Dois anos passaram desde que a Seção 9 foi vigorosamente dissolvida pelo Umibozu.

Após a Terceira Guerra Mundial "nuclear" e a IV Guerra Mundial não-nuclear (também referida como a Segunda Guerra do Vietname), o Japão aprovou uma lei conhecida como a Política de Ação Especial para os Refugiados, convidando os refugiados de guerra de toda a Ásia a entrarem no Japão.

A investigação formal sobre Mr. Todoko produziu evidências de que ele pode ser o gerenciamento antigos ativos do Secretário-Geral Yakushima.

O maior exercício com fogo real já realizado pela Força de Auto-Defesa japonês está em andamento antes da planejada anúncio do primeiro-ministro da revogação da Política de Ação Especial para os Refugiados.

O primeiro-ministro Kayabuki renunciou formalmente a Política de Ação Especial para os Refugiados, um movimento que tem atraído muitas críticas de refugiados em todo o Japão.

O principal suspeito por trás de uma tentativa de chantagear o Ministério da Energia aparece morto na cidade Nihima. Presumivelmente foi vítima de um trágico acidente; No entanto, um exame mais aprofundado ao corpo evidência transforma-se em homicídio.

Aramaki é convocado para o escritório do primeiro-ministro depois de planos para enviar plutônio do distrito Uchikon 7 do Refugiado Distrito Shonjuku vazaram para os terroristas.

Cansado de ser manipulado por Gohda, Aramaki decide tomar a iniciativa e fazer sua própria investigação sobre o caso individual Eleven, ao mesmo tempo olhando para a Agência de Inteligência do Gabinete.

A fracassada tentativa de prender o ex-oficial da GSDA para interrogatório tem provado ser a palha que quebra o camelo para trás, como Major Kusanagi decide ir diretamente para o banco de dados da Agência de Inteligência do Gabinete para determinar o que Gohda é até sem todos os fios e adicionados strings.

Em seu caminho para casa do trabalho Togusa torna-se envolvido em uma disputa doméstica entre Yukadi Shisharow e seu namorado quando a senhora de repente tropeça na frente do carro de Togusa e grita por socorro.

Batou e Togusa estão testando oito potenciais novos recrutas para a Seção 9.

O Tachikomas localizar um portão discrição que só pode ser acessado através do sistema de satélite europeu. Depois de passar pelo portão, Boma recupera um arquivo suspeito que se acredita ser o vírus que infectou o Individual Eleven.

Aramaki convoca uma reunião para discutir os eventos que cercam o aparecimento súbito e o assassinato / suicídio dos membros dos onze individualistas.

Representantes do império americano chegaram no Japão para discutir um novo tratado de segurança e Seção 9 é um dos vários grupos atribuídas para proteger o prédio onde as conversações estão ocorrendo.

Frota Seção 9 de Tachikoma está em manutenção de rotina. Enquanto os técnicos de inspecionar a frota, os think tanks começar uma discussão filosófica sobre o caso individual Eleven e as implicações e os motivos por trás dele.

O Primeiro-Ministro convoca uma reunião de seu gabinete para discutir a situação dos refugiados.

Um paciente submetido a um procedimento médico de rotina inesperadamente dá uma guinada para o pior e a equipe médica montar um esforço frenético para salvá-lo.

Na ilha Dejima, a crise está se formando. Os refugiados se afastaram do Japão, em um esforço para criar uma região autónoma que pode chamar de seu.

Seção 9 reagrupa a partir da luta de fogo e o corpo de seu companheiro de equipe morto é retirado de helicóptero de Dejima.

Batou confronta Kuze em um esforço para impedi-lo de sair com o plutônio, mas Kuze prova ser uma luta melhor do que Batou e acaba incapacitando Batou da perna direita e braço esquerdo e colocando Batou fora da comissão.

Um dispositivo nuclear tático foi descoberto no Kyushu Telecom Tower na capital japonesa de Fukuoka e cerca de 35 milhões de cidadãos são posteriormente evacuados ao longo de um período de cinco dias para permitir a auto Exército de Defesa do-chão para difundir e remover o dispositivo com segurança.

O primeiro-ministro Kayabuki reúne-se com seu gabinete para discutir a Fukuoka incidente da bomba nuclear, mas o gabinete já decidiu enviar o exército para recuperar o plutônio restante supostamente escondido em Dejima Island.

O Secretário Principal do alivia formalmente o PM de suas funções ministeriais por sua decisão de recorrer à ONU para mediar a crise Dejima.

As unidades Tachikoma, através do uso de um satélite, ter visto um império americano submarino de mísseis balísticos transportar mísseis balísticos lançados por submarinos nucleares fora da costa de Okinawa.

O JMSDF solta com outra rodada de greves fogo de artilharia e mísseis navais como refugiados em Dejima tentativa de evacuar a ilha a bordo de balsas improvisadas e barcos.