藤雷到天龍鏢局找「妙手神醫」醫治，招公義不經意地跌出七日仙解藥。打扮不男不女的賈偉男到鏢局找神醫成親，公義得知後逃離。《歸元秘笈》重出江湖，曹雄自薦往查秘笈下落。君武與青鸞回崑崙山途中，青鸞不知所終。

捉走青鸞的偉男欲向她查問歐陽拔、公義的下落，幸君武等人趕來相救。君武替青鸞承擔雪山派被搗亂一事而被罰往思過崖。各大武派之首與朋海推舉玄清為武林盟主，調查少林、武當掌門失蹤之事，並約定奪回《歸元秘笈》。

君武與青鸞使計揭穿飛鳳的謊言後，二人往冰火島途中，遇上白雲飛及玉簫仙子，四人結伴上路。玄清率眾尋《歸元秘笈》，朋海設陷阱暗算眾人。君武遇險，得曹雄相救，二人結拜為兄弟。雲飛奪得秘笈，卻與君武困於洞內。

雲飛搶了《歸元秘笈》，讓朋海不忿，故他派人監視崑崙派。雲飛得仙鶴相助逃離山洞，並帶君武回括蒼山養傷。曹雄救走青鸞，欲對她意圖不軌，幸歐陽拔及時阻止。藤雷捉走歐陽拔報復，曹雄找來公義，終成功救走歐陽拔。

公義救走歐陽拔後，卻被偉男捉走禁錮。偉男想到從二人中選一夫婿的辦法，可是最終歐陽拔被青鸞救走，而公義則得到飛鳳及曹雄相助，以計騙偉男而得以逃離。君武、雲飛四周遊覽時，突然被音波功襲擊，君武吐血倒地。

雲飛重遇海萍之女藍小蝶，並得知真的《歸元秘笈》仍在她手上。少林及武當的掌門失蹤，原來是朋海與嚴世藩的陰謀。朋海往捉拿海萍不果。海萍與小蝶重逢，小蝶為完成母親殺掉海萍之遺願，以音波功襲擊海萍，雲飛阻止。

曹雄答應雲飛等人留守天機石府為君武輸功，原來是另有企圖，他在海萍房間偷走假的《歸元秘笈》，期間雖被小蝶發現，卻終被他逃離。海萍欲傳授《歸元秘笈》予君武卻遭拒。雲飛要求小蝶送君武回崑崙，小蝶提出條件……

雲飛制止天龍鏢局與東洋人私運軍火，被三手羅剎所傷，幸玉簫仙子及時相救。小蝶護送君武回崑崙山途中，君武路見不平，與金英豪不打不相識，更結成好友。曹雄偷練假《歸元秘笈》，令性情大變，濫殺無辜，更不能自制。

小蝶被點蒼派伏擊，玉簫仙子大開殺戒，雲飛擔心因此加深崑崙派與點蒼派的誤會，而朋海欲趁機要玄清退位讓賢。玄清無意中得知雲飛乃女兒身，欲查問其背景卻不果。點蒼派要求玄清主持公道，君武被誣陷殺人，含冤莫白。

眾掌門來到崑崙派要求玄清交代拿走《歸元秘笈》一事，點蒼派趁亂暗算玉簫仙子，君武使出迷蹤步救她，令玄清百口莫辯，決定逐君武出師門，並交出武林盟主之位。朋海得《歸元秘笈》閉關修練，曹雄偷偷在門外探究情況。

海萍提議收君武為義子，讓他學習兩派武功。曹雄不但對飛鳳有所企圖，還藉詞軟禁飛鳳。飛鳳欲逃走遭曹雄阻攔，幸羅剎出現並將曹雄踢下山崖。曹雄大難不死，卻被逼服侍曲離。小蝶在其母墓前發誓會手刃自己鍾情的人。

英豪將雲飛是女兒身的秘密告知君武及玉簫仙子，玉簫仙子得悉後竟不辭而別。曲離練成三音神拳後往牛家村報仇，遇上青鸞與藤雷大打出手，青鸞跌出玉珮，讓曲離發現她是其徒弟的女兒，並告知她藍萍是殺其父母的兇手。

曲離告知青鸞其父母被藍萍殺害及他遭暗算一事。曹雄施計殺死曲離，更取走《三音拳譜》。英豪帶中毒的玉簫仙子回括蒼山，雲飛助她驅除體內毒後，二人和好並以姊妹相稱。青鸞獨闖天龍鏢局找藍萍復仇，可惜不敵受傷……

雪山派等人在天機石府守候海萍，卻被蓋天教雲羅公主制伏。雲羅逼君武、雲飛等人現身，終不敵退走。君武擔心玄清，決定回崑崙山。青鸞命危，歐陽拔無奈往找公義相救。朋海練功完成出關；曹雄秘密練成「三音神拳」。

曹雄助雲羅療傷，並藉詞留下。君武輸血給青鸞，終令青鸞醒來。曹雄誤給迷情丹予雲羅，雲羅主動獻身，並贈曹雄百毒無比的戒指。玄清向朋海興師問罪，朋海不滿竟把玄清捉走囚禁。曹雄在飛鳳的食物中偷偷放入迷情丹……

君武夜探天龍鏢局，曹雄護送他離去時竟突襲他，君武不虞有詐身中劇毒。飛鳳為救君武，捨身將毒轉移往自己身上。青鸞找君武途中，遇上曹雄誘騙，曹雄為得到青鸞的信任，助青鸞成功手刃藍萍後，竟欲對青鸞有所企圖……

青鸞服了曹雄的迷情丹，誤以為與君武發生了肉體關係。飛鳳臉上長滿毒斑，公義要君武娶飛鳳，君武懊惱。海萍得知朋海的惡行，密謀對策對付他。飛鳳不滿父親的所作所為，欲救走三位掌門卻失敗。雲飛燒毀朋海的軍火庫。

各派齊集斷魂崖，卻遲遲未見海萍出現，朋海欲捉君武、雲飛等人來引海萍現身，雙方大打出手。海萍與三位掌門現身，並指證朋海的罪行。羅剎因欠雲飛的恩，出賣了朋海，使朋海強勢盡失。林天獨突然出現，決與海萍一戰。

海萍為救小蝶而受重傷，幸得偉男施救，而小蝶終原諒海萍，二人冰釋。朋海得寒山寺禪師開竅，放棄報復的念頭，並決定解散天龍鏢局。曹雄得知後與朋海談判不果，竟狠下毒手殺死朋海，還嫁禍給剛到寒山寺欲借宿的君武。

玄清重收君武為弟子，還授他獨傳武功。飛鳳突襲君武，君武為報飛鳳救命之恩，甘願一死，但被玄清阻止並打退了她。青鸞得知君武與飛鳳已有夫妻關係，傷心欲絕。天獨率弟子攻上崑崙山冀統一江湖，君武等人避走進秘洞。

雲羅、曹雄發現秘道，於是雲羅利用毒蛇進入秘洞，玄清被蛇咬後發狂離去失蹤。青鸞找玄清時遇上曹雄，曹雄向青鸞自揭與她一夕溫存的人是自己，青鸞傷心不已，更被曹雄強行帶返天龍鏢局。飛鳳終得悉朋海被殺的真相。

蓋天教欲殺害君武等人，飛鳳趕來相救，並為誤會君武殺朋海一事而道歉。飛鳳率眾往救青鸞，正欲手刃曹雄時，雲羅出現，但她與雲飛同告受傷。天獨救走雲羅，並捉走以為是公主的小蝶，欲利用她的身分來揭穿朝廷的陰謀。

仙鶴帶君武及雲飛回括蒼山，海萍成功為雲飛驅毒。雲飛向海萍查問身世，得知自己是皇上與德妃的親生女兒。藤雷等人為天獨辦壽宴，並提議舉行「選拔聖女大會」，玉簫仙子及英豪混入當中欲救走小蝶，卻被曹雄識穿被擒。

青鸞告知海萍等人小蝶被天獨捉走，君武獨自上崑崙山救人，並趁天獨、雲羅下山，成功救出眾人，惜遭曹雄追捕，君武為救小蝶，犧牲自己跌落懸崖，生死未卜。瘋癲的玄清被蓋天教所捉，曹雄提議利用他引六大派上崑崙山。

小蝶毒發衰老，決定隱居。君武大難不死，無意中發現三音神尼的武功招式及「定天神針」。世藩欲拉攏繼光不果，竟暗算他，幸得雲飛、公義相救。玄清召開武林大會，天獨率弟子來到濫殺無辜，玄清更被迫殺死一心及普志。

天獨率曹雄成功闖百花林，但不敵小蝶的音波功而敗走。小蝶治癒後，欲在其母墳前自盡，幸得君武及海萍阻止。雲羅與曹雄密謀奪天下，誘騙天獨服食毒藥，並假意奉上《三音拳譜》。天獨閉關練功，將蓋天教交予二人打理。

青鸞突襲曹雄不果，幸得飛鳳相救。可是二人被曹雄追至，時君武出現，曹雄向君武自揭對青鸞的惡行，兩人大打出手，雲羅趕來以致命的毒打傷飛鳳。青鸞決意跟隨玄清入道修行；君武見飛鳳毒發痛楚不已，決定娶她為妻。

海萍傳授第六式的《歸元秘笈》予君武，並要君武參透最後一式。天獨的武功令世藩吃驚，世藩命曹雄剷除天獨。天獨率眾攻上括蒼山，海萍等人奮力迎戰，但君武自覺沒用，發洩時卻無意間發現解讀《歸元秘笈》的方法……

（大結局）君武與天獨決戰時打開了「生死玄關」，終將天獨消滅。曹雄敗走找世藩對付繼光，海萍率眾趕往相救，曹雄落荒而逃，卻遇雲羅報仇，兩人同歸於盡。君武與青鸞成婚，痊癒的飛鳳與小蝶送上祝福後，乘仙鶴而去。