Gintoki Sakata, Shinpachi Shimura et Kagura manquent d’argent pour gérer leur bureau de Yorozuya. Ils ne sont pas en mesure de payer leur loyer et décident de travailler à temps partiel. Ils rencontrent le Shogun qui peut les aider. À cette époque, les forces spéciales Shinsengumi, dirigées par Isao Kondo, sont divisées. Ce conflit interne cache en fait un complot contre le Shogun.