La Section 9 s'interpose lors une prise d'otages à priori banale, mais aux revendications très floues. Les agresseurs sont des robots geishas et la victime n'est autre que le ministre des Affaires étrangères. Mais derrière cette action terroriste se cache peut-être un danger plus important encore. Le Major Motoko Kusanagi et ses partenaires décident de tirer cette affaire au clair.

Togusa, membre de la Section 9, reçoit un appel d'un vieil ami policier travaillant sur l'affaire du Rieur. Il est tué sur la route peu après l'appel téléphonique. Obtenant des photos de la veuve aux obsèques, Togusa poursuit son investigation. On lui révèle que les photos ont bien été prises par un programme intercepteur, qui ne nécessite aucune caméra et permet de voir ce que voit la personne visée. L'équipe travaillant sur l'affaire du Rieur avait pour projet d'utiliser l'intercepteur sur leur principal suspect.

Le Major Kusanagi va sur le net en utilisant un avatar. Elle rejoint un groupe qui discute des agissements du Rieur. Au bout d'un moment, le Major ainsi qu'un des participants à la conversation sont éjectés du chat. Elle aperçoit l'avatar du Rieur avant d'être déconnectée.

Des données auraient été volées sur une base navale. Un ancien boxeur devenu instructeur est soupçonné d'espionnage. Batou est envoyé en infiltration pour vérifier l'implication du boxeur, ainsi que découvrir qui est le commanditaire direct.

Un missile nucléaire est lancé du sous-marin, les Tachikomas vont essayer de l'arrêter. Kusanagi et Kuze se retrouvent coincés sous des décombres.