Das Ministerium für Gesundheit, Arbeit und Soziales wurde gehackt und geheime Daten aus dessen Datenbank gestohlen. Sektion 9 untersucht den Fall und stellt fest, dass der Einbruch in das System in einer Einrichtung erfolgt ist, die Personen mit dem Cyberbrain-Blockade-Syndrom hilft. Togusa ermittelt undercover und stellt fest, dass sich die Leiter der Einrichtung verdächtig verhalten.

Aramaki wurde gegen Kaution freigelassen und trifft sich mit dem Justizminister. Er erklärt die Lage und bittet um Hilfe, um die Sicherheit seiner Teammitglieder zu gewähren. Doch der Justizminister sieht sich nicht in der Lage, mehr zu tun, als Yakushima zu verfolgen. Andernorts geraten Saito und Ishikawa in verschiedene Fallen der Umibozu-Teams.

Zwei Jahre sind vergangen, seitdem Sektion 9 mit Gewalt von den Umibozu aufgelöst wurde. In der Zwischenzeit haben sich Mitglieder von Sektion 9 neu organisiert, ihre Stützpunkte wiederaufgebaut und ihre alte Rolle als Spezialeinheit zur Bekämpfung des Cyberkriegs übernommen. Doch das Team ist wie in einem Machtvakuum gefangen, denn obwohl die Gruppe neuformiert wurde, operiert sie ohne Zustimmung der japanischen Regierung, da diese auf das „Gesetz zur Beschränkung von Sondereinheiten“ zurückgriff.

Ein förmliches Prüfverfahren von Tadokoro ergibt, dass er möglicherweise Schwarzgelder des ehemaligen Generalsekretärs Yakushima verwaltet. Dies veranlasst die Regierung, ihre eigenen Ermittlungen zu den Anschuldigungen anzustellen. Aber es gibt zwei Probleme: Tadokoros Tresor ist hochmodern. Nur er hat Zugriff auf das Vermögen im Tresor. Eine weitere, unmittelbarere Sorge ist der Plan des Hackerdiebs „Cash Eye“, während einer exklusiven High Society-Party in den Tresor einzudringen.

Der Hauptverdächtige hinter einem Erpressungsversuch des Energieministers wird tot in der Stadt Nihima aufgefunden. Zunächst glaubt man, er sei Opfer eines tragischen Unfalls. Eine genauere Untersuchung der Leiche ergibt jedoch, dass es sich um Mord handelt. Togusa geht dem Todesfall des Verdächtigen weiter nach und stößt auf „fotografische Beweise“, die der Mann gegen den Energieminister hatte nutzen wollen. Unglücklicherweise muss Togusa feststellen, dass der Film Licht ausgesetzt und dadurch völlig schwarz wurde.

Die Tachikomas machen ein verborgenes Tor ausfindig, auf das man nur durch das europäische Satellitensystem Zugriff hat. Nachdem Boma durchs Tor gelangt ist, entdeckt er eine verdächtige Datei, die er für den Virus hält, von dem die „Unabhängigen Elf“ befallen sind. Ishikawa und Boma versuchen herauszufinden, wie der Virus in der Datei auf seine Opfer wirkt, indem sie die externen Erinnerungen eines infizierten Mitglieds der „Unabhängigen Elf“ nutzen.

Die Premierministerin beruft eine Versammlung ihres Kabinetts ein, um die Flüchtlingssituation zu diskutieren. Während der Versammlung versuchen mehrere Kabinettsmitglieder, ihre Verantwortung für das Problem von sich zu weisen. Hohe Militärs und lokale Exekutivorgane äußern jedoch ihre Sorge über den plötzlichen Flüchtlingszustrom zur Insel Dejima. Während einer Pause trifft sich die Premierministerin mit Aramaki und Kusanagi, die sie vor der Existenz von Cybergehirnzentralen warnen.

Auf der Insel Dejima braut sich eine Krise zusammen. Die Flüchtlinge haben sich von Japan distanziert und wollen eine autonome Region schaffen, in der sie selbst verfügen können. Der Kabinettgeheimdienst nutzt die Situation aus, um Separatismus zu schüren. Da Dejima nun durch Polizisten in Schutzausrüstung abgeriegelt ist, beschließt Sektion 9 einen chirurgischen Schlag gegen die militanten Flüchtlinge durchzuführen, bei dem Kuze festgenommen werden soll.

Eine schmutzige Nuklearbombe wird im Kyushu-Funkturm der japanischen Hauptstadt Fukuoka gefunden. Daraufhin werden 35 Millionen Einwohner über einen Zeitraum von 5 Tagen evakuiert, damit die Bodenselbstverteidigungsstreitkräfte die Bombe sicher entschärfen und entfernen können. Militante Flüchtlinge sollen hinter dem Anschlagsversuch stecken. Aber Sektion 9 ist anderer Meinung. Mit Erlaubnis der Premierministerin betreten sie die Sperrzone, um die Bombe als er unter die Lupe nehmen zu können.

Wegen ihrer Entscheidung, die UN als Vermittler in der Dejimakrise hinzuzuziehen, enthebt der Kabinettssekretär die Premierministerin offiziell ihres Amtes. Zusammen mit Aramaki, Proto und Togusa wird die Premierministerin in einen verlassenen Raum des Gebäudes gebracht und unter Arrest gestellt. Obwohl Premierministerin und ihre Sektion 9-Eskorten getrennt werden, geben sie sich nicht geschlagen.