Il conflitto finale con l'esercito delle 12 scimmie inizia quando il testimone ritorna a Project Splinter.

I viaggiatori si trovano faccia a faccia con i fantasmi del loro passato quando si trovano a dover manovrare attorno alle loro scadenze.

Cassie viaggia indietro nel tempo per affrontare una Olivia più giovane; Cole aiuta Jennifer a trovare il significato dietro la sua visione finale primaria.

Il Team Splinter torna indietro nel tempo nel vecchio e selvaggio west, alla ricerca di un'arma per distruggere il Testimone.

Un indizio per rompere il ciclo porta Cole e Cassie agli anni '60. Christopher Lloyd ritorna nei panni di Zalmon Shaw, un devoto seguace del Testimone.

La squadra si infiltra in un gala nazista per rubare un artefatto noto come "Die Glocke". La loro operazione viene annullata quando la resistenza francese interferisce e arriva un ospite inatteso.

Jones manda Hannah indietro nel tempo, nel 2007, per una missione personale che potrebbe essere la chiave di tutto.

L'inizio della fine, quando Cole e Cassie intraprendono la loro ultima missione.

La battaglia finale contro il Testimone, mentre il destino del tempo e dell'umanità è in bilico. Tutti i pezzi si uniscono per segnare la fine dell'inizio.

Quando ogni speranza è persa, Cole deve completare il suo ciclo in modo che il suo sé più giovane arriverà un giorno alla fine con la risposta.