בעונה השנייה ננסי וחבריה שוב מוצאים את עצמם במרכזה של תעלומה, כשנערה מסתורית צצה ללא זכרון או ידע לגבי עצמה ומוסרת למשטרה רק שם אחד שהיא מכירה: ננסי דרו...

ננסי והחבורה מחפשים אחר זמר המלחים שהוזכר בראי שמצאו. אמא של ניק באה לביקור והיא לא מרוצה ממה שהיא מוצאת.

ננסי מנסה להגיע אל האדם היחיד ששרד בקללת המוות של האגלייקה, ומתברר שהיא מכירה מישהו שיודע היכן הוא נמצא.

אייס יוצא עם קרסון וריאן כדי להשיג קופסת דיבוק מתאימה, ובינתיים ננסי ובס הולכות לברר פרטים מעברה של האגלייקה.

החבורה מנסה להרחיק את האגלייקה בעזרת הנשק החדש, אלא שגם לכך נלווים קשיים.

ננסי משובצת לעבודות בשירות הציבור בחדר המתים ובמהלך העבודה שם היא נתקלת בגופה משונה שמסרבת להרפות ממנה.

סטודנטית נעלמת במהלך טקס חניכה מחדר מלון שלפי האגדה הוא רדוף רוחות, וננסי נקראת למצוא אותה. ג'ורג' מנסה להיפטר מרוחה של אודט שהתבצרה בתוכה. ריאן הדסון חושש שהמהלך שעשה נגד אביו עלול לפגוע בננסי.

איש מעברה האפל של בס מגיע וסוחט אותה. ננסי וג'ורג' מגלות מעט על דרך פעולתו של התכריך שננסי נעזרה בו להחיות את ג'ורג'.

ננסי והחבורה מגלים מי גנב את התכריך, וכעת ננסי צריכה לפענח תעלומת רצח תוך כמה שעות כדי להציל את ג'ורג' ממוות.

ננסי מתחילה לחקור פריצה לחנות הפרחים ומגלה שלא נורא כל כך לעבוד עם הבלש טומורה. אייס מקבל הודעה משונה מאחיו שאותו מעולם לא הכיר.

ניק מופיע על מפתן ביתה של ננסי ואין לו מושג מיהו, מיהי ננסי ומיהם יתר החבורה. בנוסף, מתברר שהוא חשוד ברצח. כעת על ננסי ויתר החבורה לגלות מה קרה לו וכיצד להוכיח את חפותו של ניק.

אח של אייס מבקש את עזרתו כדי להציל את אמו מאדם מסוכן מהעבר. אייס מגייס את עזרתה של ננסי והיא נדרשת לוויתור כואב.

גיל מתעקש לעזור לננסי לבדוק תחושת בטן הקשורה לאי מונסטון, אך אייס ואמנדה באים לעזרתה, לאחר שגיל נאלץ להישאר מאחור. ניק לא בטוח שננסי בצד שלו ושל ריאן. אודט עולה לג'ורג' על העצבים.

ננסי דרו נלקחת למעצר ביום הולדתה ועקב התפתחות בלתי צפויה שוב מוצאת את עצמה מפענחת תעלומה ישנה. ג'ורג', בס ואייס מנסים לזמן רוח של קרובת משפחה של ג'ורג' כדי לאתר את אהובתה של אודט.

אדם זר מחפש אחר ננסי דרו ומבקש ממנה שתעזור לו למצוא מטאוריט נדיר, ובמקביל, ננסי חוששת ללכת לאירוע של משפחת הדסון שהוזמנה אליו.

ריאן וניק משתפים פעולה כדי למצוא איזו דרך להכניס את אוורט לכלא. במקביל, אוורט שוכר את שירותיה של ננסי לגילוי מדליף, כדי לבחון את נאמנותה.

פרק סיום העונה. קרסון, ריאן והחבורה של ננסי משתפים פעולה כדי לעזור לה להיפטר מהטפיל.