La storia è ambientata nel 1923. I vampiri esistono da molto tempo, ma il loro numero sta registrando un misterioso aumento. Inoltre, è comparsa una fonte di sangue artificiale chiamata Ascra, di cui nessuno sapeva nulla, che potrebbe essere collegata all'anomalia. Il governo giapponese decide quindi di mettere insieme un'unità militare chiamata "Code Zero", incaricata di eliminare i vampiri. E quale modo migliore per farlo se non impiegare i vampiri stessi? Creata dal generale luogotenente Nakajima, l'unità era in principio il ramo informativo dell'esercito. Spetterà quindi alla Code Zero, ed in particolare al vampiro classe S Deffrot, investigare sulla proliferazione dei vampiri, prima che l'intera società collassi.