Três anos mais tarde. O CTU recebe uma ameaça sobre o traficante mexicano Hector Salazar estar planejando liberar um vírus altamente contagioso em Los Angeles, salvo sob uma condição: Jack precisa tirar Ramone Salazar, irmão do traficante, da prisão. O Presidente Palmer se prepara para um debate contra o Senador John Keeler.

Após o corpo contaminado de Goss ser deixado no hospital, Jack e Chase começam a traçar seus últimos passos, enquanto o CTU tenta entender como o vírus será liberado publicamente de uma vez só.

Tony, e um dos comparsas de Salazar chegam perto de um jovem traficante que pode estar, sem saber, carregando o vírus. Jack informa aos pais de Kyle Singer sobre ele estar contaminado. Wayne se preocupa com David e seus casos amorosos.

Para tirar Ramon da prisão, Jack pede permissão ao Presidente para investigar uma revolta no presídio. Michelle toma o commando de CTU após Tony ter sido machucado. Chase desobedece ordens e interroga Roman, enquanto Jack coloca seu plano em ação. O presidente Palmer pede a Wayne para cancelar a reunião com o ex-marido de Anne. Kyle Singer é capturado pelos homens de Salazar.

Jack e Ramon são capturados por perigosos internos, após tentarem escapar. O Presidente Palmer começa seu debate com o Senador Keeler. Na CTU, Chloe O'Brian descobre evidências sobre o vício de Jack.

Jack e Ramon tentam escapar em helicópteros militares, e fazem um plano para chegarem ao México. Palmer cancela o debate. Kyle Singer descobre que não está infectado, e Kim descobre que Gael Ortega pode estar trabalhando com os Salazar.

Ramon faz Jack refém enquanto eles voam para o México. Chappelle interroga Gael; Tony retorna ao CTU e revela a  verdade sobre Gael. Chase desobedece ordens e voa para o México para salvar Jack.

Jack tenta ganhar a confiança dos Salazar. O Presidente Palmer está furioso com Tony, por ter ficado de fora de uma operação secreta. Chase é capturado pelos homens de Salazar.

Um contratempo na venda do vírus leva os Salazar a questionarem as motivações de Jack, e em resultado suas fidelidades são postas a prova. Claudia trabalhar para ajudar Chase a escapar, após Jack informá-la de suas prioridades.

Para chegar mais perto do vírus, Jack tenta fazer Nina acreditar que ele ainda a ama. Wayne tenta ganhar a confiança de Julia Milliken, quando Allan começa a fazer exigências. Chase convence a namorada de Salazar a ajudá-lo a escapar.

Jack e Nina se preparam para um encontro com Amador o homem vendendo o vírus. O CTU organiza uma emboscada; Ramon e Hector se desentendem. Presidente Palmer pede ajuda à ex-mulher.

Jack e Nina são enganados, quando Ramon rouba o vírus durante a permuta com Amador. Sherry ganha vantagem com Alan Milliken.

Nina libera um vírus de computador no sistema do CTU, após ser capturada por Jack e Chase. Sherry fica sem opções, e decide confrontar Alan Milliken diretamente. Chloe e o resto da equipe técnica trabalham além do tempo para combater o vírus.

Chappelle força Jack a fraudar uma avaliação médica pelo seu vício em heroína. Tony interroga Nina Meyers, e Julia Milliken confronta Sherry após a morte de Alan.

Após um interrogatório que não dá em nada, Jack e Chase deixam Amador escapar, na esperança de ele entregar a localização do cliente. Michelle põe o hotel sob quarentena e deve tomar uma decisão difícil. Presidente Palmer é colocado em uma situação complicada ao lidar com Milliken.

Presidente Palmer aceita os pedidos de Stephen Saunders. Michelle toma o controle da situação no hotel. Jack e Chase trazem um suspeito, e Saunders lança um ataque.

Jack precisa ceder a outra demanda de Saunders, enquanto Michelle descobre algo preocupante no hotel.

Quando o CTU descobre que Saunders tem uma filha na Universidade de Los Angeles, devem informar a Jack que a única provável isca é Kim.

Jack trabalha usando a filha de Saunders como uma tentativa de controlar o vírus. Michelle aguarda para descobrir se está infectada.

Enquanto Jack e Chase se preparam para capturar Saunders, Tony terá que escolher entre cumprir suas obrigações ou salvar sua mulher. Enquanto isso, o Presidente Palmer terá que lidar com um ofensivo plano do Senador Keeler que recebeu uma generosa oferta de Sherry Palmer. E a CTU acredita que outro traidor possa estar infiltrado na equipe.

Jack e Tony entram em confronto, enquanto esperam a troca de reféns. O Senador Keelers confronta o Presidente Palmer a respeito de Milliken, e Wayne inicia uma operação secreta contra Sherry.

Saunders diz a Jack que os 11 frascos restantes do vírus serão liberados em uma hora em diversos locais do país. Enquanto isso, Sherry manipula o Presidente Palmer para ser novamente a esposa dele. Jack discute com Tony, que acaba sendo preso pela CTU. E Wayne e Foxton têm diferentes opiniões durante sua operação para desmascarar Sherry.

Jack e Chase devem fazer um grande sacrifício ao lidar com o vírus mortal. Tony pode ajudar Jack uma última vez antes de ser levado sob custódia, enquanto uma vítima procura vingar-se de Saunders. Palmer faz uma escolha de carreira surpreendente ao saber da morte de Sherry.