特殊な能力を持つ少年少女が集められた孤島の学園。生徒たちは「人類の敵」と呼ばれる怪物と戦うため、訓練にはげんでいる。その一人、中島ナナオは、自分の能力に自信を持てず、クラスメートからは「無能クン」と呼ばれていた。しかし転校生、柊ナナとの出会いをきっかけにその運命は大きく変わっていく。

失踪したナナオを気にかけるクラスメートたち。なにくわぬ顔をしてその中に混ざるナナ。だが彼女の前に新たな強敵があらわれた。「時間を止める能力を持つ」と言われる渋沢ヨウヘイだ。彼こそ最強の能力者かもしれない。なんとか弱点を探ろうとするナナだが、ヨウヘイの真の能力は、さらに恐るべきものだった……。

ナナと同じ日に転校してきた小野寺キョウヤ。彼のひそかな目的は、行方不明になった妹を探すこと。無愛想だが、優れた観察力と推理力の持ち主である彼は、中島ナナオの失踪に不審を抱き、調査を開始。犯行現場から見つけたナナオの腕時計をナナに見せる。強敵登場。ナナはキョウヤの追求をかわすことができるのか？

ツネキチに脅迫されるナナ。「犯行をバラされたくなければ俺の彼女になれ」。やむなくナナはツネキチの部屋へ。ツネキチが眠っているあいだにニセの未来念写写真を用意し、ツネキチを体育倉庫に誘いこむ。ところが、ナナのトリックに気づいていたツネキチはナナに反撃。絶体絶命のナナ。この危機をどう切り抜ける!?

ミチルに写真を見られてしまったナナ。だが、とっさの嘘で言いくるめ、ことなきを得る。翌日、ツネキチの葬儀の席で、キョウヤが遺体の解剖、検死を提案。するとクラスメートの風間シンジが「死体に直接聞いてみればいいんじゃない？」と発言。同時に、棺桶からツネキチの死体が立ちあがった。死体を操る能力、「ネクロマンシー」だ。

かろうじてユウカから逃れたナナ。だが、ナナの能力を暴きたいユウカは、シンジとともに執拗に追いかけてくる。夜の森でナナに迫る死者たちの群れ。いったいこの死者たちは何者なのだろうか？　新たな謎を解く間もなく、ナナは追いつめられてゆく。山小屋に逃げこんだナナだったが、それもまたユウカの罠だった……。

ユウカを倒したナナは、キョウヤの目をあざむくための工作を開始する。ユウカは「人類の敵」にあやつられていたとキョウヤたちに報告。さらに、「人類の敵」によって羽生キララもあやつられ、その友人の高梨カオリを殺害したかのように偽装する。キョウヤの疑いはナナに向いているが、証拠はない。ナナとキョウヤの息詰まる頭脳戦。キョウヤの鋭い追求を、ナナは今回もかわしきれるのか。

ナナとキョウヤのギリギリの攻防。間一髪でキョウヤの追求をかわしたナナは、逆にクラスメートたちからの信頼を深めることに成功した。だが、ほっとするも間になく、新たなピンチが襲いかかる。ヒーリング能力をもつ犬飼ミチル。心優しく、クラスメート思いだったはずの彼女が、突然カッターナイフをつきつけ、ナナに牙をむいてきたのだ……！

橘から逃れようとするナナ。だがモグオに変身した橘によって炎の攻撃を浴びてしまう。負傷したナナは、本物のミチルのもとに送り届けられる。ミチルの看護によって回復してゆくナナだが、その脳裏に、いまわしい記憶がよみがえる。

新たな被害者は石井リュウジ。何者かによって喉を切り裂かれていたのだ。容疑者の中には、被害者の幼なじみの空野フウコがいる。彼女は空気を刃にして相手を攻撃できる能力者だ。その一方、ミチルの挙動もおかしい。橘を殺すために準備しておいた毒を、ミチルが見つけてしまった可能性があるかもしれない……！？

浴槽で気を失っていたミチルを懸命に介抱するナナ。たびかさなるヒーリング能力の使用のせいか、衰弱しているミチル。一方キョウヤはリュウジを殺した犯人の証拠を見つけるべく、捜査を続けていた。意識を一向に取り戻さないミチルに付きっきりのナナの元に、現れたのは空野フウコだった。

ナナの過去の話を聞いてからずっと思いつめた様子のミチルに、自分に対して不審感を抱いていると考えるナナ。遂にナナの部屋まで訪れたミチルは、思いがけない言葉を告げるのだった。その中で、リュウジを殺害した犯人は、次にミチルを標的にしようとしていた。