ピカード、ジョーディ、トロイはローアの率いるボーグらに拉致され、データもローアに操られ彼らの仲間になっていた。ピカードらを捜すライカーとウォーフは、ボーグらに捕まるが、そこにはブルーがいた。ローアはブルーに芽生えた自意識によってボーグ集合体がバラバラになっていたところにつけ込み彼らを支配していた。

連邦と初めて交流を持つイヤール星の大使がエンタープライズにやって来た。ロクエルは無邪気なことばかりし、反対にバイレスは尊大で、ウォーフを見下したような言動ばかり取る。一方ピカードは、ボバルと共にイヤール星に向かう途中、シャトルに異常が起き、付近の惑星に不時着してしまう。そこでアンナという女性に助けられたが……。

ジョーディの母が船長を務める船「ハラ」が行方不明となった。ジョーディは母の身を案じながらも、惑星の乱気流にのまれて動けなくなった科学捜査船ラマンの救出のために任務を続ける。ラマンの船内で母の姿を見たジョーディは、神経に負担がかかりすぎるという理由で使用中止になったインターフェイス・ユニットを使い、探査機で母を捜す。

ピカード船長が消息を絶った。クルー達は必死に捜すが、デシカ2号星の酒場でピカードは撃たれて死んだと聞く。クルーは悲観にくれ、怒りに燃えたライカーは犯人を追う。そしてバラダス3号星を調査している時、突然現れた傭兵部隊にライカーはさらわれてしまう。

遺跡を荒らす謎の傭兵船にピカードとライカーがさらわれた。ピカードは密輸商人に化け、ライカーも船隊を裏切ったふりをして傭兵船の動きを調べる。傭兵らが捜しているのは、バルカンの遺物「ゴルの石」で、史上最強のテレパシー兵器らしく、それをバルカンの過激派に売ろうとしていた。保安省の秘密工作員タレラはそれを阻止すべく乗り込んでいたのだが……。

スン博士のドリーム・プログラムによって時々夢を見るようになったデータだが、ある時から悪夢を見始めた。そしてついに白昼夢を見てトロイをナイフで刺してしまう。しかし、データが刺した箇所から細胞に寄生し崩壊させる謎の有機物が発見され、クルー全員に付着していることが分かった。データの夢にカギがあると判断したピカードとジョーディはデータの夢に入った。

テレパシーでコミュニケーションをとる種族ゲイアンが来艦。ラクサナが話し言葉の指導にあたる。生徒の一人メクイズは、ラクサナの心には影があるとトロイに警告するがその後すぐラクサナは倒れて意識を失ってしまう。トロイはメクイズの力を借りて、閉ざされたラクサナの心に入り込み超意識の下に隠されたトラウマを探ることに。

ケスプリット3号星のケスとプリットは長年対立関係にある。ケスは惑星連邦への加入を望んでおり、その加入資格を調査するためピカードとビバリーはケスの基地へ赴くが、途中プリット人に拉致されてしまう。プリットはケスが連邦と軍事同盟を組むのを恐れていたのだ。

ヘカラス2号星の科学者ラバルとセロヴァは、ワープ航法が一部の宇宙空間に悪影響を及ぼし、亜空間に亀裂が生じる可能性があると訴えていた。だが、証拠が不十分なため調査が必要と判断される。悠長に調査していては手遅れになると怒ったセロヴァは……。

アトリアス星のマグマが冷却し星の危機に陥っているため、エンタープライズが協力に乗り出した。アトリアスから2名の科学者がやって来たが、その1人、ジュリアナ・テイナー博士は実はもとスン博士の妻であり、データの母ともいえる人物だった。突然の母の出現を素直に受け止められないデータだったが……。

バーリ・トゥード大会に出場してシャトルでエンタープライズに戻ったウォーフは、目眩がしたり物忘れが重なったりと体調がおかしい。さらに、オガワがドクターになっていたりと妙なことが続き、遂にはトロイが「私たちは夫婦なのよ。覚えてないの？」と言い出す。すべては現実らしいがウォーフには全く記憶がないのだった。

特別任務で本部からプレスマン提督がやって来る。彼はライカーが初めて乗った船「ペガサス」の艦長だった。ペガサスは事故で12年前に大破したはずだったが、デボリン星系で見つかり、これを回収するためプレスマンが派遣されたのだ。しかし、プレスマンの本当の目的は船本体ではなく、ある実験装置だった。

ウォーフの育ての親であるロジェンコ夫妻の息子ニコライから救難信号を受けたエンタープライズはボラール20万星へ赴く。ニコライは住民たちの救出を要請するがピカードは艦隊の誓いに接触するとして断る。ニコライは彼らを救いたい一心で勝手にホロデッキへ全員を転送してしまい……。

ビバリーの祖母フェリサが他界しエンタープライズは葬儀のためカルドス植民星へ。そこでデータたちは総督に依頼され、星の天候制御システムの不調を整備しはじめるが原因がつかめない。一方ビバリーは祖母の世話をしていたネッドに悪い霊を呼ぶから宝石のロウソクには火を灯すなと警告され……。

査定シーズンのエンタープライズ。下級士官であるシトー少尉、ラヴェル少尉、トーリク少尉、オガワ少尉たちの胸のうちは期待と不安に揺れていた。過去に不祥事を起こしたシトー少尉は、過去ではなく今の自分を見て評価してほしいと勇気を出して主張。ピカードに勇気を認められ、ある重要な任務を与えられる。

データはバーコン4号星に上陸し、墜落した探査機から放射性物質を回収する任務を行っていた。だが事故でデータは記憶を失ってしまい、さまよっていたところをガーヴィンとジーアの父娘に助けられる。一方、データのいない間、トロイはブリッジ士官となるための試験を受けていた。

エンタープライズは謎の彗星に遭遇する。センサーをかけてスキャンしていると、スクリーンに謎の記号が映り、艦内に古代の石像のようなものが次々と現れた。さらに、データに複数のエイリアンの人格が乗り移り、彼らは口々に「マサカ」への畏敬の念を語るのだった。

ダン・クワン中尉がエンジンチューブのプラズマに身を投げて自殺した。原因が思い当たらないため、トロイとウォーフが調査することに。トロイが自殺現場を調べに行くと幻を見る。死んだダンの目に映った光景をトロイが見たものだと思われ、それは恋人の裏切りを知ってしまった男が彼女を殺したことを示唆する内容だった。

新型兵器の実験をしていたエンタープライズ内に少しずつ異常が生じる。冷静沈着なウォーフは光子魚雷の設計をミスし、トロイは異様な喉の渇きを訴え、ライカーやジョーディは倦怠感に襲われ、バークレーは落ち着きがなくなってしまった。どうやら船内に何らかのウイルスが発生したようで、みんな次々に退化していた……。

カーデシアとの境界が決定し新たに彼らの領域に入ることになったドーバン5号星の住民を移住させるために、ピカードは住民であるアメリカン・インディアンの長アンスワラを説得に行く。しかし彼らは、「ここは我々の精神と結びつく大切な土地だから」と立ち退きを拒否、星を調査に来たカーデシアと一触即発の状態になる。

元服の年令に達したというのに儀式を拒むアレキサンダーに手を焼くウォーフ。ピカードの計らいでコトバールの祭りへ息子を連れて行き、クリンゴンとしての自覚をつけようとする。帰り際ウォーフは暴漢に襲われ、かけつけた一族の顧問ケムターに救われる。デュラス姉妹が一族の暗殺を企んでいるというのだ。

15年前、ピカードに息子を殺されたと逆恨みしているフェレンギ人のボークがホログラフを送信してくる。復讐のためにピカードの息子ジェイソンを殺すというのだ。かつてジェイソンの母であるミランダと一時の恋に落ちたピカードは、ケイモア5号星へ赴きジェイソンと対面、そこで親子鑑定を受けることに。

ホロデッキの異常をチェックしようとしていた矢先、エンジンにも異常が起こる。突然ワープ・エンジンが起動し、300億キロも進んでしまった。調べてみると、もとの地点ではエネルギーのひずみが起きており、すぐ逃げなければ船は大破していたところだった。さらに調べると、あちこちに新たなノードができており……。

非武装ゾーンのカーデシア人たちは和平条約を逆手にとり、限度スレスレの嫌がらせをして連邦の市民たちの追い出しを図っている。これに対して市民の一部がゲリラ活動を始め、次第にエスカレートしていった。そこでゲリラ活動の実態を探るためにロー・ランスがスパイとして送り込まれることになったのだが……。

ピカードが突然タイムスリップをし、25年後の未来、7年前の過去、現在、の3つの時間を行き来するようになる。そんな折、中立ゾーンのデブロン星系に巨大な時空の歪みが発生。そこにロミュランの艦隊も現れるという異常事態が起き、エンタープライズは早速調査に向かう。

デブロン星系を調査するピカードは、ディフレクターを改造してタキオン・パルスを発射し、それを使ってスキャンする方法を思いつく。タイムスリップした先の過去と未来でも同じ方法を取るが、未来においてデブロン星系はクリンゴンの領土で……。一方、現在のエンタープライズではクルーの体に異変が起きつつあった。