La Terre est en train de perdre face à un ennemi supérieur, alors que la survie même de la planète repose sur un message provenant d'une galaxie lointaine.

L'espoir de la Terre réside dans un vieux cuirassé trouvé au fond de ce qui était autrefois la Grande Mer de l'Est.

La mission de la Force de défense de la Terre est claire : emmener le Yamato, récemment reconstruit, à 148 000 années-lumière, vers la planète Iscandar, pour récupérer une machine appelée Cosmo-Cleaner D qui sauvera la Terre de son état d'irradiation. Mais les Gamilas les arrêteront-ils ?

Le Yamato teste les capacités de distorsion du moteur à mouvement d'onde, ce qui lui permettra de parcourir 148 000 années-lumière jusqu'à Iscandar et d'en revenir en un an. Mais les Gamilas les arrêteront-ils ?

Le Yamato est piégé par la gravité de Jupiter.

Le Yamato recherche un minéral rare sur Titan, une lune de Saturne.

Le Yamato fait face à un désastre sur la planète Pluton.

Le Yamato détruit le satellite réflecteur

Amoindri, le Yamato élabore une nouvelle stratégie défensive.

Les Yamato font leurs adieux à leurs familles avant de quitter le système solaire.

Le commandant suprême des Gamilas, Desslar, dévoile un piège qui détruira le Yamato : des mines spatiales. Mais ces mines ont une fonction sinistre...

Dessler prépare un autre piège pour le Yamato : un filet d'énergie qui les capture. Le seul moyen de s'en sortir est de se diriger vers un soleil massif, alors qu'un énorme secret est révélé qui pourrait affecter l'équipage.

La tension monte à bord du Yamato, piégé dans une tempête spatiale.

Desslar charge le général Gamilas et héros de guerre Domel de vaincre le Yamato. Le Yamato se rend près d'un tourbillon galactique, mais une assistance à distance sauve leur mission.

Analyzer et Yuki s'envolent vers une planète à la recherche de nourriture pour l'équipage, mais ils sont capturés par les habitants. Analyzer révèle à Yuki un secret qui les changera tous les deux.

Gale, le général que Domel a remplacé sur Balan, élabore un plan pour détruire le Yamato. Le capitaine Okita est gravement malade et Kodai entre en action.

Le Yamato tombe sur une forteresse Gamilas qui émet des ondes Magnétron, qui font vibrer les métaux et les déchirent. Kodai et Sanada montent à bord de la forteresse à l'aide d'un nouvel avion sans couture créé par Sanada. Ils détruisent la base et le Yamato poursuit sa route.

L'officier en chef des communications Aihara s'inquiète des conditions de vie sur Terre. Mais que sait-il que l'équipage ne sait pas ?

Le Yamato atteint la planète Balan, à mi-chemin de sa mission vers Iscandar. Mais Domel attend dans sa base et tend un piège qui pourrait détruire à la fois le Yamato et la base...

Le général Gamilas Domel, pardonné pour son échec à Balan, défie le Yamato pour une dernière bataille.

Le Yamato affronte le Domel pour la dernière fois.

Le Yamto arrive enfin au Nuage de Magellan et à "Iscandar"... mais ont-ils trouvé leur espoir de survie ou le refuge de leur ennemi ?

Le Yamato se bat sur Gamilas, car sa survie dépend de l'anéantissement d'une civilisation entière.

Le Yamato arrive enfin à Iscandar.

Le Yamato revient à la maison ! Avec le Cosmo Cleaner D, ils sont prêts à sauver la Terre. Mais une dernière bataille pourrait leur coûter un membre de l'équipage le plus proche de Kodai...