Lain è una ragazzina di tredici anni molto timida e riservata, a tal punto da risultare fuori posto perfino all’interno della famiglia stessa. Rispetto alle sue coetanee sembra più piccola e al contrario di tutti gli altri non è nemmeno interessata alla tecnologia, finché, come altre sue compagne di classe, non riceve una mail da una ragazza suicidatasi nei giorni precedenti. Questo scatena in lei un forte interesse per il Weird, rappresentazione del nostro internet web, fino a raggiungere dei livelli esagerati di simbiosi tra l’uomo e la rete, uno strumento che si fa anche luogo d'esistenza.

Nel 2045, dopo il crollo del capitalismo mondiale, la squadra d'élite giapponese Sezione 9 incomincia a condurre operazioni contro i crimini informatici.