Die Dinge laufen aus dem Ruder und Kusanagi vermutet, dass der Lachende Mann ein Virus bei den Polizeieinheiten, die den Generalinspektor bewachen, eingeschleust hat. Während die Mitglieder von Sektion 9 versuchen, den Generalinspektor in Sicherheit zu bringen, versucht das Antivirusteam im Hauptquartier, in aller Eile einen Gegenimpfstoff zu entwickeln. Als die unmittelbare Bedrohung abgewendet ist, ordnet Aramaki an, dass Sektion 9 eigene Nachforschungen im Fall des Lachenden Mannes anstellt.

Der Leiter der Drogenbehörde wird wegen Mordes in Zusammenhang mit der Razzia im Sonnenblumen-Club verhaftet. Aramaki ordnet an, dass Sektion 9 alle Unterlagen der Behörde durchsieht, um festzustellen, wer der Drahtzieher hinter den Angriffen auf Sektion 9 ist und dafür verantwortlich ist, die Vorfälle mit dem Lachenden Mann inszeniert zu haben.

Sektion 9 hat die ganze Wahrheit hinter dem Vorfall mit dem Lachenden Mann von ihm selbst erfahren, und dies wurde von Mr. Serano auch so bestätigt. Nun ist Sektion 9 endlich in der Lage, gegen den Mann hinter dem Unternehmensterror vorzugehen: den amtierenden Generalsekretär Yakushima. Leider hat Yakushima von dem Plan von Sektion 9 erfahren und ließ Informationen über die Existenz der Gruppe an die Medien durchsickern, um die Organisation in ein schlechtes Licht zu rücken.

Zwei Jahre sind vergangen, seitdem Sektion 9 mit Gewalt von den Umibozu aufgelöst wurde. In der Zwischenzeit haben sich Mitglieder von Sektion 9 neu organisiert, ihre Stützpunkte wiederaufgebaut und ihre alte Rolle als Spezialeinheit zur Bekämpfung des Cyberkriegs übernommen. Doch das Team ist wie in einem Machtvakuum gefangen, denn obwohl die Gruppe neuformiert wurde, operiert sie ohne Zustimmung der japanischen Regierung, da diese auf das „Gesetz zur Beschränkung von Sondereinheiten“ zurückgriff.

Die Tachikomas machen ein verborgenes Tor ausfindig, auf das man nur durch das europäische Satellitensystem Zugriff hat. Nachdem Boma durchs Tor gelangt ist, entdeckt er eine verdächtige Datei, die er für den Virus hält, von dem die „Unabhängigen Elf“ befallen sind. Ishikawa und Boma versuchen herauszufinden, wie der Virus in der Datei auf seine Opfer wirkt, indem sie die externen Erinnerungen eines infizierten Mitglieds der „Unabhängigen Elf“ nutzen.

Die Premierministerin beruft eine Versammlung ihres Kabinetts ein, um die Flüchtlingssituation zu diskutieren. Während der Versammlung versuchen mehrere Kabinettsmitglieder, ihre Verantwortung für das Problem von sich zu weisen. Hohe Militärs und lokale Exekutivorgane äußern jedoch ihre Sorge über den plötzlichen Flüchtlingszustrom zur Insel Dejima. Während einer Pause trifft sich die Premierministerin mit Aramaki und Kusanagi, die sie vor der Existenz von Cybergehirnzentralen warnen.

Wegen ihrer Entscheidung, die UN als Vermittler in der Dejimakrise hinzuzuziehen, enthebt der Kabinettssekretär die Premierministerin offiziell ihres Amtes. Zusammen mit Aramaki, Proto und Togusa wird die Premierministerin in einen verlassenen Raum des Gebäudes gebracht und unter Arrest gestellt. Obwohl Premierministerin und ihre Sektion 9-Eskorten getrennt werden, geben sie sich nicht geschlagen.