営業時間は夜の十二時から朝の七時頃まで、人呼んで「深夜食堂」。こわもてのマスター（小林薫）が包丁を握り、メニューは「豚汁定食」のほかは、ビールと酒、焼酎のみ、あとは出来るものなら作ってくれる。小寿々（綾田俊樹）、忠さん（不破万作）、小道（宇野祥平）、「お茶漬けシスターズ」ことミキ（須藤理彩）、ルミ（小林麻子）、カナ（吉本菜穂子）ら、今夜も味のある、常連客が集う。

常連客の一人に地回りのヤクザである竜（松重豊）がいる。マスターの作る「赤いウィンナー」が大のお気に入りだ。その竜のもとへ、刑事の野口（光石研）が現れた。二人は九州の名門高校野球部の同級生だったが、竜が地元で起こした喧嘩のために、かつて甲子園出場を棒に振っている。野口は、病気で入院している元マネージャー・クミ（安田成美）の見舞いへと竜を誘う。当時竜は、クミを守るためにチンピラ相手に喧嘩をしたのだったが、彼女は今、重い病にふせっていた。

カウンターの片隅で、目を閉じ、微笑むような口元で眠るサヤ（平田薫）。サヤはいつも「唐揚げ」を注文しては、常連の男たちに見守られ、店の中で眠り込む。その寝顔は一見幸せそうだが、起きている間は、よほど疲れることがあるらしい。マスター（小林薫）は、ビールがダメというサヤに、普段店では出さない「ハイボール」をすすめる。

サヤは、お笑い芸人の章介（永岡佑）とつきあっていた。売れない芸人の章介に、お金を渡して尽くすサヤだったが、章介の態度は冷淡だった。ある日、店の中でサヤを責めたてる章介に、竜の子分でヤクザのゲン（山中崇）が激怒。店の前で喧嘩を始める。そこにやってきたのが刑事の野口（光石研）と部下の足立（足立智充）だったが、サヤを見て足立は驚く。

弁当屋で働く将司（清水優）は、以前、マスター（小林薫）のところで見かけたイクミ（伊藤歩）と、自分の店で再会、客の応対を助けてもらう。そのお礼にと、将司はイクミを食事に誘う。イクミの好物はマスターの出す「煮こごり」。イクミを好きになった将司は、その場で交際を申し込むが、彼氏がいるから、とふられてしまう。残念がる将司だが、常連の小道（宇野祥平）から、イクミが風俗店で働いていることを聞き、ショックを受ける。定食屋の息子だった将司は、いつかは彼女と自分の店を開いてと、将来を思い描きさえしたのだが。

大学の映画サークルで、自主映画を製作しているゲンキ（森岡龍）とユウキ（前野朋哉）。八王子の鑓水峠でロケハンの最中、史跡らしきところに積まれていた「パイナップル」の缶詰を失敬し、マスター（小林薫）のところに持ち込んだ。どこか不気味なところもあるものの、マスターにパイナップルの入った酢豚を作ってもらい、それをきっかけで、彼らは店に来ていた菊乃（早織）と知り合う。二人は暗くて寂しそうで、しかし綺麗な菊乃を、自分たちの映画のヒロインにと御願いするのだが...。菊乃は撮影の日に現れず、ゲンキとユウキは、柚木（史朗）という初老の男から、鑓水峠が心霊スポットで、かつて殺人事件があったと教えられる。

肌寒い夜、小説家の鈴木（吹越満）は編集者といっしょにマスター（小林薫）の店で酒を飲んでいた。鈴木は妻と娘を捨て、十年近くやさぐれた生活を送っている。鈴木たちが店を出た後、入れ替わりに入ってきたのが、キャバクラで働く花（朝倉あき）と客の鉾田（徳井優）。花は鈴木が食べずに残していた「クリームシチュー」を注文する。花は小さい頃父親が家出して以来、ずっと母子家庭で過ごしてきた。最近は母親とも喧嘩ばかりで、自分で学費を稼ぎ大学に通っている。マスターの作ったクリームシチューを食べ、母を思い出した花は涙をこぼす。幸薄い花は、幸せをつかめるのか。

常連客の月子（市川実和子）はテレビドラマのシナリオライター。独身で猫と暮らす月子は、今日も一人でマスター（小林薫）の店へとやってきた。月子は先日、乗ったタクシーの運転手・武（螢雪次朗）に、マスターからもらった「白菜漬け」をあげたと話す。武は宮城県出身で、故郷の味が忘れられないらしかったのだが...。ある日月子は、自分を育ててくれた敏腕プロデューサー・野瀬（田中哲司）との不倫愛を週刊誌に取り上げられ、窮地に陥る。絶望的な気持ちになる月子だったが。

人一倍寒がりのひとみ（酒井若菜）は、若い男に貢ぐだけ貢いでは捨てられていた。ある日ひとみは、ペットショップで出会った五十過ぎの男・橋本（芦川誠）と恋に落ちる。橋本が好きなのは「冷やし中華」だ。暑がりの男と冷え性の女は、週末になると揃ってマスター（小林薫）の店を訪れ、冷やし中華を食べていた。そんな中、店に定年間近の刑事・犬塚（塩見三省）が現れる。「粘りの犬塚」とその名を轟かせた犬塚だったが、２０年前、追いかけていた犯人を目の前で逃したことがあった。犯人の手がかりは、「あいつはホント冷やし中華が好きだった」ということ。犬塚の話を聞き、橋本の過去を疑い始めるひとみだったが...。

ある夜、常連客の金本（金子清文）が、彼とは不釣合いな美人・千秋（東風万智子）を連れ店にやってきた。マスター（小林薫）の作った「肉じゃが」を見て、「うちは牛肉を買うお金がなくて豚肉だった」と言う千秋。彼女をいじらしく思った金本は、あたりはばからず、さらにいちゃつき始める。

一方、店にはたびたび、バースディケーキをデリバリーするノリ子（前田亜季）という女が現れていた。ノリ子も肉じゃが好きで、昔は貧乏で豚肉を使っていたと話す。北海道の田舎で、六人兄弟の末っ子に育ったという彼女の身の上を聞くマスター。そのノリ子に、常連の五郎（松尾諭）が自分あてのケーキを頼む。五郎にはその昔、「肉じゃがしか作れない」と話していた女に、貯金を丸ごと盗まれた過去があった。

「出来るもんなら、作るよ」が営業方針でやっているマスター（小林薫）だが、「ギョーザ」だけは、専門店を営む村田（リリー・フランキー）のギョーザを出していた。村田は妻の桃子（黒谷友香）と家庭を持っていたが、その桃子は、店の常連客のカタギリ（オダギリジョー）と、過去、深い関係にあった。評判になっているギョーザを出前しにやってきた桃子は、店の表で彼とすれ違ってしまう。今では別々の道を歩いていたはずの彼らは記憶を呼び覚まし、思い惑う。