Elliot Alderson werkt bij een internetsecuritybedrijf overdag, maar gebruikt zijn kennis in de nacht als hacker. Hij gebruikt zijn computerkennis om zijn medemens te hacken en te beschermen tegen bedreigingen. Op een dag wordt hij gerekruteerd door een onbekende man die 'Mr. Robot' op zijn jasje heeft staan. Mr. Robot vraagt Elliot om lid te worden van een hackerteam genaamd "fsociety". Het doel van de missie van dit hackerteam is om het bedrijf te vernietigen, wat het internetsecuritybedrijf waar hij bij werkt juist beveiligt.

Elliot zal moeten kiezen of hij zal ingaan op het voorstel van Evil Corp of zal aansluiten bij de fsociety hacker groep.

Tyrell is woedend als hij hoort dat hij gepasseerd is als technisch directeur en reageert zich af. Elliot heeft het helemaal gehad met Fsociety.

Elliot heeft een plan, maar hij moet eerst afkicken en heeft het zwaar. Maar hij krijgt hulp.

Met de hulp van fsociety infiltreert Elliot bij Steel Mountain. Daar loopt hij Tyrell tegen het lijf. Tyrell zegt dat hij Elliot door heeft.

Shayla is ontvoerd om Elliot onder druk te zetten zodat hij Vera helpt uit de gevangenis te ontsnappen. Angela zoekt aanwijzingen rond de dood van haar moeder.

Het is een maand geleden sinds Shayla is vermoord, Elliot voelt zich nog steeds schuldig en mist haar erg. Angela gaat bij Terry Colby langs in de hoop dat hij wil getuigen tegen E Corp.

Elliot en fsociety willen nogmaals hacken maar hebben de hulp van de Dark Army nodig daarom zoekt Elliot Whiterose op.

Mr. Robot heeft een verrassing voor Elliot. Angela en Darlene zijn op zoek naar Elliot. Tyrell wordt ontslagen.

Elliot wordt na drie dagen wakker in de auto van Tyrell. Tyrell is niet te vinden. Fsociety heeft met succes E Corp gehackt met grote gevolgen.