Zabójcza misja ewakuacyjna sygnalizuje zmianę w wojnie Master Chiefa z Przymierzem. W Reach nowy system przejmuje stery w FLEETCOM. John wyczuwa zbliżające się zagrożenie blisko domu.

John zmusza Srebrną Drużynę do granic możliwości, szukając zaginionych Spartan; Kai martwi się o stabilność Johna. Kwan odkrywa, że ​​pod nieobecność Sorena Gruzowiska są o wiele bardziej niebezpiecznym miejscem. Halsey szuka tożsamości swojego porywacza.

John i Silver Team wyruszają na niezatwierdzoną misję. Laera, Kwan i Kessler muszą uciec przed zbuntowaną załogą Sorena. Ackerson otrzymuje niepokojące informacje od Cortany. Groźba ataku zmusza Ackersona do podjęcia nieodwołalnej decyzji.

Ocalali starają się odzyskać siły po porażce. John nie radzi sobie ze stratą.

John szuka zemsty na tajnej planecie ONI. Perez szkoli się, by zostać żołnierzem nowego rodzaju. Kai jest rozdarty między swoim spartańskim kodeksem a lojalnością wobec Master Chiefa. Makee zwraca się do Cortany o pomoc w poszukiwaniu Halo.

John-117 staje twarzą w twarz z Makee. Pewne odkrycie sprawia, że Ackerson kwestionuje swoją lojalność. Związek Sorena i Laery zaczyna się rozpadać. Halsey, Kwan i Miranda pracują nad rozwiązaniem zagadki.

Rozpoczyna się kulminacyjna bitwa o Halo. John dokonuje fatalnego wyboru. Soren i Kwan wyruszają na misję ratunkową. Halsey i Miranda wyzwalają starożytny horror.