують звуки, що лунають із порожнього маєтку, недалеко від якого вони знаходять джерело. Мей чує ту саму мелодію.

Юн, Ґоро та їхній робот Джет Ягуар зіткнулися з ворожим птерозавром-кайдзю на ім’я Родан. Мей вирушає до Токіо, щоб зустрітися зі всесвітньо відомим дослідником.

Легіон Родана прямує в Ніґашіо. Працівники фабрики Отакі намагаються виманити його з міста, але опиняються в пастці.

Юн і Хаберу думають, що Місакіоку може бути причетним до вторгнення Родана. Мей відвідує лекцію Лі в Дубаї, де професор розповідає про новий прототип.

Салунґа з’являється з глибин дослідницької станції Упала, оповитої червоним пилом. Юн бачить дивовижні здібності Анґіруса.

Мей знаходить дивний код у дослідженнях професора Асіхари. Працівники Отакі протистоять Анґірусу в рамках міського плану знищення кайдзю.

Після групи Манди в Токіо потрапляє велетенський кайдзю. Через червоний пил рейс Мей і професора Лі перенаправили з Лондону в Мілан.

Сухопутні війська під командуванням Мацубари реагують на напад Ґодзілли на Токіо. У Лондоні Мей намагається розшифрувати код Асіхари.

Ґодзілла наступає на Токіо, покриваючи місто червоним пилом. Екіпаж Отакі поспішає на порятунок людини, яку схопив кайздю, схожий на павука.

У маєтку Асіхари Юн і Хаберу намагаються розшифрувати код професора за допомогою Джет Ягуара. В Індії Ліна везе Мей на зустріч із Бібі.

Перш ніж піти до суперкалькулятора вимірів Бібі й Мей вирішують подивитися на Точку сингулярності. Команда Отакі вирушає в Токіо, щоб знищити Ґодзіллу.

Мей дізнається, що великий вибух був спричинений калькулятором Асіхари. Каноко дає Мацубарі ортогональний діагоналізатор для боротьби проти Ґодзілли.

Мей, Бібі й Пелопс II намагаються запобігти катастрофі, але Салунґа нападає на них. Тим часом команда Отакі робить свій останній хід у боротьбі з Ґодзіллою.