Fuko Izumo, een meisje met de gave 'ongeluk', brengt ongeluk aan iedereen die haar aanraakt. Wanneer Fuko zelfmoord wil plegen, verschijnt er plotseling een ondode met een onsterfelijk lichaam. Hij is blij dat hij eindelijk iemand heeft gevonden die hem een echte dood kan bezorgen. Hij neemt Fuko mee en zoekt naar de opties om het ultieme ongeluk los te laten op het moment dat jagers van de Organisatie Tegen Ongeïdentificeerde Verschijnselen, ook wel bekend als de Union, hen achternakomen.

Over drie dagen vertrekt een lid van de Union naar Rusland voor zijn UMA-onderzoek. Nadat Andy en Fuko te horen hebben gekregen dat ze mogen toetreden tot de Union als ze dat lid vermoorden, besluiten ze af te reizen naar het Baikalmeer. Ze ontsnappen aan de achtervolging van de Union en bereiken het Baikalmeer, maar gaan uit elkaar wanneer Andy boodschappen voor hen gaat halen. Fuko ontmoet een meisje in een outfit dat lijkt op een Japans schooluniform.

Het meisje dat samen met Fuko aan het schilderen was bij het Baikalmeer, is Gena, de Negator die Andy in het verleden gevangen heeft genomen. Andy zoekt naar een kans om terug te vechten en probeert erachter te komen wat de gave van Gena precies is. Uiteindelijk realiseert hij zich dat Gena de gave heeft van 'onvormbaar', zij kan ervoor zorgen dat voorwerpen niet van vorm kunnen veranderen. Gena denkt dat Fuko haar grote liefde Andy van haar heeft gestolen en wordt jaloers.

Andy en Fuko worden meegenomen naar de ronde tafel, waar leden van de Union op hen wachten. Daar zorgt de Apocalypse voor een reeks nieuwe opdrachten. De Apocalypse is het eerste voorwerp dat op aarde werd gevonden door de Union en geeft hen nu onredelijke opdrachten. Fuko vraagt aan iedereen of ze dit normaal vinden en stelt voor om te veranderen, maar de leider Juiz denkt daar anders over.

Andy en zijn team arriveren in de Verenigde Staten om Spoil te vangen. Bij het onderzoeken van een ontbindend lijk, dat in verband wordt gebracht met Spoil, komt aan het licht dat hij afkomstig was uit Longing. Op basis van meldingen van agenten, die al eerder naar Longing waren gegaan, wordt duidelijk dat Spoil en de zombies zich in die stad bevonden. Op het moment dat ze aankomen, ziet Andy een zombie die nog niet volledig veranderd is. Hij vraagt aan die zombie waar Spoil is.

De inwoners van het stadje Longing zijn door Spoil allemaal veranderd in zombies. De kinderen die zich verscholen in een ondergrondse schuilkelder, vertellen aan Fuko wat er precies is gebeurd en hoe ze hebben kunnen voorkomen dat ze in zombies veranderden. Ondertussen vecht Andy samen met andere zombies tegen Spoil. Wanneer Fuko door een zombie wordt aangeraakt, zorgt dat voor ongeluk. Andy ziet dat Fuko's gave ook effect heeft op de zombies.

Spoil gaat over naar fase twee en ontbindt alles wat in zijn buurt komt. Shen begint zijn tegenaanval met een object en zijn gave. Spoil kan nu niet aanvallen, maar het gevecht raakt in een impasse omdat Spoil niet rechtstreeks geraakt kan worden. Voor dit type UMA is de missie pas voltooid als de kern in zijn lichaam wordt verwijderd. Dit betekent dat ze moeten uitzoeken hoe ze de gaves van Spoil volledig kunnen onderdrukken.

Victor is de man die zorgde voor vele overwinningen. Dit is Andy's andere gezicht, dat verschijnt wanneer de kaart op zijn voorhoofd wordt verwijderd. Ondanks dat Spoil gevangen is genomen, blijft Andy nog steeds Victor. De leden van de Union dagen hem uit om terug te keren naar zijn oorspronkelijke gedaante, maar met krachten die groter zijn dan die van Andy en een agressieve persoonlijkheid, is Victor voor de leden van de Union een moeilijke tegenstander om te verslaan.

Apocalypse leest de resultaten van de missies voor aan de leden van de Union. Bij het falen van de zesde missie voegt Apocalypse de UMA Galaxy toe als straf. De leden van de Union gaan naar de oppervlakte en de wereld begint te veranderen. Deze keer creëert de Regel buitenaardse wezens die de aarde willen aanvallen.

De Negator Unrepair wordt gezien in de buurt van een veiling op de zwarte markt, dus gaan Andy en zijn team erheen. Negators, UMA's en objecten, die de Union niet onder controle heeft, worden verhandeld op deze zwarte markt. Andy en Fuko infiltreren het veilingterrein als een getrouwd stel. Luisterend naar de gesprekken om hen heen, waarin Negators en UMA's als koopwaar worden behandeld, vraagt Fuko aan Andy wat beter is voor Negators: zich aansluiten bij de Union, of verkocht worden?

The Union and the Negator Hunters have infiltrated the black market auction venue for a new Negator. Andy and Fuko hurry towards the auction item storage, to stop the Negator Hunters who seek revenge against the world.

While Tatiana fights members of the Negator Hunters, she receives a report that Fuko was wounded by Unrepair. Tatiana unleashes her powers in order to save Fuko!

A huge explosion occurs from within the luxury liner sends Andy and company up into the air. They find Rip and company among the rubble. If they let Rip get away, Fuko will die. A roller-coaster ride of a battle ensues.

Fuko and Andy head over to right outside Chikara’s school in order to hear his reply about joining the Union. Rip, who was supposedly dead, suddenly shows up as a young boy. Chikara over hears their conversation...

Apocalypse reads out the quests that have the 100th penalty on the line. However, Billy suddenly declares that it’s impossible for the Union to kill God, and tries to take off with the Roundtable...

To regain the Roundtable, the Union commences an operation with Andy and Fuko as central members. Andy chops his head off while being kissed by Fuko. His head turns into a Parts Bullet and goes into Burn's stomach.

The Union regains control of Apocalypse, but the Roundtable has been seized. Juiz starts telling the members how this world is in a Loop of destruction and reconstruction by the hands of God, and that the Union is an organization she created to thwart such actions.

The possibility has risen that Fuko’s bible in life “To You, From Me” was a manga drawn with an Artifact. Andy and Fuko are tasked with checking the status of the raw manuscripts and gaining intel about Anno Un.

Andy and Fuko await for Anno Un on a bench in Stanley Park. Before they know it, Anno is reading Fuko’s manga and declares that they know what the pair is looking for...

Andy's memories become a book thanks to Autumn's claw that Anno Un materialized. Using the Artifact Soul Caliber, Anno Un plucks out Fuko's soul to send her inside Andy's book. The journey to learn about Andy begins.

Fuko arrives at Victor's memories but is killed by him shortly. Time flies by and Fuko moves on to the final chapter. While Fuko searches Shinjuku for Andy, Victor's blades are unleashed!

Anno Un's true self is Akira Kuno. Young Akira's came across the Artifact, "G-Liner." This Artifact allows the first person to touch it to see the past and future events of the current loop in its entirety. This incident greatly changes his future destiny.

Now that Autumn is stronger, individual attacks are of no use. Anno Un asks Andy and the gang to buy some time to draw the most powerful Artifact necessary in capturing Autumn...