La Section 9 s'interpose lors une prise d'otages à priori banale, mais aux revendications très floues. Les agresseurs sont des robots geishas et la victime n'est autre que le ministre des Affaires étrangères. Mais derrière cette action terroriste se cache peut-être un danger plus important encore. Le Major Motoko Kusanagi et ses partenaires décident de tirer cette affaire au clair.

Le suspect Nanao est assassiné. De nombreuses personnes présentes au rassemblement tentent à tour de rôle d'assassiner le général. Toutes ces personnes ne semblent avoir aucun lien entre elles. La Section 9 soupçonnait le virus de Nanao de les avoir infectées, mais une investigation plus poussée n'en montre aucune preuve.

Le Ministère de la santé ayant été piraté, Togusa envoyé dans un centre hospitalier qui s'occupe d'enfants atteints de problèmes au cybercerveau. C'est dans ce centre que la Section 9 a retracé l'origine de l'attaque.

Une jeune fille a reçu un cyber-cerveau d'une nouvelle technologie. Elle est kidnappée. Cependant une caméra repère une fille qui lui ressemble des dizaines d'années plus tard. La Section 9 est chargée de la retrouvée, car l'ADN semble correspondre, même si son apparence n'a pas du tout changé malgré le temps passé.

Alors que le Chef Aramaki tente de négocier la survie de ses hommes, les membres de son équipe sont capturés les uns après les autres. 3 des Tachikoma restants décident de se réunir et de sauver Batou, après avoir pris connaissance de l'attaque de la Section 9 aux infos. Le Major reçoit une balle de sniper alors qu'elle s'apprête à monter dans un avion.

Les membres de la section 9 doivent faire face à une prise d'otages dans l'ambassade chinoise. Ils doivent neutraliser les terroristes sans faire la moindre victime côté otage, condition à la réhabilitation de la section 9.

Ishikawa et Borma fouillent la mémoire de Kawashima à la recherche de pistes sur les onze individuels alors que Kusanagi part à la poursuite de Kuze qui a tenté d'assassiner le premier ministre et qui vient d'être localisé.

Alors que les réfugiés asiatiques de Dejima déclarent leur indépendance, la section 9 se rend sur l'île pour tenter de capturer Kuze qui devrait s'y trouver.

La section 9 se dirige vers Spring 8 pour y amener le Plutonium. Pendant ce temps, la loi martiale est décrétée et l'armée se déploie autour de l'île de Dejima. Le major décide de changer de plan et d'amener une partie du Plutonium sur Dejima.

Un missile nucléaire est lancé du sous-marin, les Tachikomas vont essayer de l'arrêter. Kusanagi et Kuze se retrouvent coincés sous des décombres.